Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Segment cluster 5074 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 264 structure(s)
Representative structure 3cd6:9 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NDNN
Cluster members
AACU
1vs5:A, 1140-1145, 2avy:A, 1140-1145, 2qal:A, 1140-1145, 2qan:A, 1140-1145, 2qb9:A, 1140-1145, 2qbb:A, 1140-1145, 2qbd:A, 1140-1145, 2qbf:A, 1140-1145, 2qbh:A, 1140-1145, 2qbj:A, 1140-1145, 2qou:A, 1140-1145, 2qow:A, 1140-1145, 2qoy:A, 1140-1145, 2qp0:A, 1140-1145, 2z4k:A, 1140-1145, 2z4m:A, 1140-1145, 3df1:A, 1140-1145, 3df3:A, 1140-1145
CAAU
1fjg:A, 362-367, 1hnw:A, 362-367, 1hnx:A, 362-367, 1hnz:A, 362-367, 1hr0:A, 362-367, 1i94:A, 365-370, 1i95:A, 365-370, 1i96:A, 365-370, 1i97:A, 365-370, 1ibk:A, 362-367, 1ibl:A, 362-367, 1ibm:A, 362-367, 1j5e:A, 362-367, 1n32:A, 362-367, 1pns:A, 366-371, 1pnx:A, 366-371, 1s1h:A, 367-372, 1voq:A, 366-371, 1vos:A, 366-371, 1vov:A, 366-371, 1vox:A, 366-371, 1voz:A, 366-371, 1vs5:A, 367-372, 1vs7:A, 367-372, 1xmq:A, 362-367, 1xnq:A, 362-367, 1xnr:A, 362-367, 1yl4:A, 362-367, 2avy:A, 367-372, 2aw7:A, 367-372, 2b64:A, 362-367, 2b9m:A, 362-367, 2b9o:A, 362-367, 2gy9:A, 349-354, 2hgi:A, 362-367, 2hgp:A, 362-367, 2hgr:A, 362-367, 2i2p:A, 367-372, 2i2u:A, 367-372, 2jl5:A, 362-367, 2jl7:A, 362-367, 2qal:A, 367-372, 2qan:A, 367-372, 2qb9:A, 367-372, 2qbb:A, 367-372, 2qbd:A, 367-372, 2qbf:A, 367-372, 2qbh:A, 367-372, 2qbj:A, 367-372, 2qnh:y, 362-367, 2qou:A, 367-372, 2qow:A, 367-372, 2qoy:A, 367-372, 2qp0:A, 367-372, 2uu9:A, 362-367, 2uua:A, 362-367, 2uub:A, 362-367, 2uuc:A, 362-367, 2uxc:A, 362-367, 2v46:A, 362-367, 2v48:A, 362-367, 2vqe:A, 362-367, 2vqf:A, 362-367, 2z4k:A, 367-372, 2z4m:A, 367-372, 3bbn:A, 337-342, 3df1:A, 367-372, 3df3:A, 367-372
CACU
1vor:B, 827-832, 1vou:B, 827-832, 1vow:B, 827-832, 1voy:B, 827-832, 1vp0:B, 827-832, 1yl4:1, 32-37, 2b66:A, 889-894, 2b9n:A, 889-894, 2b9p:A, 889-894, 2vhn:B, 864-869
CGCU
1j5a:A, 2580-2585, 1jzx:A, 2580-2585, 1jzy:A, 2580-2585, 1jzz:A, 2580-2585, 1k01:A, 2580-2585, 1p9x:0, 2547-2552
GAAA
1nkw:9, 54-59, 1nwx:9, 54-59, 1nwy:9, 54-59, 1pnu:9, 54-59, 1pny:9, 54-59, 1sm1:9, 54-59, 1vs8:A, 54-59, 1xbp:9, 54-59, 2awb:A, 54-59, 2hgu:B, 57-62, 2j28:A, 54-59, 2qam:A, 54-59, 2qao:A, 54-59, 2qoz:A, 54-59, 2qp1:A, 54-59, 2z4l:A, 54-59, 2z4n:A, 54-59
GAUC
3bbo:A, 2396-2401
GGCC
1pnx:A, 299-304, 2b64:A, 295-300, 2b9m:A, 295-300, 2b9o:A, 295-300
GUAG
1yl3:A, 883-888, 2b66:A, 883-888, 2b9n:A, 883-888, 2b9p:A, 883-888, 2d3o:0, 821-826, 2hgj:A, 883-888, 2hgq:A, 883-888, 2hgu:A, 883-888
GUGG
2f4v:A, 914-919
GUUA
1ffk:0, 813-818, 1jj2:0, 817-822, 1k73:A, 817-822, 1k8a:A, 817-822, 1k9m:A, 817-822, 1kc8:A, 817-822, 1kd1:A, 817-822, 1kqs:0, 817-822, 1m1k:A, 817-822, 1m90:A, 817-822, 1n8r:A, 817-822, 1nji:A, 817-822, 1q7y:A, 817-822, 1q81:A, 817-822, 1q82:A, 817-822, 1q86:A, 817-822, 1qvf:0, 817-822, 1qvg:0, 817-822, 1s1i:3, 816-821, 1s72:0, 817-822, 1vq4:0, 817-822, 1vq5:0, 817-822, 1vq6:0, 817-822, 1vq7:0, 817-822, 1vq8:0, 817-822, 1vq9:0, 817-822, 1vqk:0, 817-822, 1vql:0, 817-822, 1vqm:0, 817-822, 1vqn:0, 817-822, 1vqo:0, 817-822, 1vqp:0, 817-822, 1w2b:0, 817-822, 1yhq:0, 817-822, 1yi2:0, 817-822, 1yij:0, 817-822, 1yit:0, 817-822, 1yj9:0, 817-822, 1yjn:0, 817-822, 1yjw:0, 817-822, 2otj:0, 817-822, 2otl:0, 817-822, 2qa4:0, 816-821, 2qex:0, 817-822, 3cc2:0, 817-822, 3cc4:0, 817-822, 3cc7:0, 817-822, 3cce:0, 817-822, 3ccj:0, 817-822, 3ccl:0, 817-822, 3ccm:0, 817-822, 3ccq:0, 817-822, 3ccr:0, 817-822, 3ccs:0, 817-822, 3ccu:0, 817-822, 3ccv:0, 817-822, 3cd6:0, 817-822, 3cma:0, 817-822, 3cme:0, 817-822, 3cpw:0, 817-822
GUUU
1j5a:A, 2389-2394, 1jzx:A, 2389-2394, 1jzy:A, 2389-2394, 1jzz:A, 2389-2394, 1k01:A, 2389-2394, 1vor:B, 2425-2430, 1vou:B, 2425-2430, 1vow:B, 2425-2430, 1voy:B, 2425-2430, 1vp0:B, 2425-2430, 1yl3:A, 2465-2470
UAAA
2hgj:A, 257-262
UAAG
1ffk:9, 54-59, 1jj2:9, 54-59, 1k73:B, 54-59, 1k8a:B, 54-59, 1k9m:B, 54-59, 1kc8:B, 54-59, 1kd1:B, 54-59, 1kqs:9, 54-59, 1m1k:B, 54-59, 1m90:B, 54-59, 1n8r:B, 54-59, 1nji:B, 54-59, 1q7y:B, 54-59, 1q81:B, 54-59, 1q82:B, 54-59, 1q86:B, 54-59, 1qvf:9, 54-59, 1qvg:9, 54-59, 1s1i:4, 54-59, 1s72:9, 54-59, 1vq4:9, 54-59, 1vq5:9, 54-59, 1vq6:9, 54-59, 1vq7:9, 54-59, 1vq8:9, 54-59, 1vq9:9, 54-59, 1vqk:9, 54-59, 1vql:9, 54-59, 1vqm:9, 54-59, 1vqn:9, 54-59, 1vqo:9, 54-59, 1vqp:9, 54-59, 1w2b:9, 54-59, 1yhq:9, 54-59, 1yi2:9, 54-59, 1yij:9, 54-59, 1yit:9, 54-59, 1yj9:9, 54-59, 1yjn:9, 54-59, 1yjw:9, 54-59, 2otj:9, 54-59, 2otl:9, 54-59, 2qex:9, 54-59, 3cc2:9, 54-59, 3cc4:9, 54-59, 3cc7:9, 54-59, 3cce:9, 54-59, 3ccl:9, 54-59, 3ccm:9, 54-59, 3ccq:9, 54-59, 3ccu:9, 54-59, 3ccv:9, 54-59, 3cd6:9, 54-59, 3cma:9, 54-59, 3cme:9, 54-59, 3cpw:9, 54-59
UACG
2f4v:A, 619-624
UUAC
2ogm:0, 1991-1996, 2ogn:0, 1991-1996