Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 2001 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 551 structure(s)
Representative structure 1z43:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNN
Cluster members
AAACC
1yl3:A, 922-928
AAGUA
2rkj:C, 125-131, 2rkj:G, 125-131, 2rkj:K, 125-131, 2rkj:O, 125-131
AAGUU
1l9a:B, 6-12
ACAAC
1fka:A, 138-144
ACAUC
2vhm:B, 1574-1580
ACCAC
2qal:A, 1460-1466, 2qan:A, 1460-1466, 2qou:A, 1460-1466, 2qow:A, 1460-1466
ACGAA
1ffk:0, 1847-1853, 1jj2:0, 1897-1903, 1k73:A, 1897-1903, 1k8a:A, 1897-1903, 1k9m:A, 1897-1903, 1kc8:A, 1897-1903, 1kd1:A, 1897-1903, 1kqs:0, 1897-1903, 1m1k:A, 1897-1903, 1m90:A, 1897-1903, 1n8r:A, 1897-1903, 1nji:A, 1897-1903, 1q7y:A, 1897-1903, 1q81:A, 1897-1903, 1q82:A, 1897-1903, 1q86:A, 1897-1903, 1qvf:0, 1897-1903, 1qvg:0, 1897-1903, 1s1i:3, 2005-2011, 1s72:0, 1897-1903, 1vq4:0, 1897-1903, 1vq5:0, 1897-1903, 1vq6:0, 1897-1903, 1vq7:0, 1897-1903, 1vq8:0, 1897-1903, 1vq9:0, 1897-1903, 1vqk:0, 1897-1903, 1vql:0, 1897-1903, 1vqm:0, 1897-1903, 1vqn:0, 1897-1903, 1vqo:0, 1897-1903, 1vqp:0, 1897-1903, 1w2b:0, 1897-1903, 1yhq:0, 1897-1903, 1yi2:0, 1897-1903, 1yij:0, 1897-1903, 1yit:0, 1897-1903, 1yj9:0, 1897-1903, 1yjn:0, 1897-1903, 1yjw:0, 1897-1903, 2otj:0, 1897-1903, 2otl:0, 1897-1903, 2qa4:0, 1902-1908, 2qex:0, 1897-1903, 3cc2:0, 1897-1903, 3cc4:0, 1897-1903, 3cc7:0, 1897-1903, 3cce:0, 1897-1903, 3ccj:0, 1897-1903, 3ccl:0, 1897-1903, 3ccm:0, 1897-1903, 3ccq:0, 1897-1903, 3ccr:0, 1897-1903, 3ccs:0, 1897-1903, 3ccu:0, 1897-1903, 3ccv:0, 1897-1903, 3cd6:0, 1897-1903, 3cma:0, 1897-1903, 3cme:0, 1897-1903, 3cpw:0, 1897-1903
AGCAA
1lng:B, 76-82, 1qzw:B, 30-36, 1qzw:D, 30-36, 1qzw:F, 30-36, 1qzw:H, 30-36, 1z43:A, 78-84, 2v3c:M, 74-80, 2v3c:N, 74-80
AGGAC
3bbo:A, 2610-2616
AGUCC
1njm:0, 1148-1154, 1njn:0, 1148-1154, 1njo:0, 1148-1154, 1njp:0, 1148-1154, 1nkw:0, 1148-1154, 1nwx:0, 1148-1154, 1nwy:0, 1148-1154, 1ond:0, 1148-1154, 1pnu:0, 1164-1170, 1pny:0, 1164-1170, 2o45:A, 1145-1151
AUAAC
1p9x:0, 2605-2611, 2j01:A, 2616-2622, 2j03:A, 2616-2622
AUGAC
2vho:A, 1475-1481
AUUCA
2aar:0, 1108-1114, 2d3o:0, 1108-1114, 2o43:A, 1108-1114, 2o45:A, 1105-1111, 2ogo:0, 1107-1113
CCACU
1i97:A, 329-335
CCAGC
2b66:B, 65-71, 2b9n:B, 65-71, 2b9p:B, 65-71
CCAGG
1lng:B, 61-67, 1z43:A, 63-69, 2v3c:M, 59-65, 2v3c:N, 59-65
CCCGA
2b66:A, 2382-2388, 2b9n:A, 2382-2388, 2b9p:A, 2382-2388
CCCUG
2v47:A, 2059-2065, 2v49:A, 2059-2065
CCGAA
2b64:A, 828-834, 2b9o:A, 828-834, 3bbn:A, 1408-1414
CCGAG
1voq:A, 1456-1462, 1vos:A, 1456-1462, 1vov:A, 1456-1462, 1vox:A, 1456-1462, 1voz:A, 1456-1462, 2uxd:A, 1408-1414
CGAAA
1j5a:A, 640-646, 1jzx:A, 640-646, 1jzy:A, 640-646, 1jzz:A, 640-646, 1k01:A, 640-646, 1njm:0, 635-641, 1njn:0, 635-641, 1njo:0, 635-641, 1njp:0, 635-641, 1nkw:0, 635-641, 1nwx:0, 635-641, 1nwy:0, 635-641, 1ond:0, 635-641, 1p9x:0, 612-618, 1pnu:0, 635-641, 1pny:0, 635-641, 1sm1:0, 635-641, 1vs6:B, 672-678, 1vs8:B, 672-678, 1vsp:w, 698-704, 1xbp:0, 635-641, 1y69:0, 635-641, 1yl3:A, 697-703, 1z58:2, 629-635, 2aar:0, 635-641, 2aw4:B, 672-678, 2awb:B, 672-678, 2d3o:0, 635-641, 2hgj:A, 697-703, 2hgq:A, 697-703, 2hgu:A, 697-703, 2i2t:B, 672-678, 2i2v:B, 672-678, 2j01:A, 681-687, 2j03:A, 681-687, 2j28:B, 672-678, 2jl6:A, 708-714, 2jl8:A, 708-714, 2o43:A, 635-641, 2o44:A, 635-641, 2o45:A, 635-641, 2ogm:0, 635-641, 2ogo:0, 634-640, 2qam:B, 672-678, 2qao:B, 672-678, 2qba:B, 672-678, 2qbc:B, 672-678, 2qbe:B, 672-678, 2qbg:B, 672-678, 2qbi:B, 672-678, 2qbk:B, 672-678, 2qov:B, 672-678, 2qox:B, 672-678, 2qoz:B, 672-678, 2qp1:B, 672-678, 2z4l:B, 672-678, 2z4n:B, 672-678, 2zjp:X, 613-619, 2zjq:X, 613-619, 2zjr:X, 613-619, 3bbx:B, 672-678, 3cf5:X, 613-619, 3d5b:A, 693-699, 3d5d:A, 693-699, 3df2:B, 672-678, 3df4:B, 672-678, 3dll:X, 613-619
CGAAU
1ffk:0, 753-759, 1jj2:0, 757-763, 1k73:A, 757-763, 1k8a:A, 757-763, 1k9m:A, 757-763, 1kc8:A, 757-763, 1kd1:A, 757-763, 1kqs:0, 757-763, 1m1k:A, 757-763, 1m90:A, 757-763, 1n8r:A, 757-763, 1nji:A, 757-763, 1q7y:A, 757-763, 1q81:A, 757-763, 1q82:A, 757-763, 1q86:A, 757-763, 1qvf:0, 757-763, 1qvg:0, 757-763, 1s1i:3, 756-762, 1s72:0, 757-763, 1vq4:0, 757-763, 1vq5:0, 757-763, 1vq6:0, 757-763, 1vq7:0, 757-763, 1vq8:0, 757-763, 1vq9:0, 757-763, 1vqk:0, 757-763, 1vql:0, 757-763, 1vqm:0, 757-763, 1vqn:0, 757-763, 1vqo:0, 757-763, 1vqp:0, 757-763, 1w2b:0, 757-763, 1yhq:0, 757-763, 1yi2:0, 757-763, 1yij:0, 757-763, 1yit:0, 757-763, 1yj9:0, 757-763, 1yjn:0, 757-763, 1yjw:0, 757-763, 2otj:0, 757-763, 2otl:0, 757-763, 2qa4:0, 756-762, 2qex:0, 757-763, 3cc2:0, 757-763, 3cc4:0, 757-763, 3cc7:0, 757-763, 3cce:0, 757-763, 3ccj:0, 757-763, 3ccl:0, 757-763, 3ccm:0, 757-763, 3ccq:0, 757-763, 3ccr:0, 757-763, 3ccs:0, 757-763, 3ccu:0, 757-763, 3ccv:0, 757-763, 3cd6:0, 757-763, 3cma:0, 757-763, 3cme:0, 757-763, 3cpw:0, 757-763
CGACU
1njm:0, 1186-1192, 1njn:0, 1186-1192, 1njo:0, 1186-1192, 1njp:0, 1186-1192, 1nkw:0, 1186-1192, 1nwx:0, 1186-1192, 1nwy:0, 1186-1192, 1ond:0, 1186-1192, 1pnu:0, 1202-1208, 1pny:0, 1202-1208
CGAGC
1p9x:0, 2230-2236
CGGAU
1i97:A, 218-224
CGGGA
1sm1:0, 1473-1479
CGUGA
2f4v:A, 1451-1457
CUAAC
1p9x:0, 2066-2072
CUAAU
1ibm:A, 158-164, 1n32:A, 158-164, 1xmo:A, 158-164, 1xnr:A, 158-164, 1yl4:A, 158-164, 2b64:A, 158-164, 2b9m:A, 158-164, 2b9o:A, 158-164, 2e5l:A, 159-165, 2f4v:A, 158-164, 2hgi:A, 158-164, 2hgp:A, 158-164, 2hgr:A, 158-164, 2hhh:A, 158-164, 2ow8:y, 158-164, 2qnh:y, 158-164, 2uu9:A, 158-164, 2uua:A, 158-164, 2uub:A, 158-164, 2uuc:A, 158-164, 2uxb:A, 158-164, 2vqe:A, 158-164, 2vqf:A, 158-164, 3d5a:A, 158-164, 3d5c:A, 158-164
CUGAG
2vhm:B, 1495-1501, 2vhn:B, 1495-1501
GAACA
1ffk:0, 1828-1834, 1jj2:0, 1878-1884, 1k73:A, 1878-1884, 1k8a:A, 1878-1884, 1k9m:A, 1878-1884, 1kc8:A, 1878-1884, 1kd1:A, 1878-1884, 1kqs:0, 1878-1884, 1m1k:A, 1878-1884, 1m90:A, 1878-1884, 1n8r:A, 1878-1884, 1nji:A, 1878-1884, 1q7y:A, 1878-1884, 1q81:A, 1878-1884, 1q82:A, 1878-1884, 1q86:A, 1878-1884, 1qvf:0, 1878-1884, 1qvg:0, 1878-1884, 1s1i:3, 1986-1992, 1s72:0, 1878-1884, 1vq4:0, 1878-1884, 1vq5:0, 1878-1884, 1vq6:0, 1878-1884, 1vq7:0, 1878-1884, 1vq8:0, 1878-1884, 1vq9:0, 1878-1884, 1vqk:0, 1878-1884, 1vql:0, 1878-1884, 1vqm:0, 1878-1884, 1vqn:0, 1878-1884, 1vqo:0, 1878-1884, 1vqp:0, 1878-1884, 1w2b:0, 1878-1884, 1yhq:0, 1878-1884, 1yi2:0, 1878-1884, 1yij:0, 1878-1884, 1yit:0, 1878-1884, 1yj9:0, 1878-1884, 1yjn:0, 1878-1884, 1yjw:0, 1878-1884, 2otj:0, 1878-1884, 2otl:0, 1878-1884, 2qa4:0, 1883-1889, 2qex:0, 1878-1884, 3cc2:0, 1878-1884, 3cc4:0, 1878-1884, 3cc7:0, 1878-1884, 3cce:0, 1878-1884, 3ccj:0, 1878-1884, 3ccl:0, 1878-1884, 3ccm:0, 1878-1884, 3ccq:0, 1878-1884, 3ccr:0, 1878-1884, 3ccs:0, 1878-1884, 3ccu:0, 1878-1884, 3ccv:0, 1878-1884, 3cd6:0, 1878-1884, 3cma:0, 1878-1884, 3cme:0, 1878-1884, 3cpw:0, 1878-1884
GAACU
1voy:B, 156-162
GAAGU
1fjg:A, 1409-1415, 1hnw:A, 1409-1415, 1hnx:A, 1409-1415, 1hnz:A, 1409-1415, 1hr0:A, 1409-1415, 1i94:A, 1412-1418, 1i95:A, 1412-1418, 1i96:A, 1412-1418, 1ibk:A, 1409-1415, 1ibl:A, 1409-1415, 1ibm:A, 1409-1415, 1j5e:A, 1409-1415, 1n32:A, 1409-1415, 1n33:A, 1409-1415, 1s1h:A, 1410-1416, 1xmo:A, 1403-1409, 1xmq:A, 1403-1409, 1xnq:A, 1403-1409, 1xnr:A, 1403-1409, 1yl4:A, 1409-1415, 2b64:A, 1409-1415, 2b9m:A, 1409-1415, 2b9o:A, 1409-1415, 2e5l:A, 1410-1416, 2hgi:A, 1409-1415, 2hgp:A, 1409-1415, 2hgr:A, 1409-1415, 2hhh:A, 1409-1415, 2hhh:A, 1463-1469, 2j00:A, 1409-1415, 2j02:A, 1409-1415, 2jl5:A, 1409-1415, 2jl7:A, 1409-1415, 2om7:C, 31-37, 2ow8:y, 1409-1415, 2qnh:y, 1409-1415, 2uu9:A, 1409-1415, 2uua:A, 1409-1415, 2uub:A, 1409-1415, 2uuc:A, 1409-1415, 2uxb:A, 1409-1415, 2uxc:A, 1409-1415, 2v46:A, 1409-1415, 2v48:A, 1409-1415, 2vqe:A, 1409-1415, 2vqf:A, 1409-1415, 3d5a:A, 1409-1415, 3d5c:A, 1409-1415
GACAA
2jl5:A, 137-143, 2jl7:A, 137-143
GAGCG
2f4v:A, 1394-1400
GAUAA
2gy9:A, 136-142, 2gyb:A, 136-142, 2i2p:A, 143-149, 2i2u:A, 143-149, 2qbd:A, 143-149, 2qbh:A, 143-149, 2qbj:A, 143-149, 2z4k:A, 143-149, 2z4m:A, 143-149, 3df1:A, 143-149, 3df3:A, 143-149
GAUGG
1p9x:0, 1341-1347, 1sm1:0, 1365-1371
GCCAA
1grz:A, 119-125, 1l8v:A, 111-117, 1l8v:B, 111-117, 2r8s:R, 112-118
GCCGA
2f4v:A, 1436-1442
GCUAG
1i97:A, 631-637, 2hhh:A, 628-634
GGAAA
1hr2:A, 8-14, 1hr2:B, 9-15, 2r8s:R, 9-15
GGAAU
1fka:A, 643-649, 1voq:A, 665-671, 1vos:A, 665-671, 1vov:A, 665-671, 1vox:A, 665-671, 1voz:A, 665-671, 3bbn:A, 615-621
GGACU
1z58:2, 2734-2740
GGAGU
2vho:A, 1411-1417
GGAUA
2v49:A, 367-373
GGCUA
1yl3:A, 898-904
GGGAG
1fka:A, 599-605
GGGCC
1n34:A, 63-69
GGGUU
1nkw:0, 2016-2022, 1nwx:0, 2016-2022, 1nwy:0, 2016-2022, 1ond:0, 2015-2021
GGUAA
2vho:A, 63-69, 2vhp:A, 63-69, 3d5b:A, 2788-2794, 3d5d:A, 2788-2794
GGUAG
1j5a:A, 2618-2624, 1jzx:A, 2618-2624, 1jzz:A, 2618-2624, 2b66:A, 2636-2642, 2b9n:A, 2636-2642, 2b9p:A, 2636-2642
GGUGC
1njm:0, 700-706, 1njn:0, 700-706, 1njo:0, 700-706, 1njp:0, 700-706, 1sm1:0, 700-706, 1xbp:0, 700-706, 1z58:2, 694-700, 2d3o:0, 700-706, 2o43:A, 700-706, 2ogm:0, 700-706, 2ogn:0, 700-706, 2ogo:0, 699-705
GGUGU
2vhm:B, 1390-1396
GGUUU
3bbo:A, 2427-2433
GUAGC
2vhp:A, 1434-1440
GUUUG
2vhn:B, 2436-2442
UAGAA
2vho:A, 667-673, 2vhp:A, 667-673
UCAAA
1l9a:B, 100-106
UCACG
1n33:A, 1383-1389, 2f4v:A, 1383-1389
UCUAA
1p9x:0, 1501-1507, 1sm1:0, 1525-1531, 1xbp:0, 1525-1531, 2d3o:0, 2111-2117, 2o43:A, 1525-1531, 2ogm:0, 1525-1531, 2zjp:X, 2001-2007, 3dll:X, 2001-2007
UCUUG
2gio:A, 5-11
UGAAA
1j5a:A, 670-676, 1jzx:A, 670-676, 1jzy:A, 670-676, 1jzz:A, 670-676, 1k01:A, 670-676, 1njm:0, 665-671, 1njn:0, 665-671, 1njo:0, 665-671, 1njp:0, 665-671, 1nkw:0, 665-671, 1nwx:0, 665-671, 1nwy:0, 665-671, 1ond:0, 665-671, 1p9x:0, 642-648, 1pnu:0, 665-671, 1pny:0, 665-671, 1sm1:0, 665-671, 1y69:0, 665-671, 2aar:0, 665-671, 2d3o:0, 665-671, 2o44:A, 665-671, 2o45:A, 665-671, 2ogm:0, 665-671, 2ogn:0, 665-671, 2ogo:0, 664-670, 2zjp:X, 643-649, 2zjq:X, 643-649, 2zjr:X, 643-649, 3cf5:X, 643-649, 3dll:X, 643-649
UGAAC
1i97:A, 430-436, 2jl5:A, 427-433, 2jl7:A, 427-433, 2v46:A, 427-433, 2v48:A, 427-433
UGAGA
3bbo:A, 2575-2581
UGCCA
1ykq:B, 11-17, 1ykv:B, 11-17, 1ykv:D, 11-17
UGCCG
1yls:B, 11-17, 1yls:D, 11-17
UGGAA
2qnh:y, 650-656
UGUAG
1j5a:A, 825-831, 1jzy:A, 825-831, 1jzz:A, 825-831, 1k01:A, 825-831, 1p9x:0, 797-803, 1sm1:0, 820-826, 1y69:0, 820-826, 2o43:A, 820-826, 2ogn:0, 820-826, 2ogo:0, 819-825
UGUUA
2vhp:A, 586-592
UGUUC
3bbo:A, 2014-2020
UUUCA
1vs5:A, 432-438, 1vs7:A, 432-438, 2avy:A, 432-438, 2aw7:A, 432-438, 2qal:A, 432-438, 2qan:A, 432-438, 2qow:A, 432-438, 2qoy:A, 432-438, 2qp0:A, 432-438, 2z4k:A, 432-438, 2z4m:A, 432-438, 3df1:A, 432-438, 3df3:A, 432-438