Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Segment cluster 1839 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 156 structure(s)
Representative structure 1vq7:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNVN
Cluster members
AGCA
2gya:0, 215-220, 2gyc:0, 215-220
AUCA
2o45:A, 238-243
CACA
2vho:A, 307-312, 2vhp:A, 307-312
CAGA
1z58:2, 922-927
CAGG
1yl3:A, 1076-1081, 2om7:I, 2-7
CUAU
1gix:D, 42-47, 1jgo:D, 42-47, 1jgp:D, 42-47, 1jgq:D, 42-47, 2om7:M, 42-47
GAGU
2cky:A, 70-75, 2cky:B, 70-75, 3d2g:A, 70-75, 3d2g:B, 70-75, 3d2v:A, 70-75, 3d2v:B, 70-75, 3d2x:A, 70-75, 3d2x:B, 70-75
GCAC
1j5a:A, 2743-2748, 1jzx:A, 2743-2748, 1jzy:A, 2743-2748, 1jzz:A, 2743-2748, 1k01:A, 2743-2748, 1njm:0, 2735-2740, 1njn:0, 2735-2740, 1njo:0, 2735-2740, 1njp:0, 2735-2740, 1p9x:0, 2710-2715, 1pnu:0, 2779-2784, 1pny:0, 2779-2784, 1y69:0, 2735-2740, 1z58:2, 2711-2716, 2aar:0, 2735-2740, 2d3o:0, 2756-2761, 2ogm:0, 2735-2740, 2zjp:X, 2646-2651, 2zjq:X, 2646-2651, 2zjr:X, 2643-2648, 3cf5:X, 2646-2651, 3dll:X, 2646-2651
GGAA
1n32:A, 975-980
GUAA
1vs6:B, 2794-2799, 1vs8:B, 2794-2799, 1vsa:w, 2835-2840, 1vsp:w, 2835-2840, 1yl3:A, 2821-2826, 2aw4:B, 2794-2799, 2awb:B, 2794-2799, 2gya:0, 2685-2690, 2gyc:0, 2685-2690, 2hgj:A, 2835-2840, 2hgq:A, 2835-2840, 2hgu:A, 2835-2840, 2i2t:B, 2794-2799, 2i2v:B, 2794-2799, 2j01:A, 2723-2728, 2j03:A, 2723-2728, 2j28:B, 2794-2799, 2jl6:A, 2802-2807, 2jl8:A, 2802-2807, 2qam:B, 2794-2799, 2qao:B, 2794-2799, 2qba:B, 2794-2799, 2qbc:B, 2794-2799, 2qbe:B, 2794-2799, 2qbg:B, 2794-2799, 2qbi:B, 2794-2799, 2qbk:B, 2794-2799, 2qov:B, 2794-2799, 2qox:B, 2794-2799, 2qoz:B, 2794-2799, 2qp1:B, 2794-2799, 2v47:A, 2718-2723, 2v49:A, 2718-2723, 2vhm:B, 2794-2799, 2vhn:B, 2794-2799, 2z4l:B, 2794-2799, 2z4n:B, 2794-2799, 3bbx:B, 3077-3082, 3d5b:A, 2830-2835, 3d5d:A, 2830-2835, 3df2:B, 2794-2799, 3df4:B, 2794-2799
GUGC
1ffk:0, 2677-2682, 1jj2:0, 2728-2733, 1k73:A, 2728-2733, 1k8a:A, 2728-2733, 1k9m:A, 2728-2733, 1kc8:A, 2728-2733, 1kd1:A, 2728-2733, 1kqs:0, 2728-2733, 1m1k:A, 2728-2733, 1m90:A, 2728-2733, 1n8r:A, 2728-2733, 1nji:A, 2728-2733, 1q7y:A, 2728-2733, 1q81:A, 2728-2733, 1q82:A, 2728-2733, 1q86:A, 2728-2733, 1qvf:0, 2728-2733, 1qvg:0, 2728-2733, 1s1i:3, 3044-3049, 1s72:0, 2728-2733, 1vq4:0, 2728-2733, 1vq5:0, 2728-2733, 1vq6:0, 2728-2733, 1vq7:0, 2728-2733, 1vq8:0, 2728-2733, 1vq9:0, 2728-2733, 1vqk:0, 2728-2733, 1vql:0, 2728-2733, 1vqm:0, 2728-2733, 1vqn:0, 2728-2733, 1vqo:0, 2728-2733, 1vqp:0, 2728-2733, 1w2b:0, 2728-2733, 1yhq:0, 2728-2733, 1yi2:0, 2728-2733, 1yij:0, 2728-2733, 1yit:0, 2728-2733, 1yj9:0, 2728-2733, 1yjn:0, 2728-2733, 1yjw:0, 2728-2733, 2go5:9, 40-45, 2otj:0, 2728-2733, 2otl:0, 2728-2733, 2qa4:0, 2733-2738, 2qex:0, 2728-2733, 3cc2:0, 2728-2733, 3cc4:0, 2728-2733, 3cc7:0, 2728-2733, 3cce:0, 2728-2733, 3ccj:0, 2728-2733, 3ccl:0, 2728-2733, 3ccm:0, 2728-2733, 3ccq:0, 2728-2733, 3ccr:0, 2728-2733, 3ccs:0, 2728-2733, 3ccu:0, 2728-2733, 3ccv:0, 2728-2733, 3cd6:0, 2728-2733, 3cma:0, 2728-2733, 3cme:0, 2728-2733, 3cpw:0, 2728-2733
UACC
1p9x:0, 1932-1937, 1xbp:0, 1957-1962
UAGC
1i97:A, 280-285, 1n34:A, 277-282, 1voq:A, 281-286, 1vos:A, 281-286, 1vov:A, 281-286, 1vox:A, 281-286, 1voz:A, 281-286