Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Segment cluster 5280 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 84 structure(s)
Representative structure 3d5d:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence RNDD
Cluster members
AAGU
1vs7:A, 1487-1492, 2aw7:A, 1487-1492, 2hgi:A, 1464-1469, 2hgr:A, 1464-1469, 2i2p:A, 1487-1492, 2i2u:A, 1487-1492, 2qbd:A, 1487-1492, 2qou:A, 1487-1492, 3bbn:A, 1435-1440, 3df1:A, 1487-1492, 3df3:A, 1487-1492
ACGU
2fdt:A, 6-11
AGAA
1j5a:A, 1610-1615, 1jzx:A, 1610-1615, 1jzy:A, 1610-1615, 1jzz:A, 1610-1615, 1k01:A, 1610-1615, 1njm:0, 1602-1607, 1njn:0, 1602-1607, 1njo:0, 1602-1607, 1njp:0, 1602-1607, 1ond:0, 1601-1606, 1p9x:0, 1578-1583, 1pnu:0, 1618-1623, 1pny:0, 1618-1623, 1vsa:w, 1676-1681, 1vsp:w, 1676-1681, 1y69:0, 1602-1607, 1z58:2, 1593-1598, 2aar:0, 1602-1607, 2aw4:B, 1635-1640, 2b66:A, 1676-1681, 2b9n:A, 1676-1681, 2b9p:A, 1676-1681, 2d3o:0, 1602-1607, 2hgq:A, 1676-1681, 2hgu:A, 1676-1681, 2i2t:B, 1635-1640, 2i2v:B, 1635-1640, 2j01:A, 1593-1598, 2j03:A, 1593-1598, 2jl6:A, 1672-1677, 2jl8:A, 1672-1677, 2o43:A, 1602-1607, 2o44:A, 1602-1607, 2o45:A, 1599-1604, 2ogm:0, 1602-1607, 2ogn:0, 1602-1607, 2ogo:0, 1601-1606, 2qam:B, 1635-1640, 2qao:B, 1635-1640, 2qba:B, 1635-1640, 2qbc:B, 1635-1640, 2qbe:B, 1635-1640, 2qbg:B, 1635-1640, 2qbi:B, 1635-1640, 2qbk:B, 1635-1640, 2qoz:B, 1635-1640, 2qp1:B, 1635-1640, 2v47:A, 1593-1598, 2v49:A, 1593-1598, 2vhm:B, 1635-1640, 2vhn:B, 1635-1640, 2z4l:B, 1635-1640, 2zjp:X, 1580-1585, 2zjq:X, 1580-1585, 2zjr:X, 1577-1582, 3bbx:B, 1719-1724, 3cf5:X, 1580-1585, 3d5b:A, 1671-1676, 3d5d:A, 1671-1676, 3df2:B, 1635-1640, 3df4:B, 1635-1640, 3dll:X, 1580-1585
AUUG
3cul:C, 44-49
GGAG
1njm:0, 579-584, 1njn:0, 579-584, 1njo:0, 579-584, 1njp:0, 579-584, 1pnu:0, 579-584, 1pny:0, 579-584, 1sm1:0, 579-584, 1xbp:0, 579-584, 2hgu:A, 749-754