Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(005)-Segment cluster 3785 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 134 structure(s)
Representative structure 3ccm:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNN
Cluster members
AGCAA
1z43:A, 78-84, 2v3c:M, 74-80, 2v3c:N, 74-80
AGGAC
3bbo:A, 2610-2616
AUUCA
2aar:0, 1108-1114, 2o43:A, 1108-1114, 2o45:A, 1105-1111, 2ogo:0, 1107-1113
CCGAA
2b64:A, 828-834, 2b9o:A, 828-834
CGAAA
1j5a:A, 640-646, 1jzx:A, 640-646, 1jzy:A, 640-646, 1jzz:A, 640-646, 1k01:A, 640-646, 1njm:0, 635-641, 1njn:0, 635-641, 1njo:0, 635-641, 1njp:0, 635-641, 1nkw:0, 635-641, 1nwx:0, 635-641, 1nwy:0, 635-641, 1ond:0, 635-641, 1p9x:0, 612-618, 1pnu:0, 635-641, 1pny:0, 635-641, 1sm1:0, 635-641, 1xbp:0, 635-641, 1yl3:A, 697-703, 1z58:2, 629-635, 2aar:0, 635-641, 2d3o:0, 635-641, 2hgj:A, 697-703, 2hgq:A, 697-703, 2hgu:A, 697-703, 2jl6:A, 708-714, 2jl8:A, 708-714, 2o43:A, 635-641, 2o44:A, 635-641, 2o45:A, 635-641, 2ogm:0, 635-641, 2ogo:0, 634-640, 2zjp:X, 613-619, 2zjq:X, 613-619, 2zjr:X, 613-619, 3cf5:X, 613-619, 3dll:X, 613-619
CGAAU
1ffk:0, 753-759, 1jj2:0, 757-763, 1k73:A, 757-763, 1k8a:A, 757-763, 1k9m:A, 757-763, 1kc8:A, 757-763, 1kd1:A, 757-763, 1kqs:0, 757-763, 1m1k:A, 757-763, 1m90:A, 757-763, 1n8r:A, 757-763, 1nji:A, 757-763, 1q81:A, 757-763, 1q82:A, 757-763, 1q86:A, 757-763, 1qvf:0, 757-763, 1qvg:0, 757-763, 1s1i:3, 756-762, 1s72:0, 757-763, 1vq4:0, 757-763, 1vq5:0, 757-763, 1vq6:0, 757-763, 1vq7:0, 757-763, 1vq8:0, 757-763, 1vq9:0, 757-763, 1vqk:0, 757-763, 1vql:0, 757-763, 1vqm:0, 757-763, 1vqn:0, 757-763, 1vqo:0, 757-763, 1vqp:0, 757-763, 1w2b:0, 757-763, 1yhq:0, 757-763, 1yi2:0, 757-763, 1yij:0, 757-763, 1yit:0, 757-763, 1yj9:0, 757-763, 1yjn:0, 757-763, 1yjw:0, 757-763, 2otj:0, 757-763, 2otl:0, 757-763, 2qa4:0, 756-762, 2qex:0, 757-763, 3cc2:0, 757-763, 3cc4:0, 757-763, 3cc7:0, 757-763, 3cce:0, 757-763, 3ccj:0, 757-763, 3ccl:0, 757-763, 3ccm:0, 757-763, 3ccq:0, 757-763, 3ccr:0, 757-763, 3ccs:0, 757-763, 3ccu:0, 757-763, 3ccv:0, 757-763, 3cd6:0, 757-763, 3cma:0, 757-763, 3cme:0, 757-763, 3cpw:0, 757-763
CGAGC
1p9x:0, 2230-2236
CGGAU
1i97:A, 218-224
CGGGA
1sm1:0, 1473-1479
CUGAG
2vhm:B, 1495-1501, 2vhn:B, 1495-1501
GACAA
2jl5:A, 137-143, 2jl7:A, 137-143
GAUAA
2gyb:A, 136-142
GCCAA
1grz:A, 119-125, 1l8v:A, 111-117, 1l8v:B, 111-117
GGAAA
1hr2:B, 9-15
GGAAU
1fka:A, 643-649, 3bbn:A, 615-621
GGAUA
2v49:A, 367-373
GGGAG
1fka:A, 599-605, 2b64:A, 607-613, 2b9m:A, 607-613, 2b9o:A, 607-613
GGUAG
1j5a:A, 2618-2624, 1jzx:A, 2618-2624, 1jzz:A, 2618-2624
GGUGC
2ogm:0, 700-706
UAGAA
2vho:A, 667-673, 2vhp:A, 667-673
UCUAA
1sm1:0, 1525-1531, 1xbp:0, 1525-1531
UGUUC
3bbo:A, 2014-2020