Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Segment cluster 300 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 348 structure(s)
Representative structure 1il2:D (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence VDNN
Cluster members
AAAC
1g59:B, 43-48, 1g59:D, 43-48, 1n77:C, 43-48, 1n77:D, 43-48, 1n78:C, 43-48, 1n78:D, 43-48, 2cv0:C, 43-48, 2cv0:D, 43-48, 2cv1:D, 43-48, 2cv2:C, 43-48, 2cv2:D, 43-48, 2dxi:C, 43-48, 2dxi:D, 43-48
AAAG
1yl4:A, 196-201
AGAU
1asy:R, 43-48, 1asy:S, 43-48, 1asz:R, 43-48, 1asz:S, 43-48, 1il2:C, 43-48, 1il2:D, 42-47, 2tra:A, 43-48, 3tra:A, 43-48, 486d:E, 43-48
AGGU
1exd:B, 41-46
CAAG
1euy:B, 41-46
CGAC
2d6f:E, 43-48
CUAG
1u0b:A, 42-47
GAAA
1ffk:0, 900-905, 1jj2:0, 904-909, 1k73:A, 904-909, 1k8a:A, 904-909, 1k9m:A, 904-909, 1kc8:A, 904-909, 1kd1:A, 904-909, 1kqs:0, 904-909, 1m1k:A, 904-909, 1m90:A, 904-909, 1n8r:A, 904-909, 1nji:A, 904-909, 1q7y:A, 904-909, 1q81:A, 904-909, 1q82:A, 904-909, 1q86:A, 904-909, 1qvf:0, 904-909, 1qvg:0, 904-909, 1s1i:3, 903-908, 1s72:0, 904-909, 1sm1:0, 1285-1290, 1vor:B, 1301-1306, 1vou:B, 1301-1306, 1vp0:B, 1301-1306, 1vq4:0, 904-909, 1vq5:0, 904-909, 1vq6:0, 904-909, 1vq7:0, 904-909, 1vq8:0, 904-909, 1vq9:0, 904-909, 1vqk:0, 904-909, 1vql:0, 904-909, 1vqm:0, 904-909, 1vqn:0, 904-909, 1vqo:0, 904-909, 1vqp:0, 904-909, 1vs6:B, 817-822, 1vs8:B, 817-822, 1vsa:w, 843-848, 1vsp:w, 843-848, 1w2b:0, 904-909, 1y69:0, 1285-1290, 1yhq:0, 904-909, 1yi2:0, 904-909, 1yij:0, 904-909, 1yit:0, 904-909, 1yj9:0, 904-909, 1yjn:0, 904-909, 1yjw:0, 904-909, 1yl3:A, 842-847, 2aar:0, 1285-1290, 2aw4:B, 817-822, 2awb:B, 817-822, 2hgj:A, 842-847, 2hgq:A, 842-847, 2hgu:A, 842-847, 2i2t:B, 817-822, 2i2v:B, 817-822, 2j01:A, 826-831, 2j03:A, 826-831, 2j28:B, 817-822, 2o43:A, 780-785, 2ogm:0, 1285-1290, 2ogm:0, 780-785, 2ogn:0, 1285-1290, 2ogo:0, 779-784, 2otj:0, 904-909, 2otl:0, 904-909, 2qa4:0, 903-908, 2qam:B, 817-822, 2qao:B, 817-822, 2qba:B, 817-822, 2qbc:B, 817-822, 2qbe:B, 817-822, 2qbg:B, 817-822, 2qbi:B, 817-822, 2qbk:B, 817-822, 2qex:0, 904-909, 2qov:B, 817-822, 2qox:B, 817-822, 2qoz:B, 817-822, 2qp1:B, 817-822, 2v47:A, 826-831, 2v49:A, 826-831, 2vhn:B, 817-822, 2z4l:B, 817-822, 2z4n:B, 817-822, 2zjp:X, 1263-1268, 2zjq:X, 1263-1268, 2zjq:X, 758-763, 2zjr:X, 1260-1265, 2zjr:X, 758-763, 3bbx:B, 817-822, 3cc2:0, 904-909, 3cc4:0, 904-909, 3cc7:0, 904-909, 3cce:0, 904-909, 3ccj:0, 904-909, 3ccl:0, 904-909, 3ccm:0, 904-909, 3ccq:0, 904-909, 3ccr:0, 904-909, 3ccs:0, 904-909, 3ccu:0, 904-909, 3ccv:0, 904-909, 3cd6:0, 904-909, 3cf5:X, 1263-1268, 3cma:0, 904-909, 3cme:0, 904-909, 3cpw:0, 904-909, 3d5b:A, 838-843, 3d5d:A, 838-843, 3df2:B, 817-822, 3df4:B, 817-822, 3dll:X, 1263-1268, 3dll:X, 758-763
GAAG
1j5a:A, 1500-1505, 1jzx:A, 1500-1505, 1jzy:A, 1500-1505, 1jzz:A, 1500-1505, 1k01:A, 1500-1505, 1njm:0, 1492-1497, 1njn:0, 1492-1497, 1njo:0, 1492-1497, 1njp:0, 1492-1497, 1nkw:0, 1492-1497, 1nwx:0, 1492-1497, 1nwy:0, 1492-1497, 1ond:0, 1491-1496, 1pnu:0, 1508-1513, 1pny:0, 1508-1513, 1y69:0, 1492-1497, 2ogm:0, 1492-1497, 2ogo:0, 1491-1496, 2zjp:X, 1470-1475, 2zjq:X, 1470-1475, 2zjr:X, 1467-1472, 3cf5:X, 1470-1475, 3dll:X, 1470-1475
GGAA
1ffk:0, 1508-1513, 1jj2:0, 1558-1563, 1k73:A, 1558-1563, 1k8a:A, 1558-1563, 1k9m:A, 1558-1563, 1kc8:A, 1558-1563, 1kd1:A, 1558-1563, 1kqs:0, 1558-1563, 1m1k:A, 1558-1563, 1m90:A, 1558-1563, 1n8r:A, 1558-1563, 1nji:A, 1558-1563, 1q7y:A, 1558-1563, 1q81:A, 1558-1563, 1q82:A, 1558-1563, 1q86:A, 1558-1563, 1qvf:0, 1558-1563, 1qvg:0, 1558-1563, 1s1i:3, 1666-1671, 1s72:0, 1558-1563, 1vq4:0, 1558-1563, 1vq5:0, 1558-1563, 1vq6:0, 1558-1563, 1vq7:0, 1558-1563, 1vq8:0, 1558-1563, 1vq9:0, 1558-1563, 1vqk:0, 1558-1563, 1vql:0, 1558-1563, 1vqm:0, 1558-1563, 1vqn:0, 1558-1563, 1vqo:0, 1558-1563, 1vqp:0, 1558-1563, 1w2b:0, 1558-1563, 1yhq:0, 1558-1563, 1yi2:0, 1558-1563, 1yij:0, 1558-1563, 1yit:0, 1558-1563, 1yj9:0, 1558-1563, 1yjn:0, 1558-1563, 1yjw:0, 1558-1563, 1ysh:F, 12-17, 2j37:Z, 233-238, 2otj:0, 1558-1563, 2otl:0, 1558-1563, 2qa4:0, 1563-1568, 2qex:0, 1558-1563, 3cc2:0, 1558-1563, 3cc4:0, 1558-1563, 3cc7:0, 1558-1563, 3cce:0, 1558-1563, 3ccj:0, 1558-1563, 3ccl:0, 1558-1563, 3ccm:0, 1558-1563, 3ccq:0, 1558-1563, 3ccu:0, 1558-1563, 3ccv:0, 1558-1563, 3cd6:0, 1558-1563, 3cma:0, 1558-1563, 3cme:0, 1558-1563, 3cpw:0, 1558-1563
GGCU
1q81:A, 2504-2509, 1vql:0, 2504-2509, 1vqp:0, 2504-2509, 2qex:0, 2504-2509, 3ccm:0, 2504-2509
GGUC
1vs6:B, 2553-2558, 1vs8:B, 2553-2558, 2aw4:B, 2553-2558, 2awb:B, 2553-2558, 2hgj:A, 2596-2601, 2hgq:A, 2596-2601, 2hgu:A, 2596-2601, 2i2t:B, 2553-2558, 2i2v:B, 2553-2558, 2j28:B, 2553-2558, 2qbi:B, 2553-2558, 2qbk:B, 2553-2558, 2qov:B, 2553-2558, 2qoz:B, 2553-2558, 2qp1:B, 2553-2558, 3bbx:B, 2836-2841, 3df2:B, 2553-2558, 3df4:B, 2553-2558
GUGA
1vs6:B, 1322-1327, 1vs8:B, 1322-1327, 2aw4:B, 1322-1327, 2awb:B, 1322-1327, 2gya:0, 1262-1267, 2gyc:0, 1262-1267, 2i2t:B, 1322-1327, 2i2v:B, 1322-1327, 2j28:B, 1322-1327, 2qam:B, 1322-1327, 2qao:B, 1322-1327, 2qba:B, 1322-1327, 2qbc:B, 1322-1327, 2qbe:B, 1322-1327, 2qbg:B, 1322-1327, 2qbi:B, 1322-1327, 2qbk:B, 1322-1327, 2qov:B, 1322-1327, 2qox:B, 1322-1327, 2qoz:B, 1322-1327, 2qp1:B, 1322-1327, 2vhm:B, 1322-1327, 2vhn:B, 1322-1327, 2z4l:B, 1322-1327, 2z4n:B, 1322-1327, 3df2:B, 1322-1327, 3df4:B, 1322-1327
GUUA
1ffk:0, 1366-1371, 1jj2:0, 1413-1418, 1k73:A, 1413-1418, 1k8a:A, 1413-1418, 1k9m:A, 1413-1418, 1kc8:A, 1413-1418, 1kd1:A, 1413-1418, 1kqs:0, 1413-1418, 1m1k:A, 1413-1418, 1m90:A, 1413-1418, 1n8r:A, 1413-1418, 1nji:A, 1413-1418, 1q7y:A, 1413-1418, 1q81:A, 1413-1418, 1q82:A, 1413-1418, 1q86:A, 1413-1418, 1qvf:0, 1413-1418, 1qvg:0, 1413-1418, 1s1i:3, 1524-1529, 1s72:0, 1413-1418, 1vq4:0, 1413-1418, 1vq5:0, 1413-1418, 1vq6:0, 1413-1418, 1vq7:0, 1413-1418, 1vq8:0, 1413-1418, 1vq9:0, 1413-1418, 1vqk:0, 1413-1418, 1vql:0, 1413-1418, 1vqm:0, 1413-1418, 1vqn:0, 1413-1418, 1vqo:0, 1413-1418, 1vqp:0, 1413-1418, 1vsp:w, 1363-1368, 1w2b:0, 1413-1418, 1yhq:0, 1413-1418, 1yi2:0, 1413-1418, 1yij:0, 1413-1418, 1yit:0, 1413-1418, 1yj9:0, 1413-1418, 1yjn:0, 1413-1418, 1yjw:0, 1413-1418, 1yl3:A, 1362-1367, 2j01:A, 1288-1293, 2j03:A, 1288-1293, 2jl6:A, 1367-1372, 2jl8:A, 1367-1372, 2otj:0, 1413-1418, 2otl:0, 1413-1418, 2qa4:0, 1418-1423, 2qex:0, 1413-1418, 2v47:A, 1288-1293, 2v49:A, 1288-1293, 3cc2:0, 1413-1418, 3cc4:0, 1413-1418, 3cc7:0, 1413-1418, 3cce:0, 1413-1418, 3ccj:0, 1413-1418, 3ccl:0, 1413-1418, 3ccm:0, 1413-1418, 3ccq:0, 1413-1418, 3ccr:0, 1413-1418, 3ccs:0, 1413-1418, 3ccu:0, 1413-1418, 3ccv:0, 1413-1418, 3cd6:0, 1413-1418, 3cma:0, 1413-1418, 3cme:0, 1413-1418, 3cpw:0, 1413-1418, 3d5b:A, 1358-1363, 3d5d:A, 1358-1363
GUUU
2ogm:0, 2133-2138, 2ogn:0, 2133-2138