Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 2310 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 334 structure(s)
Representative structure 2gyb:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNN
Cluster members
ACAUG
1p9x:0, 1432-1438, 2ogn:0, 1456-1462, 2ogo:0, 1455-1461
AGCAA
2gy9:A, 1399-1405, 2gyb:A, 1399-1405
CACAA
2gy9:A, 893-899
CGACC
1ffk:0, 948-954, 1jj2:0, 952-958, 1k73:A, 952-958, 1k8a:A, 952-958, 1k9m:A, 952-958, 1kc8:A, 952-958, 1kd1:A, 952-958, 1kqs:0, 952-958, 1m1k:A, 952-958, 1m90:A, 952-958, 1n8r:A, 952-958, 1nji:A, 952-958, 1q7y:A, 952-958, 1q81:A, 952-958, 1q82:A, 952-958, 1q86:A, 952-958, 1qvf:0, 952-958, 1qvg:0, 952-958, 1s1i:3, 951-957, 1s72:0, 952-958, 1vq4:0, 952-958, 1vq5:0, 952-958, 1vq6:0, 952-958, 1vq7:0, 952-958, 1vq8:0, 952-958, 1vq9:0, 952-958, 1vqk:0, 952-958, 1vql:0, 952-958, 1vqm:0, 952-958, 1vqn:0, 952-958, 1vqo:0, 952-958, 1vqp:0, 952-958, 1w2b:0, 952-958, 1yhq:0, 952-958, 1yi2:0, 952-958, 1yij:0, 952-958, 1yit:0, 952-958, 1yj9:0, 952-958, 1yjn:0, 952-958, 1yjw:0, 952-958, 2otj:0, 952-958, 2otl:0, 952-958, 2qa4:0, 951-957, 2qex:0, 952-958, 3cc2:0, 952-958, 3cc4:0, 952-958, 3cc7:0, 952-958, 3cce:0, 952-958, 3ccj:0, 952-958, 3ccl:0, 952-958, 3ccm:0, 952-958, 3ccq:0, 952-958, 3ccr:0, 952-958, 3ccs:0, 952-958, 3ccu:0, 952-958, 3ccv:0, 952-958, 3cd6:0, 952-958, 3cma:0, 952-958, 3cme:0, 952-958, 3cpw:0, 952-958
CGGAA
2b9p:A, 2648-2654, 2v47:A, 2603-2609
CGGGA
2j00:A, 1417-1423, 2om7:C, 39-45
GAACC
1nkw:9, 22-28, 1nwx:9, 22-28, 1nwy:9, 22-28, 1sm1:9, 22-28, 1vor:A, 22-28, 1vou:A, 22-28, 1vow:A, 22-28, 1voy:A, 22-28, 1vp0:A, 22-28, 1xbp:9, 22-28
GACUG
1fjg:A, 1133-1139, 1hnw:A, 1133-1139, 1hnx:A, 1133-1139, 1hnz:A, 1133-1139, 1hr0:A, 1133-1139, 1i94:A, 1136-1142, 1i95:A, 1136-1142, 1i96:A, 1136-1142, 1i97:A, 1136-1142, 1ibk:A, 1133-1139, 1ibl:A, 1133-1139, 1ibm:A, 1133-1139, 1j5e:A, 1133-1139, 1n32:A, 1133-1139, 1pns:A, 1149-1155, 1pnx:A, 1149-1155, 1s1h:A, 1134-1140, 1vs5:A, 1151-1157, 1vs7:A, 1151-1157, 1xmo:A, 1128-1134, 1xmq:A, 1128-1134, 1xnq:A, 1128-1134, 1xnr:A, 1128-1134, 1yl4:A, 1133-1139, 2avy:A, 1151-1157, 2aw7:A, 1151-1157, 2e5l:A, 1134-1140, 2gy9:A, 1115-1121, 2gyb:A, 1115-1121, 2i2p:A, 1151-1157, 2i2u:A, 1151-1157, 2jl5:A, 1133-1139, 2jl7:A, 1133-1139, 2qal:A, 1151-1157, 2qan:A, 1151-1157, 2qb9:A, 1151-1157, 2qbb:A, 1151-1157, 2qbd:A, 1151-1157, 2qbf:A, 1151-1157, 2qbh:A, 1151-1157, 2qbj:A, 1151-1157, 2qou:A, 1151-1157, 2qow:A, 1151-1157, 2qoy:A, 1151-1157, 2qp0:A, 1151-1157, 2uu9:A, 1133-1139, 2uua:A, 1133-1139, 2uub:A, 1133-1139, 2uuc:A, 1133-1139, 2uxc:A, 1133-1139, 2z4k:A, 1151-1157, 2z4m:A, 1151-1157, 3bbn:A, 1098-1104, 3d5a:A, 1133-1139, 3d5c:A, 1133-1139, 3df1:A, 1151-1157, 3df3:A, 1151-1157
GAGCU
1j5a:A, 651-657, 1jzx:A, 651-657, 1jzy:A, 651-657, 1jzz:A, 651-657, 1k01:A, 651-657, 1njm:0, 646-652, 1njn:0, 646-652, 1njo:0, 646-652, 1njp:0, 646-652, 1nkw:0, 646-652, 1nwx:0, 646-652, 1nwy:0, 646-652, 1ond:0, 646-652, 1p9x:0, 623-629, 1pnu:0, 646-652, 1pny:0, 646-652, 1sm1:0, 646-652, 1vor:B, 646-652, 1vou:B, 646-652, 1vow:B, 646-652, 1voy:B, 646-652, 1vp0:B, 646-652, 1vsa:w, 709-715, 1vsp:w, 709-715, 1xbp:0, 646-652, 1y69:0, 646-652, 2b66:A, 708-714, 2b9n:A, 708-714, 2b9p:A, 708-714, 2d3o:0, 646-652, 2j01:A, 692-698, 2j03:A, 692-698, 2jl6:A, 719-725, 2jl8:A, 719-725, 2o43:A, 646-652, 2o45:A, 646-652, 2ogm:0, 646-652, 2ogn:0, 646-652, 2zjp:X, 624-630, 2zjq:X, 624-630, 2zjr:X, 624-630, 3cf5:X, 624-630, 3d5b:A, 704-710, 3d5d:A, 704-710, 3dll:X, 624-630
GAUCU
1ffk:0, 764-770, 1jj2:0, 768-774, 1k73:A, 768-774, 1k8a:A, 768-774, 1k9m:A, 768-774, 1kc8:A, 768-774, 1kd1:A, 768-774, 1kqs:0, 768-774, 1m1k:A, 768-774, 1m90:A, 768-774, 1n8r:A, 768-774, 1nji:A, 768-774, 1q7y:A, 768-774, 1q81:A, 768-774, 1q82:A, 768-774, 1q86:A, 768-774, 1qvf:0, 768-774, 1qvg:0, 768-774, 1s1i:3, 767-773, 1s72:0, 768-774, 1vq4:0, 768-774, 1vq5:0, 768-774, 1vq6:0, 768-774, 1vq7:0, 768-774, 1vq8:0, 768-774, 1vq9:0, 768-774, 1vqk:0, 768-774, 1vql:0, 768-774, 1vqm:0, 768-774, 1vqn:0, 768-774, 1vqo:0, 768-774, 1vqp:0, 768-774, 1vs6:B, 683-689, 1vs8:B, 683-689, 1w2b:0, 768-774, 1yhq:0, 768-774, 1yi2:0, 768-774, 1yij:0, 768-774, 1yit:0, 768-774, 1yj9:0, 768-774, 1yjn:0, 768-774, 1yjw:0, 768-774, 2aw4:B, 683-689, 2awb:B, 683-689, 2i2t:B, 683-689, 2i2v:B, 683-689, 2j28:B, 683-689, 2otj:0, 768-774, 2otl:0, 768-774, 2qa4:0, 767-773, 2qam:B, 683-689, 2qao:B, 683-689, 2qba:B, 683-689, 2qbc:B, 683-689, 2qbe:B, 683-689, 2qbg:B, 683-689, 2qbi:B, 683-689, 2qbk:B, 683-689, 2qex:0, 768-774, 2qov:B, 683-689, 2qox:B, 683-689, 2qoz:B, 683-689, 2qp1:B, 683-689, 2z4l:B, 683-689, 2z4n:B, 683-689, 3bbx:B, 683-689, 3cc2:0, 768-774, 3cc4:0, 768-774, 3cc7:0, 768-774, 3cce:0, 768-774, 3ccj:0, 768-774, 3ccl:0, 768-774, 3ccm:0, 768-774, 3ccq:0, 768-774, 3ccr:0, 768-774, 3ccs:0, 768-774, 3ccu:0, 768-774, 3ccv:0, 768-774, 3cd6:0, 768-774, 3cma:0, 768-774, 3cme:0, 768-774, 3cpw:0, 768-774, 3df2:B, 683-689, 3df4:B, 683-689
GAUGA
2gyc:0, 696-702, 2vhm:B, 759-765
GCAAC
1pnx:A, 1101-1107, 1vs5:A, 1103-1109, 2avy:A, 1103-1109, 2hgi:A, 1085-1091, 2i2p:A, 1103-1109, 2i2u:A, 1103-1109, 2ow8:y, 1085-1091
GGAGA
1vsa:w, 2307-2313
GGCCG
1yl4:A, 295-301
GGCGG
2b66:A, 2398-2404, 2b9n:A, 2398-2404, 2b9p:A, 2398-2404
GGUUA
1vs6:B, 2264-2270, 2aw4:B, 2264-2270, 3bbx:B, 2541-2547
GUAGA
1j5a:A, 2217-2223, 1jzx:A, 2217-2223, 1jzy:A, 2217-2223, 1jzz:A, 2217-2223, 1k01:A, 2217-2223, 2aar:0, 2209-2215
GUCCC
2qam:A, 22-28, 2qao:A, 22-28, 2qoz:A, 22-28, 2z4l:A, 22-28, 2z4n:A, 22-28
GUCUA
3d5b:A, 671-677, 3d5d:A, 671-677
GUGGA
1n36:A, 914-920, 1vsp:w, 952-958, 2hgj:A, 951-957, 2hgq:A, 951-957, 2hgu:A, 951-957, 2j01:A, 929-935, 2j03:A, 929-935, 2jl6:A, 956-962, 2jl8:A, 956-962, 3d5b:A, 947-953, 3d5d:A, 947-953
GUUAA
1vs6:B, 650-656, 1vs8:B, 650-656, 2aw4:B, 650-656, 2awb:B, 650-656, 2gya:0, 587-593, 2i2t:B, 650-656, 2i2v:B, 650-656, 2j28:B, 650-656, 2qam:B, 650-656, 2qao:B, 650-656, 2qba:B, 650-656, 2qbc:B, 650-656, 2qbe:B, 650-656, 2qbg:B, 650-656, 2qbi:B, 650-656, 2qbk:B, 650-656, 2qov:B, 650-656, 2qox:B, 650-656, 2qoz:B, 650-656, 2qp1:B, 650-656, 2vhm:B, 650-656, 2z4l:B, 650-656, 2z4n:B, 650-656, 3bbx:B, 650-656, 3df2:B, 650-656, 3df4:B, 650-656
UGGAG
2vhp:A, 938-944