Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 2131 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 329 structure(s)
Representative structure 2b66:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNN
Cluster members
AAACC
1yl3:A, 922-928
AAACG
2vhm:A, 55-61, 3d5b:B, 56-62, 3d5d:B, 56-62
AACAC
1y0q:A, 46-52
AAGCU
1u6b:B, 93-99, 1zzn:B, 93-99, 3bo2:B, 93-99, 3bo3:B, 93-99, 3bo4:B, 93-99
AAGUA
2hgj:A, 454-460, 2hgu:A, 454-460
ACAAC
1i94:A, 141-147
ACAUG
1p9x:0, 1432-1438, 1y69:0, 1456-1462, 2o43:A, 1456-1462, 2ogn:0, 1456-1462, 2ogo:0, 1455-1461
AGCCC
1j5e:A, 1012-1018, 1pns:A, 1028-1034, 1pnx:A, 1028-1034
AGCCU
1nkw:0, 797-803, 1nwx:0, 797-803, 1nwy:0, 797-803, 1ond:0, 797-803
AGUCU
2aar:0, 1998-2004
AUAAC
1p9x:0, 2605-2611
AUCCU
2b66:A, 2435-2441, 2b9n:A, 2435-2441, 2b9p:A, 2435-2441
CAAUG
1n33:A, 362-368, 1xmo:A, 362-368, 2e5l:A, 363-369, 2hhh:A, 362-368, 2uxb:A, 362-368, 2uxd:A, 346-352
CACAA
2gy9:A, 893-899, 2vho:A, 929-935
CACUG
2qa4:0, 2586-2592, 2vhm:B, 2627-2633, 2vhn:B, 2627-2633
CCGAG
1fka:A, 1417-1423
CGACC
1ffk:0, 948-954, 1jj2:0, 952-958, 1k73:A, 952-958, 1k8a:A, 952-958, 1k9m:A, 952-958, 1kc8:A, 952-958, 1kd1:A, 952-958, 1kqs:0, 952-958, 1m1k:A, 952-958, 1m90:A, 952-958, 1n8r:A, 952-958, 1nji:A, 952-958, 1q81:A, 952-958, 1q82:A, 952-958, 1q86:A, 952-958, 1qvf:0, 952-958, 1s1i:3, 951-957, 1s72:0, 952-958, 1vq4:0, 952-958, 1vq5:0, 952-958, 1vq7:0, 952-958, 1vq8:0, 952-958, 1vqk:0, 952-958, 1vql:0, 952-958, 1vqm:0, 952-958, 1vqn:0, 952-958, 1vqo:0, 952-958, 1vqp:0, 952-958, 1vs6:B, 1328-1334, 1vs8:B, 1328-1334, 1w2b:0, 952-958, 1yhq:0, 952-958, 1yi2:0, 952-958, 1yij:0, 952-958, 2aw4:B, 1328-1334, 2awb:B, 1328-1334, 2j28:B, 1328-1334, 2otj:0, 952-958, 2qam:B, 1328-1334, 2qao:B, 1328-1334, 2qba:B, 1328-1334, 2qbc:B, 1328-1334, 2qbe:B, 1328-1334, 2qbg:B, 1328-1334, 2qbi:B, 1328-1334, 2qbk:B, 1328-1334, 2qex:0, 952-958, 2qov:B, 1328-1334, 2qox:B, 1328-1334, 2qoz:B, 1328-1334, 2qp1:B, 1328-1334, 2z4l:B, 1328-1334, 2z4n:B, 1328-1334, 3bbx:B, 1409-1415, 3cc2:0, 952-958, 3cc4:0, 952-958, 3cc7:0, 952-958, 3ccl:0, 952-958, 3ccm:0, 952-958, 3ccq:0, 952-958, 3ccr:0, 952-958, 3ccs:0, 952-958, 3ccv:0, 952-958, 3cd6:0, 952-958, 3cpw:0, 952-958, 3df2:B, 1328-1334, 3df4:B, 1328-1334
CGCUG
1njm:0, 2572-2578, 1njn:0, 2572-2578, 1njo:0, 2572-2578, 1njp:0, 2572-2578, 1pnu:0, 2616-2622, 1pny:0, 2616-2622, 1sm1:0, 2572-2578, 1xbp:0, 2572-2578, 2o43:A, 2572-2578, 2o44:A, 2572-2578, 2o45:A, 2560-2566, 2ogo:0, 2571-2577
CUAAC
1p9x:0, 2066-2072
CUCUG
2v47:A, 2553-2559, 2v49:A, 2553-2559
GAAAG
2v46:A, 743-749, 2v48:A, 743-749
GAACC
1nkw:9, 22-28, 1nwx:9, 22-28, 1nwy:9, 22-28, 1sm1:9, 22-28, 1xbp:9, 22-28
GAAGA
1ffk:0, 2164-2170, 1ffz:A, 190-196, 1fg0:A, 190-196, 1jj2:0, 2214-2220, 1k73:A, 2214-2220, 1k8a:A, 2214-2220, 1k9m:A, 2214-2220, 1kc8:A, 2214-2220, 1kd1:A, 2214-2220, 1kqs:0, 2214-2220, 1m1k:A, 2214-2220, 1m90:A, 2214-2220, 1n8r:A, 2214-2220, 1nji:A, 2214-2220, 1q7y:A, 2214-2220, 1q81:A, 2214-2220, 1q82:A, 2214-2220, 1q86:A, 2214-2220, 1qvf:0, 2214-2220, 1qvg:0, 2214-2220, 1s72:0, 2214-2220, 1vq4:0, 2214-2220, 1vq5:0, 2214-2220, 1vq6:0, 2214-2220, 1vq7:0, 2214-2220, 1vq8:0, 2214-2220, 1vq9:0, 2214-2220, 1vqk:0, 2214-2220, 1vql:0, 2214-2220, 1vqm:0, 2214-2220, 1vqn:0, 2214-2220, 1vqo:0, 2214-2220, 1vqp:0, 2214-2220, 1w2b:0, 2214-2220, 1yhq:0, 2214-2220, 1yi2:0, 2214-2220, 1yij:0, 2214-2220, 1yit:0, 2214-2220, 1yj9:0, 2214-2220, 1yjn:0, 2214-2220, 1yjw:0, 2214-2220, 2otj:0, 2214-2220, 2otl:0, 2214-2220, 2qex:0, 2214-2220, 3cc2:0, 2214-2220, 3cc4:0, 2214-2220, 3cc7:0, 2214-2220, 3cce:0, 2214-2220, 3ccl:0, 2214-2220, 3ccm:0, 2214-2220, 3ccq:0, 2214-2220, 3ccr:0, 2214-2220, 3ccs:0, 2214-2220, 3ccu:0, 2214-2220, 3ccv:0, 2214-2220, 3cd6:0, 2214-2220, 3cma:0, 2214-2220, 3cme:0, 2214-2220, 3cpw:0, 2214-2220
GAAGU
2ow8:y, 1409-1415, 2qnh:y, 1409-1415
GAGCC
1n32:A, 1011-1017
GAUCU
2b66:A, 2375-2381, 2b9n:A, 2375-2381, 2b9p:A, 2375-2381
GAUGG
1p9x:0, 1341-1347, 1sm1:0, 1365-1371, 1xbp:0, 1365-1371, 2o43:A, 1365-1371, 2ogm:0, 1365-1371
GCAAC
1fjg:A, 1085-1091, 1hnw:A, 1085-1091, 1hnx:A, 1085-1091, 1hnz:A, 1085-1091, 1hr0:A, 1085-1091, 1i94:A, 1088-1094, 1i95:A, 1088-1094, 1i96:A, 1088-1094, 1ibk:A, 1085-1091, 1ibl:A, 1085-1091, 1ibm:A, 1085-1091, 1j5e:A, 1085-1091, 1n32:A, 1085-1091, 1n33:A, 1085-1091, 1n34:A, 1085-1091, 1n36:A, 1085-1091, 1pns:A, 1101-1107, 1pnx:A, 1101-1107, 1s1h:A, 1086-1092, 1voq:A, 1101-1107, 1vos:A, 1101-1107, 1vov:A, 1101-1107, 1vox:A, 1101-1107, 1voz:A, 1101-1107, 1vs5:A, 1103-1109, 1vs7:A, 1103-1109, 1xmo:A, 1080-1086, 1xmq:A, 1080-1086, 1xnq:A, 1080-1086, 1xnr:A, 1080-1086, 1yl4:A, 1085-1091, 2avy:A, 1103-1109, 2aw7:A, 1103-1109, 2e5l:A, 1086-1092, 2f4v:A, 1085-1091, 2gy9:A, 1067-1073, 2hgi:A, 1085-1091, 2hgp:A, 1085-1091, 2hgr:A, 1085-1091, 2hhh:A, 1085-1091, 2i2p:A, 1103-1109, 2i2u:A, 1103-1109, 2j00:A, 1085-1091, 2j02:A, 1085-1091, 2jl5:A, 1085-1091, 2jl7:A, 1085-1091, 2ow8:y, 1085-1091, 2qal:A, 1103-1109, 2qan:A, 1103-1109, 2qb9:A, 1103-1109, 2qbb:A, 1103-1109, 2qbd:A, 1103-1109, 2qbf:A, 1103-1109, 2qbh:A, 1103-1109, 2qbj:A, 1103-1109, 2qnh:y, 1085-1091, 2qou:A, 1103-1109, 2qow:A, 1103-1109, 2qoy:A, 1103-1109, 2qp0:A, 1103-1109, 2uu9:A, 1085-1091, 2uua:A, 1085-1091, 2uub:A, 1085-1091, 2uuc:A, 1085-1091, 2uxb:A, 1085-1091, 2uxc:A, 1085-1091, 2uxd:A, 1064-1070, 2vhp:A, 1103-1109, 2vqe:A, 1085-1091, 2vqf:A, 1085-1091, 2z4k:A, 1103-1109, 2z4m:A, 1103-1109, 3d5a:A, 1085-1091, 3d5c:A, 1085-1091, 3df1:A, 1103-1109, 3df3:A, 1103-1109
GCAGG
2jl5:W, 23-29
GGAGA
2j01:A, 2195-2201, 2j03:A, 2195-2201, 2jl6:A, 2274-2280, 2jl8:A, 2274-2280, 2v47:A, 2190-2196, 2v49:A, 2190-2196, 3d5b:A, 2302-2308, 3d5d:A, 2302-2308
GGCCG
1yl4:A, 295-301
GGUUA
2gya:0, 2183-2189, 2gyc:0, 2183-2189
GUAGG
2vhm:B, 1458-1464, 2vhn:B, 1458-1464
GUGGA
1n36:A, 914-920
GUUAA
1vs6:B, 650-656, 1vs8:B, 650-656, 2aw4:B, 650-656, 2awb:B, 650-656, 2j28:B, 650-656, 2qam:B, 650-656, 2qao:B, 650-656, 2qbe:B, 650-656, 2qbg:B, 650-656, 2qoz:B, 650-656, 2qp1:B, 650-656, 2z4l:B, 650-656, 2z4n:B, 650-656, 3bbx:B, 650-656, 3df2:B, 650-656, 3df4:B, 650-656
GUUUG
1njm:0, 2381-2387, 1njn:0, 2381-2387, 1njo:0, 2381-2387, 1njp:0, 2381-2387, 1pnu:0, 2425-2431, 1pny:0, 2425-2431, 1sm1:0, 2381-2387, 1xbp:0, 2381-2387, 2d3o:0, 2402-2408, 2o43:A, 2381-2387, 2o45:A, 2369-2375, 2vhm:B, 2436-2442, 2vhn:B, 2436-2442
UAAAC
2b66:A, 257-263, 2b9n:A, 257-263, 2b9p:A, 257-263
UAACC
2o44:A, 2092-2098
UAAGG
1z58:2, 1580-1586
UCACU
2gyc:0, 1027-1033, 2o43:A, 1045-1051
UGGAG
2vhp:A, 938-944