Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Segment cluster 781 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 249 structure(s)
Representative structure 1n33:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNN
Cluster members
AAUU
3bbo:A, 632-637
ACAA
1k8a:A, 540-545, 1k9m:A, 540-545, 1nji:A, 540-545, 1q7y:A, 540-545, 1vq8:0, 540-545, 1vq9:0, 540-545, 1vqk:0, 540-545, 1vql:0, 540-545, 1vqm:0, 540-545, 1vqn:0, 540-545, 1vqo:0, 540-545, 1vqp:0, 540-545, 1yhq:0, 540-545, 1yjw:0, 540-545, 3cc2:0, 540-545, 3cc4:0, 540-545, 3cc7:0, 540-545, 3ccj:0, 540-545, 3ccl:0, 540-545, 3ccm:0, 540-545, 3ccq:0, 540-545, 3ccs:0, 540-545, 3ccu:0, 540-545, 3cma:0, 540-545, 3cme:0, 540-545, 3cpw:0, 540-545
ACCA
1dul:B, 10-15, 1hq1:B, 10-15, 2j28:8, 21-26, 2pxb:B, 10-15, 2pxd:B, 10-15, 2pxe:B, 10-15, 2pxf:B, 10-15, 2pxk:B, 10-15, 2pxl:B, 10-15, 2pxp:B, 10-15, 2pxq:B, 10-15, 2pxt:B, 10-15, 2pxu:B, 10-15, 2pxv:B, 10-15
AUCA
1z58:2, 2746-2751
CAAU
1i96:A, 365-370, 1voq:A, 366-371, 1vos:A, 366-371, 1vov:A, 366-371, 1vox:A, 366-371, 1voz:A, 366-371, 2jl5:A, 362-367, 2jl7:A, 362-367, 3bbn:A, 337-342
CACU
1yl4:1, 32-37
CGCA
1vor:B, 2561-2566, 1voy:B, 2561-2566, 1vp0:B, 2561-2566, 2hgj:A, 2615-2620, 2hgq:A, 2615-2620
GAAA
1nkw:9, 54-59, 1nwx:9, 54-59, 1nwy:9, 54-59, 1vs8:A, 54-59, 1xbp:9, 54-59, 2awb:A, 54-59, 2hgj:B, 57-62, 2hgu:B, 57-62, 2j28:A, 54-59, 2qam:A, 54-59, 2qao:A, 54-59, 2qoz:A, 54-59, 2qp1:A, 54-59, 2z4l:A, 54-59, 2z4n:A, 54-59
GAAC
1njm:0, 2624-2629, 1njn:0, 2624-2629, 1njo:0, 2624-2629, 1njp:0, 2624-2629, 1pnu:0, 2668-2673, 1pny:0, 2668-2673
GACU
1j5a:A, 548-553, 1jzx:A, 548-553, 1jzy:A, 548-553, 1jzz:A, 548-553, 1k01:A, 548-553, 1njm:0, 543-548, 1njn:0, 543-548, 1njo:0, 543-548, 1njp:0, 543-548, 1nkw:0, 543-548, 1nwx:0, 543-548, 1nwy:0, 543-548, 1ond:0, 543-548, 1p9x:0, 520-525, 1pnu:0, 543-548, 1pny:0, 543-548, 1sm1:0, 543-548, 1vs6:B, 584-589, 1vs8:B, 584-589, 1vsa:w, 608-613, 1vsp:w, 608-613, 1xbp:0, 543-548, 1y69:0, 543-548, 2aar:0, 543-548, 2aw4:B, 584-589, 2awb:B, 584-589, 2b66:A, 607-612, 2b9n:A, 607-612, 2b9p:A, 607-612, 2d3o:0, 543-548, 2gya:0, 527-532, 2hgj:A, 607-612, 2hgq:A, 607-612, 2hgu:A, 607-612, 2i2t:B, 584-589, 2i2v:B, 584-589, 2j01:A, 594-599, 2j03:A, 594-599, 2j28:B, 584-589, 2jl6:A, 596-601, 2jl8:A, 596-601, 2o43:A, 543-548, 2o44:A, 543-548, 2o45:A, 543-548, 2ogm:0, 543-548, 2ogn:0, 543-548, 2ogo:0, 542-547, 2qam:B, 584-589, 2qao:B, 584-589, 2qba:B, 584-589, 2qbc:B, 584-589, 2qbe:B, 584-589, 2qbg:B, 584-589, 2qbi:B, 584-589, 2qbk:B, 584-589, 2qov:B, 584-589, 2qox:B, 584-589, 2qoz:B, 584-589, 2qp1:B, 584-589, 2v47:A, 594-599, 2v49:A, 594-599, 2z4l:B, 584-589, 2z4n:B, 584-589, 2zjp:X, 521-526, 2zjq:X, 521-526, 2zjr:X, 521-526, 3bbx:B, 584-589, 3cf5:X, 521-526, 3d5b:A, 603-608, 3d5d:A, 603-608, 3df2:B, 584-589, 3df4:B, 584-589, 3dll:X, 521-526
GAGG
1vsa:w, 2877-2882, 1vsp:w, 2877-2882
GAGU
1ffk:0, 632-637, 1jj2:0, 633-638, 1k73:A, 633-638, 1k8a:A, 633-638, 1k9m:A, 633-638, 1kc8:A, 633-638, 1kd1:A, 633-638, 1kqs:0, 633-638, 1m1k:A, 633-638, 1m90:A, 633-638, 1n8r:A, 633-638, 1nji:A, 633-638, 1q7y:A, 633-638, 1q81:A, 633-638, 1q82:A, 633-638, 1q86:A, 633-638, 1qvf:0, 633-638, 1qvg:0, 633-638, 1s1i:3, 635-640, 1s72:0, 633-638, 1vq4:0, 633-638, 1vq5:0, 633-638, 1vq6:0, 633-638, 1vq7:0, 633-638, 1vq8:0, 633-638, 1vq9:0, 633-638, 1vqk:0, 633-638, 1vql:0, 633-638, 1vqm:0, 633-638, 1vqn:0, 633-638, 1vqo:0, 633-638, 1vqp:0, 633-638, 1w2b:0, 633-638, 1yhq:0, 633-638, 1yi2:0, 633-638, 1yij:0, 633-638, 1yit:0, 633-638, 1yj9:0, 633-638, 1yjn:0, 633-638, 1yjw:0, 633-638, 2otj:0, 633-638, 2otl:0, 633-638, 2qa4:0, 632-637, 2qex:0, 633-638, 3cc2:0, 633-638, 3cc4:0, 633-638, 3cc7:0, 633-638, 3cce:0, 633-638, 3ccj:0, 633-638, 3ccl:0, 633-638, 3ccm:0, 633-638, 3ccq:0, 633-638, 3ccr:0, 633-638, 3ccs:0, 633-638, 3ccu:0, 633-638, 3ccv:0, 633-638, 3cd6:0, 633-638, 3cma:0, 633-638, 3cme:0, 633-638, 3cpw:0, 633-638
GAUU
2qbz:X, 144-149
GGCC
2b64:A, 295-300, 2b9m:A, 295-300, 2b9o:A, 295-300
GUGG
1i97:A, 917-922, 1n33:A, 914-919, 1n34:A, 914-919, 1voq:A, 934-939, 1vos:A, 934-939, 1vov:A, 934-939, 1vox:A, 934-939, 1voz:A, 934-939, 2j00:A, 914-919, 2j02:A, 914-919, 2v46:A, 914-919, 2v48:A, 914-919, 3d5a:A, 914-919, 3d5c:A, 914-919
GUUA
1w2b:0, 817-822, 1yit:0, 817-822, 1yjn:0, 817-822, 2qa4:0, 816-821, 2qex:0, 817-822, 3cc4:0, 817-822, 3cce:0, 817-822, 3ccj:0, 817-822, 3ccq:0, 817-822, 3ccr:0, 817-822, 3cd6:0, 817-822
GUUC
2vhm:B, 2634-2639
GUUU
1vor:B, 2425-2430, 1vou:B, 2425-2430, 1vow:B, 2425-2430, 1voy:B, 2425-2430, 1vp0:B, 2425-2430
UAAG
3cme:9, 54-59