Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 2442 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 194 structure(s)
Representative structure 2i2p:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNVN
Cluster members
AAAAA
2vhn:B, 343-349
AUAAC
2j01:A, 2616-2622, 2j03:A, 2616-2622
CCAGG
1qzw:B, 15-21, 1qzw:D, 15-21, 1qzw:F, 15-21, 1qzw:H, 15-21, 1z43:A, 63-69
CGGGA
2j00:A, 1417-1423, 2om7:C, 39-45
CGUAC
2vhn:B, 336-342
GAACC
1j5a:A, 230-236, 1jzx:A, 230-236, 1jzy:A, 230-236, 1jzz:A, 230-236, 1k01:A, 230-236, 1njm:0, 230-236, 1njn:0, 230-236, 1njo:0, 230-236, 1njp:0, 230-236, 1nkw:0, 230-236, 1nwx:0, 230-236, 1nwy:0, 230-236, 1ond:0, 230-236, 1p9x:0, 230-236, 1pnu:0, 230-236, 1pny:0, 230-236, 1sm1:0, 230-236, 1xbp:0, 230-236, 1y69:0, 230-236, 2aar:0, 230-236, 2d3o:0, 230-236, 2o43:A, 230-236, 2o44:A, 230-236, 2o45:A, 230-236, 2ogm:0, 230-236, 2ogn:0, 230-236, 2ogo:0, 229-235, 2zjp:X, 230-236, 2zjq:X, 230-236, 2zjr:X, 230-236, 3cf5:X, 230-236, 3dll:X, 230-236
GAACU
1j5a:A, 165-171, 1jzx:A, 165-171, 1jzy:A, 165-171, 1jzz:A, 165-171, 1k01:A, 165-171, 1njm:0, 165-171, 1njn:0, 165-171, 1njo:0, 165-171, 1njp:0, 165-171, 1pnu:0, 165-171, 1pny:0, 165-171, 1sm1:0, 165-171, 2d3o:0, 165-171, 2zjp:X, 165-171
GAAGG
1fmn:A, 23-29
GAGCU
1vor:B, 646-652, 1vou:B, 646-652, 1vow:B, 646-652, 1voy:B, 646-652, 1vp0:B, 646-652, 2j01:A, 692-698, 2j03:A, 692-698, 2jl6:A, 719-725, 2jl8:A, 719-725, 2ogn:0, 646-652, 2zjq:X, 624-630, 2zjr:X, 624-630, 3cf5:X, 624-630, 3d5b:A, 704-710, 3d5d:A, 704-710, 3dll:X, 624-630
GAUCU
1ffk:0, 764-770, 1jj2:0, 768-774, 1k73:A, 768-774, 1k8a:A, 768-774, 1k9m:A, 768-774, 1kc8:A, 768-774, 1kd1:A, 768-774, 1kqs:0, 768-774, 1m1k:A, 768-774, 1m90:A, 768-774, 1n8r:A, 768-774, 1nji:A, 768-774, 1q7y:A, 768-774, 1q81:A, 768-774, 1q82:A, 768-774, 1q86:A, 768-774, 1qvf:0, 768-774, 1qvg:0, 768-774, 1s1i:3, 767-773, 1s72:0, 768-774, 1vq4:0, 768-774, 1vq5:0, 768-774, 1vq6:0, 768-774, 1vq7:0, 768-774, 1vq8:0, 768-774, 1vq9:0, 768-774, 1vqk:0, 768-774, 1vql:0, 768-774, 1vqm:0, 768-774, 1vqn:0, 768-774, 1vqo:0, 768-774, 1vqp:0, 768-774, 1vs6:B, 683-689, 1vs8:B, 683-689, 1w2b:0, 768-774, 1yhq:0, 768-774, 1yi2:0, 768-774, 1yij:0, 768-774, 1yit:0, 768-774, 1yj9:0, 768-774, 1yjn:0, 768-774, 1yjw:0, 768-774, 2aw4:B, 683-689, 2awb:B, 683-689, 2i2t:B, 683-689, 2i2v:B, 683-689, 2j28:B, 683-689, 2otj:0, 768-774, 2otl:0, 768-774, 2qa4:0, 767-773, 2qam:B, 683-689, 2qao:B, 683-689, 2qba:B, 683-689, 2qbc:B, 683-689, 2qbe:B, 683-689, 2qbg:B, 683-689, 2qbi:B, 683-689, 2qbk:B, 683-689, 2qex:0, 768-774, 2qov:B, 683-689, 2qox:B, 683-689, 2qoz:B, 683-689, 2qp1:B, 683-689, 2z4l:B, 683-689, 2z4n:B, 683-689, 3bbx:B, 683-689, 3cc2:0, 768-774, 3cc4:0, 768-774, 3cc7:0, 768-774, 3cce:0, 768-774, 3ccj:0, 768-774, 3ccl:0, 768-774, 3ccm:0, 768-774, 3ccq:0, 768-774, 3ccr:0, 768-774, 3ccs:0, 768-774, 3ccu:0, 768-774, 3ccv:0, 768-774, 3cd6:0, 768-774, 3cma:0, 768-774, 3cme:0, 768-774, 3cpw:0, 768-774, 3df2:B, 683-689, 3df4:B, 683-689
GGAAG
1ffk:0, 805-811, 1s1i:3, 808-814, 1vsa:w, 1549-1555, 1vsp:w, 1549-1555
GGAGG
1vsp:w, 750-756, 2gya:0, 661-667
GGAGU
2a64:A, 263-269
UGAAC
1i97:A, 430-436, 2jl5:A, 427-433, 2jl7:A, 427-433, 2v46:A, 427-433, 2v48:A, 427-433
UGCCA
1ykq:B, 11-17, 1ykq:D, 11-17
UGUAG
1sm1:0, 820-826
UUUCA
1vs5:A, 432-438, 1vs7:A, 432-438, 2avy:A, 432-438, 2aw7:A, 432-438, 2i2p:A, 432-438, 2i2u:A, 432-438, 2qal:A, 432-438, 2qan:A, 432-438, 2qb9:A, 432-438, 2qbb:A, 432-438, 2qbh:A, 432-438, 2qbj:A, 432-438, 2qow:A, 432-438, 2qoy:A, 432-438, 2qp0:A, 432-438, 2z4k:A, 432-438, 2z4m:A, 432-438, 3df1:A, 432-438, 3df3:A, 432-438
UUUCC
2b66:A, 2604-2610, 2b9p:A, 2604-2610