Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Segment cluster 105 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 1288 structure(s)
Representative structure 1fka:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNN
Cluster members
AAAA
2qbz:X, 46-51
AAAC
1fka:A, 750-755, 1i97:A, 761-766
AAAG
2gya:0, 1473-1478
AACA
1hr2:A, 103-108, 1hr2:B, 104-109, 2r8s:R, 104-109
AACC
2vhp:A, 1030-1035, 3bbn:A, 1087-1092
AACU
1njm:0, 2080-2085, 1njn:0, 2080-2085, 1njo:0, 2080-2085, 1njp:0, 2080-2085, 1vs7:A, 1140-1145, 2aw7:A, 1140-1145, 2i2p:A, 1140-1145, 2i2u:A, 1140-1145, 2vho:A, 1140-1145
AAGU
1byj:A, 19-24, 1fjg:A, 1464-1469, 1fyp:A, 19-24, 1hnw:A, 1464-1469, 1hnx:A, 1464-1469, 1i94:A, 1467-1472, 1i95:A, 1467-1472, 1i96:A, 1467-1472, 1ibk:A, 1464-1469, 1ibl:A, 1464-1469, 1ibm:A, 1464-1469, 1j5e:A, 1464-1469, 1mfq:A, 6-11, 1n32:A, 1464-1469, 1pbr:A, 19-24, 1pns:A, 1493-1498, 1pnx:A, 1490-1495, 1ry1:A, 6-11, 1s1h:A, 1465-1470, 1xmo:A, 1458-1463, 1xmq:A, 1458-1463, 1xnq:A, 1458-1463, 1xnr:A, 1458-1463, 1yl4:A, 1464-1469, 2b64:A, 1464-1469, 2b9m:A, 1464-1469, 2b9o:A, 1464-1469, 2e5l:A, 1465-1470, 2go5:A, 6-11, 2j00:A, 1464-1469, 2j02:A, 1464-1469, 2j37:A, 6-11, 2jl7:A, 1464-1469, 2om7:C, 86-91, 2qal:A, 1487-1492, 2qan:A, 1487-1492, 2qbh:A, 1487-1492, 2qbj:A, 1487-1492, 2qp0:A, 1487-1492, 2uu9:A, 1464-1469, 2uua:A, 1464-1469, 2uub:A, 1464-1469, 2uuc:A, 1464-1469, 2uxc:A, 1464-1469, 2uxd:A, 1435-1440, 2vqe:A, 1464-1469, 2vqf:A, 1464-1469, 2z4m:A, 1487-1492, 3d5a:A, 1464-1469, 3d5c:A, 1464-1469
ACAA
1fjg:A, 138-143, 1hnw:A, 138-143, 1hnx:A, 138-143, 1hnz:A, 138-143, 1hr0:A, 138-143, 1i95:A, 141-146, 1i96:A, 141-146, 1ibk:A, 138-143, 1ibl:A, 138-143, 1ibm:A, 138-143, 1j5e:A, 138-143, 1jo7:A, 7-12, 1n32:A, 138-143, 1n33:A, 138-143, 1n34:A, 138-143, 1pns:A, 143-148, 1pnx:A, 143-148, 1s1h:A, 137-142, 1xbp:0, 1251-1256, 1xmo:A, 138-143, 1xmq:A, 138-143, 1xnq:A, 138-143, 1xnr:A, 138-143, 1yl4:A, 138-143, 1z58:2, 1242-1247, 2b64:A, 138-143, 2b9m:A, 138-143, 2b9o:A, 138-143, 2e5l:A, 139-144, 2f4v:A, 138-143, 2hgi:A, 138-143, 2hgp:A, 138-143, 2hgr:A, 138-143, 2hhh:A, 138-143, 2qnh:y, 138-143, 2uu9:A, 138-143, 2uua:A, 138-143, 2uub:A, 138-143, 2uuc:A, 138-143, 2uxb:A, 138-143, 2uxc:A, 138-143, 2uxd:A, 134-139, 2vqe:A, 138-143, 2vqf:A, 138-143, 3d5a:A, 138-143, 3d5c:A, 138-143
ACAU
2gyc:0, 1977-1982
ACGA
2vho:A, 93-98, 2vhp:A, 93-98
ACGC
2gya:0, 2533-2538, 2gyc:0, 2533-2538
ACGG
1m5p:E, 68-73
ACUA
2hua:A, 23-28
AGAA
1vs5:A, 1426-1431, 1vs5:A, 668-673, 1vs7:A, 1426-1431, 1vs7:A, 668-673, 2avy:A, 1426-1431, 2avy:A, 668-673, 2aw7:A, 1426-1431, 2aw7:A, 668-673, 2b64:W, 63-68, 2b9m:W, 63-68, 2b9o:W, 63-68, 2gy9:A, 1389-1394, 2gy9:A, 638-643, 2gyb:A, 1389-1394, 2gyb:A, 638-643, 2i2p:A, 1426-1431, 2i2p:A, 668-673, 2i2u:A, 1426-1431, 2i2u:A, 668-673, 2qal:A, 668-673, 2qan:A, 668-673, 2qb9:A, 1426-1431, 2qb9:A, 668-673, 2qbb:A, 1426-1431, 2qbb:A, 668-673, 2qbd:A, 1426-1431, 2qbd:A, 668-673, 2qbf:A, 1426-1431, 2qbf:A, 668-673, 2qbh:A, 1426-1431, 2qbh:A, 668-673, 2qbj:A, 1426-1431, 2qbj:A, 668-673, 2qou:A, 668-673, 2qow:A, 668-673, 2qoy:A, 1426-1431, 2qoy:A, 668-673, 2qp0:A, 1426-1431, 2qp0:A, 668-673, 2z4k:A, 1426-1431, 2z4k:A, 668-673, 2z4m:A, 1426-1431, 2z4m:A, 668-673, 3df1:A, 1426-1431, 3df1:A, 668-673, 3df3:A, 1426-1431, 3df3:A, 668-673
AGCA
1dul:B, 31-36, 1hq1:B, 31-36, 1l9a:B, 94-99, 1mfq:A, 93-98, 1ry1:A, 93-98, 2go5:A, 93-98, 2j28:8, 42-47, 2j37:A, 93-98, 2pxb:B, 31-36, 2pxd:B, 31-36, 2pxe:B, 31-36, 2pxf:B, 31-36, 2pxk:B, 31-36, 2pxl:B, 31-36, 2pxp:B, 31-36, 2pxq:B, 31-36, 2pxt:B, 31-36, 2pxu:B, 31-36, 2pxv:B, 31-36, 3bbo:A, 815-820
AGCC
1i95:A, 1015-1020
AGGC
1z58:2, 2705-2710
AGUA
1ffk:0, 1212-1217, 1jj2:0, 1259-1264, 1k73:A, 1259-1264, 1k8a:A, 1259-1264, 1k9m:A, 1259-1264, 1kc8:A, 1259-1264, 1kd1:A, 1259-1264, 1kqs:0, 1259-1264, 1m1k:A, 1259-1264, 1m90:A, 1259-1264, 1n8r:A, 1259-1264, 1nji:A, 1259-1264, 1q7y:A, 1259-1264, 1q81:A, 1259-1264, 1q82:A, 1259-1264, 1q86:A, 1259-1264, 1qvf:0, 1259-1264, 1qvg:0, 1259-1264, 1s1i:3, 1364-1369, 1s72:0, 1259-1264, 1vq4:0, 1259-1264, 1vq5:0, 1259-1264, 1vq6:0, 1259-1264, 1vq7:0, 1259-1264, 1vq8:0, 1259-1264, 1vq9:0, 1259-1264, 1vqk:0, 1259-1264, 1vql:0, 1259-1264, 1vqm:0, 1259-1264, 1vqn:0, 1259-1264, 1vqo:0, 1259-1264, 1vqp:0, 1259-1264, 1w2b:0, 1259-1264, 1yhq:0, 1259-1264, 1yi2:0, 1259-1264, 1yij:0, 1259-1264, 1yit:0, 1259-1264, 1yj9:0, 1259-1264, 1yjn:0, 1259-1264, 1yjw:0, 1259-1264, 2otj:0, 1259-1264, 2otl:0, 1259-1264, 2qa4:0, 1264-1269, 2qex:0, 1259-1264, 3cc2:0, 1259-1264, 3cc4:0, 1259-1264, 3cc7:0, 1259-1264, 3cce:0, 1259-1264, 3ccj:0, 1259-1264, 3ccl:0, 1259-1264, 3ccm:0, 1259-1264, 3ccq:0, 1259-1264, 3ccr:0, 1259-1264, 3ccs:0, 1259-1264, 3ccu:0, 1259-1264, 3ccv:0, 1259-1264, 3cd6:0, 1259-1264, 3cma:0, 1259-1264, 3cme:0, 1259-1264, 3cpw:0, 1259-1264
AGUG
1z58:2, 1166-1171, 3eph:F, 61-66, 3epj:F, 61-66
AUAA
1j5a:A, 2638-2643, 1jzx:A, 2638-2643, 1jzy:A, 2638-2643, 1jzz:A, 2638-2643, 1k01:A, 2638-2643, 1njm:0, 2630-2635, 1njn:0, 2630-2635, 1njo:0, 2630-2635, 1njp:0, 2630-2635, 1nkw:0, 2630-2635, 1nwx:0, 2630-2635, 1nwy:0, 2630-2635, 1ond:0, 2629-2634, 1pnu:0, 2674-2679, 1pny:0, 2674-2679, 1sm1:0, 2630-2635, 1vs6:B, 2684-2689, 1vs8:B, 2684-2689, 1vsa:w, 2728-2733, 1vsp:w, 2728-2733, 1xbp:0, 2630-2635, 1y69:0, 2630-2635, 1yl3:A, 2714-2719, 2aar:0, 2630-2635, 2aw4:B, 2684-2689, 2awb:B, 2684-2689, 2b66:A, 2656-2661, 2b9n:A, 2656-2661, 2b9p:A, 2656-2661, 2d3o:0, 2651-2656, 2gya:0, 2593-2598, 2hgj:A, 2728-2733, 2hgq:A, 2728-2733, 2hgu:A, 2728-2733, 2i2t:B, 2684-2689, 2i2v:B, 2684-2689, 2j28:B, 2684-2689, 2jl6:A, 2695-2700, 2jl8:A, 2695-2700, 2o43:A, 2630-2635, 2o44:A, 2630-2635, 2o45:A, 2618-2623, 2ogm:0, 2630-2635, 2ogn:0, 2630-2635, 2ogo:0, 2629-2634, 2qam:B, 2684-2689, 2qao:B, 2684-2689, 2qba:B, 2684-2689, 2qbc:B, 2684-2689, 2qbe:B, 2684-2689, 2qbg:B, 2684-2689, 2qbi:B, 2684-2689, 2qbk:B, 2684-2689, 2qov:B, 2684-2689, 2qox:B, 2684-2689, 2qoz:B, 2684-2689, 2qp1:B, 2684-2689, 2v47:A, 2611-2616, 2v49:A, 2611-2616, 2z4l:B, 2684-2689, 2z4n:B, 2684-2689, 2zjp:X, 2541-2546, 2zjq:X, 2541-2546, 2zjr:X, 2538-2543, 3bbx:B, 2967-2972, 3cf5:X, 2541-2546, 3d5b:A, 2723-2728, 3d5d:A, 2723-2728, 3df2:B, 2684-2689, 3df4:B, 2684-2689, 3dll:X, 2541-2546
AUAU
1mfq:A, 19-24, 1ry1:A, 19-24, 2go5:A, 19-24, 2j37:A, 19-24
AUGG
1n36:A, 218-223, 2hhh:A, 218-223
AUGU
1fjg:A, 168-173, 1hnw:A, 168-173, 1hnx:A, 168-173, 1hnz:A, 168-173, 1hr0:A, 168-173, 1i94:A, 171-176, 1i95:A, 171-176, 1i96:A, 171-176, 1ibk:A, 168-173, 1ibl:A, 168-173, 1ibm:A, 168-173, 1j5e:A, 168-173, 1n32:A, 168-173, 1n33:A, 168-173, 1n34:A, 168-173, 1n36:A, 168-173, 1njm:0, 976-981, 1njn:0, 976-981, 1njo:0, 976-981, 1njp:0, 976-981, 1pns:A, 173-178, 1pnx:A, 173-178, 1xmo:A, 168-173, 1xmq:A, 168-173, 1xnq:A, 168-173, 1xnr:A, 168-173, 1yl4:A, 168-173, 2e5l:A, 169-174, 2f4v:A, 168-173, 2gyc:0, 2073-2078, 2hgi:A, 168-173, 2hgp:A, 168-173, 2hgr:A, 168-173, 2hhh:A, 168-173, 2j00:A, 168-173, 2j02:A, 168-173, 2ow8:y, 168-173, 2uu9:A, 168-173, 2uua:A, 168-173, 2uub:A, 168-173, 2uuc:A, 168-173, 2uxb:A, 168-173, 2uxc:A, 168-173, 2uxd:A, 164-169, 2vqe:A, 168-173, 2vqf:A, 168-173, 3d5a:A, 168-173, 3d5c:A, 168-173
AUUC
1ond:0, 1108-1113, 1y69:0, 1108-1113, 2ogn:0, 1108-1113
CAAA
1ffk:0, 230-235, 1jj2:0, 231-236, 1k73:A, 231-236, 1k8a:A, 231-236, 1k9m:A, 231-236, 1kc8:A, 231-236, 1kd1:A, 231-236, 1kqs:0, 231-236, 1m1k:A, 231-236, 1m90:A, 231-236, 1n8r:A, 231-236, 1nji:A, 231-236, 1q7y:A, 231-236, 1q81:A, 231-236, 1q82:A, 231-236, 1q86:A, 231-236, 1qvf:0, 231-236, 1qvg:0, 231-236, 1s1i:3, 230-235, 1s72:0, 231-236, 1vq4:0, 231-236, 1vq5:0, 231-236, 1vq6:0, 231-236, 1vq7:0, 231-236, 1vq8:0, 231-236, 1vq9:0, 231-236, 1vqk:0, 231-236, 1vql:0, 231-236, 1vqm:0, 231-236, 1vqn:0, 231-236, 1vqo:0, 231-236, 1vqp:0, 231-236, 1w2b:0, 231-236, 1yhq:0, 231-236, 1yi2:0, 231-236, 1yij:0, 231-236, 1yit:0, 231-236, 1yj9:0, 231-236, 1yjn:0, 231-236, 1yjw:0, 231-236, 2otj:0, 231-236, 2otl:0, 231-236, 2qa4:0, 231-236, 2qex:0, 231-236, 3cc2:0, 231-236, 3cc4:0, 231-236, 3cc7:0, 231-236, 3cce:0, 231-236, 3ccj:0, 231-236, 3ccl:0, 231-236, 3ccm:0, 231-236, 3ccq:0, 231-236, 3ccr:0, 231-236, 3ccs:0, 231-236, 3ccu:0, 231-236, 3ccv:0, 231-236, 3cd6:0, 231-236, 3cma:0, 231-236, 3cme:0, 231-236, 3cpw:0, 231-236
CAAC
1ffk:0, 1499-1504, 1jj2:0, 1549-1554, 1k73:A, 1549-1554, 1k8a:A, 1549-1554, 1k9m:A, 1549-1554, 1kc8:A, 1549-1554, 1kd1:A, 1549-1554, 1kqs:0, 1549-1554, 1m1k:A, 1549-1554, 1m90:A, 1549-1554, 1n8r:A, 1549-1554, 1nji:A, 1549-1554, 1q7y:A, 1549-1554, 1q81:A, 1549-1554, 1q82:A, 1549-1554, 1q86:A, 1549-1554, 1qvf:0, 1549-1554, 1qvg:0, 1549-1554, 1s1i:3, 1657-1662, 1s72:0, 1549-1554, 1vq4:0, 1549-1554, 1vq5:0, 1549-1554, 1vq6:0, 1549-1554, 1vq7:0, 1549-1554, 1vq8:0, 1549-1554, 1vq9:0, 1549-1554, 1vqk:0, 1549-1554, 1vql:0, 1549-1554, 1vqm:0, 1549-1554, 1vqn:0, 1549-1554, 1vqo:0, 1549-1554, 1vqp:0, 1549-1554, 1w2b:0, 1549-1554, 1yhq:0, 1549-1554, 1yi2:0, 1549-1554, 1yij:0, 1549-1554, 1yit:0, 1549-1554, 1yj9:0, 1549-1554, 1yjn:0, 1549-1554, 1yjw:0, 1549-1554, 2j37:Z, 224-229, 2otj:0, 1549-1554, 2otl:0, 1549-1554, 2qa4:0, 1554-1559, 2qex:0, 1549-1554, 3cc2:0, 1549-1554, 3cc4:0, 1549-1554, 3cc7:0, 1549-1554, 3cce:0, 1549-1554, 3ccj:0, 1549-1554, 3ccl:0, 1549-1554, 3ccm:0, 1549-1554, 3ccq:0, 1549-1554, 3ccr:0, 1549-1554, 3ccs:0, 1549-1554, 3ccu:0, 1549-1554, 3ccv:0, 1549-1554, 3cd6:0, 1549-1554, 3cma:0, 1549-1554, 3cme:0, 1549-1554, 3cpw:0, 1549-1554
CAAU
2gyb:A, 349-354
CACA
1fjg:A, 1020-1025
CACC
1i94:A, 1239-1244
CACU
2gya:0, 800-805
CAGG
1cql:A, 14-19, 1l9a:B, 80-85, 2gyb:A, 723-728, 2pxf:B, 17-22, 2pxl:B, 17-22, 2pxt:B, 17-22
CCAA
2qbz:X, 62-67
CCCG
1voq:A, 211-216, 1vos:A, 211-216, 1vov:A, 211-216, 1vox:A, 211-216, 1voz:A, 211-216
CCGA
1fjg:A, 1437-1442, 1hnw:A, 1437-1442, 1hnx:A, 1437-1442, 1hnz:A, 1437-1442, 1hr0:A, 1437-1442, 1i94:A, 1440-1445, 1i95:A, 1440-1445, 1i96:A, 1440-1445, 1ibk:A, 1437-1442, 1ibl:A, 1437-1442, 1ibm:A, 1437-1442, 1j5e:A, 1437-1442, 1n32:A, 1437-1442, 1n33:A, 1437-1442, 1pns:A, 1466-1471, 1pnx:A, 1463-1468, 1s1h:A, 1438-1443, 1xmo:A, 1431-1436, 1xmq:A, 1431-1436, 1xnq:A, 1431-1436, 1xnr:A, 1431-1436, 1yl4:A, 1437-1442, 2b64:A, 1437-1442, 2b9m:A, 1437-1442, 2b9o:A, 1437-1442, 2e5l:A, 1438-1443, 2hgi:A, 1437-1442, 2hgp:A, 1437-1442, 2hgr:A, 1437-1442, 2hhh:A, 1437-1442, 2j00:A, 1437-1442, 2j02:A, 1437-1442, 2jl5:A, 1437-1442, 2jl7:A, 1437-1442, 2om7:C, 59-64, 2ow8:y, 1437-1442, 2qnh:y, 1437-1442, 2uu9:A, 1437-1442, 2uua:A, 1437-1442, 2uub:A, 1437-1442, 2uuc:A, 1437-1442, 2uxb:A, 1437-1442, 2uxc:A, 1437-1442, 2v46:A, 1437-1442, 2v48:A, 1437-1442, 2vqe:A, 1437-1442, 2vqf:A, 1437-1442, 3d5a:A, 1437-1442, 3d5c:A, 1437-1442
CCGC
1i97:A, 69-74
CCGG
1x8w:A, 180-185, 1x8w:B, 180-185, 1x8w:C, 180-185, 1x8w:D, 180-185
CGAA
1y69:0, 267-272
CGAC
2o44:A, 1186-1191
CGAG
1xjr:A, 9-14
CGCA
2gyb:A, 545-550, 3cun:C, 84-89
CGCU
1ffk:0, 1222-1227, 1jj2:0, 1269-1274, 1k73:A, 1269-1274, 1k8a:A, 1269-1274, 1k9m:A, 1269-1274, 1kc8:A, 1269-1274, 1kd1:A, 1269-1274, 1kqs:0, 1269-1274, 1m1k:A, 1269-1274, 1m90:A, 1269-1274, 1n8r:A, 1269-1274, 1nji:A, 1269-1274, 1q7y:A, 1269-1274, 1q81:A, 1269-1274, 1q82:A, 1269-1274, 1q86:A, 1269-1274, 1qvf:0, 1269-1274, 1qvg:0, 1269-1274, 1s72:0, 1269-1274, 1vq4:0, 1269-1274, 1vq5:0, 1269-1274, 1vq6:0, 1269-1274, 1vq7:0, 1269-1274, 1vq8:0, 1269-1274, 1vq9:0, 1269-1274, 1vqk:0, 1269-1274, 1vql:0, 1269-1274, 1vqm:0, 1269-1274, 1vqn:0, 1269-1274, 1vqo:0, 1269-1274, 1vqp:0, 1269-1274, 1w2b:0, 1269-1274, 1yhq:0, 1269-1274, 1yi2:0, 1269-1274, 1yij:0, 1269-1274, 1yit:0, 1269-1274, 1yj9:0, 1269-1274, 1yjn:0, 1269-1274, 1yjw:0, 1269-1274, 2otj:0, 1269-1274, 2otl:0, 1269-1274, 2qa4:0, 1274-1279, 2qex:0, 1269-1274, 3cc2:0, 1269-1274, 3cc4:0, 1269-1274, 3cc7:0, 1269-1274, 3cce:0, 1269-1274, 3ccj:0, 1269-1274, 3ccl:0, 1269-1274, 3ccm:0, 1269-1274, 3ccq:0, 1269-1274, 3ccr:0, 1269-1274, 3ccs:0, 1269-1274, 3ccu:0, 1269-1274, 3ccv:0, 1269-1274, 3cd6:0, 1269-1274, 3cma:0, 1269-1274, 3cme:0, 1269-1274, 3cpw:0, 1269-1274
CGGC
2j03:A, 2072-2077
CGUA
2gya:0, 1292-1297
CGUU
1j5a:A, 1151-1156, 1jzx:A, 1151-1156, 1jzy:A, 1151-1156, 1jzz:A, 1151-1156, 1k01:A, 1151-1156
CUAA
1j5a:A, 1534-1539, 1jzx:A, 1534-1539, 1jzy:A, 1534-1539, 1jzz:A, 1534-1539, 1k01:A, 1534-1539, 1njm:0, 1526-1531, 1njn:0, 1526-1531, 1njo:0, 1526-1531, 1njp:0, 1526-1531, 1pnu:0, 1542-1547, 1pny:0, 1542-1547, 1pny:0, 838-843, 1vow:B, 958-963, 1vp0:B, 958-963, 2aar:0, 1526-1531, 2d3o:0, 1526-1531, 2gyc:0, 924-929, 2v47:A, 999-1004
CUAG
2v46:A, 629-634, 2v48:A, 629-634
CUAU
2gya:0, 1359-1364
CUGG
1xbp:0, 32-37, 1yl3:A, 1736-1741
CUUA
2oiu:P, 35-40, 2oiu:Q, 35-40
CUUC
1aqo:A, 6-11
CUUG
1ffz:A, 364-369
CUUU
1na2:A, 19-24
GAAA
2gy9:A, 730-735, 2gyb:A, 730-735, 2qou:A, 760-765, 2qow:A, 760-765
GAAC
1p9x:0, 2539-2544, 1sm1:0, 156-161, 1voy:B, 695-700, 2vhm:B, 732-737
GAAG
2aar:0, 1804-1809
GACC
2oiu:P, 21-26, 2oiu:Q, 21-26
GAGC
1n32:A, 1394-1399, 1s1h:A, 1395-1400
GAGG
2gya:0, 1280-1285
GAUG
1j5a:A, 1373-1378, 1jzx:A, 1373-1378, 1jzy:A, 1373-1378, 1jzz:A, 1373-1378, 1k01:A, 1373-1378, 1njm:0, 1365-1370, 1njn:0, 1365-1370, 1njo:0, 1365-1370, 1njp:0, 1365-1370, 1pnu:0, 1381-1386, 1pny:0, 1381-1386, 2aar:0, 1365-1370, 2d3o:0, 1365-1370
GAUU
1vow:B, 1123-1128, 1vp0:B, 1123-1128, 2gio:A, 20-25
GCAA
1y0q:A, 59-64
GCAG
1j5a:A, 1325-1330, 1jzx:A, 1325-1330, 1jzy:A, 1325-1330, 1jzz:A, 1325-1330, 1k01:A, 1325-1330, 1njm:0, 1317-1322, 1njo:0, 1317-1322, 1njp:0, 1317-1322, 1pnu:0, 1333-1338, 1pny:0, 1333-1338, 2ogo:0, 1316-1321
GCCC
1i94:A, 1451-1456, 1i95:A, 1451-1456
GCGC
2vhp:A, 1454-1459
GCGG
2v47:A, 2066-2071, 2v49:A, 2066-2071
GCUA
1vos:A, 817-822, 1vox:A, 817-822
GCUU
1w2b:0, 2387-2392
GGAA
1fjg:A, 651-656, 1hnw:A, 651-656, 1hnx:A, 651-656, 1hnz:A, 651-656, 1hr0:A, 651-656, 1i94:A, 654-659, 1i95:A, 654-659, 1i96:A, 654-659, 1ibk:A, 651-656, 1ibl:A, 651-656, 1ibm:A, 651-656, 1j5e:A, 651-656, 1n32:A, 651-656, 1n33:A, 651-656, 1n34:A, 651-656, 1n36:A, 651-656, 1pns:A, 665-670, 1pnx:A, 665-670, 1s1h:A, 656-661, 1xmo:A, 651-656, 1xmq:A, 651-656, 1xnq:A, 651-656, 1xnr:A, 651-656, 1yl4:A, 651-656, 1ysh:B, 21-26, 1z58:2, 1256-1261, 2b64:A, 651-656, 2b9m:A, 651-656, 2b9o:A, 651-656, 2e5l:A, 652-657, 2f4v:A, 651-656, 2hgi:A, 651-656, 2hgp:A, 651-656, 2hgr:A, 651-656, 2hhh:A, 651-656, 2j00:A, 651-656, 2j02:A, 651-656, 2jl5:A, 651-656, 2jl7:A, 651-656, 2ow8:y, 651-656, 2uu9:A, 651-656, 2uua:A, 651-656, 2uub:A, 651-656, 2uuc:A, 651-656, 2uxb:A, 651-656, 2uxc:A, 651-656, 2uxd:A, 629-634, 2v48:A, 651-656, 2vqe:A, 651-656, 2vqf:A, 651-656, 3d5a:A, 651-656, 3d5c:A, 651-656
GGAG
1hnz:A, 1393-1398
GGCA
2vhp:A, 640-645
GGGA
1hnw:A, 607-612, 1hnx:A, 607-612, 1hnz:A, 607-612, 1hr0:A, 607-612, 1i94:A, 1251-1256, 1i95:A, 610-615, 1i96:A, 610-615, 1j5e:A, 607-612, 1n32:A, 607-612, 1n34:A, 607-612, 1pns:A, 621-626, 1pnx:A, 621-626, 1s1h:A, 612-617, 1xnr:A, 607-612, 2e5l:A, 608-613, 2f4v:A, 607-612, 2hgi:A, 607-612, 2hgp:A, 607-612, 2hhh:A, 607-612, 2uxb:A, 607-612, 2uxc:A, 607-612
GGGC
1i94:A, 1401-1406, 1i95:A, 1401-1406
GGGG
2vhm:B, 2469-2474, 2vhn:B, 2469-2474
GGUA
1fka:A, 769-774, 1i97:A, 780-785, 1jzy:A, 2618-2623, 1k01:A, 2618-2623, 1vs6:B, 1169-1174, 1vs8:B, 1169-1174, 2aw4:B, 1169-1174, 2awb:B, 1169-1174, 2gya:0, 1110-1115, 2i2t:B, 1169-1174, 2i2v:B, 1169-1174, 2j01:A, 1134-1139, 2j03:A, 1134-1139, 2j28:B, 1169-1174, 2jl6:A, 1213-1218, 2jl8:A, 1213-1218, 2qam:B, 1169-1174, 2qao:B, 1169-1174, 2qba:B, 1169-1174, 2qbc:B, 1169-1174, 2qbe:B, 1169-1174, 2qbg:B, 1169-1174, 2qbi:B, 1169-1174, 2qbk:B, 1169-1174, 2qov:B, 1169-1174, 2qox:B, 1169-1174, 2qoz:B, 1169-1174, 2qp1:B, 1169-1174, 2v47:A, 1134-1139, 2v49:A, 1134-1139, 2vhm:B, 2664-2669, 2vhn:B, 1169-1174, 2z4l:B, 1169-1174, 2z4n:B, 1169-1174, 3bbx:B, 1250-1255, 3d5b:A, 1204-1209, 3d5d:A, 1204-1209, 3df2:B, 1169-1174, 3df4:B, 1169-1174
GGUC
1voq:A, 733-738, 1vos:A, 733-738, 1vov:A, 733-738, 1vox:A, 733-738, 1voz:A, 733-738
GGUG
3cun:C, 57-62
GGUU
1njm:0, 2017-2022, 1njn:0, 2017-2022, 1njo:0, 2017-2022, 1njp:0, 2017-2022, 1p9x:0, 1992-1997
GUAA
1ffk:0, 2585-2590, 1jj2:0, 2636-2641, 1k73:A, 2636-2641, 1k8a:A, 2636-2641, 1k9m:A, 2636-2641, 1kc8:A, 2636-2641, 1kd1:A, 2636-2641, 1kqs:0, 2636-2641, 1m1k:A, 2636-2641, 1m90:A, 2636-2641, 1n8r:A, 2636-2641, 1nji:A, 2636-2641, 1njm:0, 2694-2699, 1njn:0, 2694-2699, 1njo:0, 2694-2699, 1njp:0, 2694-2699, 1q7y:A, 2636-2641, 1q81:A, 2636-2641, 1q82:A, 2636-2641, 1q86:A, 2636-2641, 1qvf:0, 2636-2641, 1qvg:0, 2636-2641, 1s1i:3, 2952-2957, 1s72:0, 2636-2641, 1vor:B, 2135-2140, 1vou:B, 2135-2140, 1vow:B, 2135-2140, 1voy:B, 2135-2140, 1vp0:B, 2135-2140, 1vq4:0, 2636-2641, 1vq5:0, 2636-2641, 1vq6:0, 2636-2641, 1vq7:0, 2636-2641, 1vq8:0, 2636-2641, 1vq9:0, 2636-2641, 1vqk:0, 2636-2641, 1vql:0, 2636-2641, 1vqm:0, 2636-2641, 1vqn:0, 2636-2641, 1vqo:0, 2636-2641, 1vqp:0, 2636-2641, 1vsa:w, 2794-2799, 1vsp:w, 2794-2799, 1w2b:0, 2636-2641, 1yhq:0, 2636-2641, 1yi2:0, 2636-2641, 1yij:0, 2636-2641, 1yit:0, 2636-2641, 1yj9:0, 2636-2641, 1yjn:0, 2636-2641, 1yjw:0, 2636-2641, 2d3o:0, 2715-2720, 2gya:0, 1857-1862, 2gyc:0, 1857-1862, 2ogm:0, 2694-2699, 2otj:0, 2636-2641, 2otl:0, 2636-2641, 2qa4:0, 2641-2646, 2qex:0, 2636-2641, 2zjp:X, 2605-2610, 2zjq:X, 2605-2610, 2zjr:X, 2602-2607, 3cc2:0, 2636-2641, 3cc4:0, 2636-2641, 3cc7:0, 2636-2641, 3cce:0, 2636-2641, 3ccj:0, 2636-2641, 3ccl:0, 2636-2641, 3ccm:0, 2636-2641, 3ccq:0, 2636-2641, 3ccr:0, 2636-2641, 3ccs:0, 2636-2641, 3ccu:0, 2636-2641, 3ccv:0, 2636-2641, 3cd6:0, 2636-2641, 3cf5:X, 2605-2610, 3cma:0, 2636-2641, 3cme:0, 2636-2641, 3cpw:0, 2636-2641, 3dll:X, 2605-2610
GUAG
1ffk:0, 942-947, 1fka:A, 551-556, 1jj2:0, 946-951, 1jzx:A, 826-831, 1k73:A, 946-951, 1k8a:A, 946-951, 1k9m:A, 946-951, 1kc8:A, 946-951, 1kd1:A, 946-951, 1kqs:0, 946-951, 1m1k:A, 946-951, 1m90:A, 946-951, 1n8r:A, 946-951, 1nji:A, 946-951, 1q7y:A, 946-951, 1q81:A, 946-951, 1q82:A, 946-951, 1q86:A, 946-951, 1qvf:0, 946-951, 1qvg:0, 946-951, 1s1i:3, 945-950, 1s72:0, 946-951, 1vq4:0, 946-951, 1vq5:0, 946-951, 1vq6:0, 946-951, 1vq7:0, 946-951, 1vq8:0, 946-951, 1vq9:0, 946-951, 1vqk:0, 946-951, 1vql:0, 946-951, 1vqm:0, 946-951, 1vqn:0, 946-951, 1vqo:0, 946-951, 1vqp:0, 946-951, 1vsa:w, 884-889, 1vsp:w, 884-889, 1w2b:0, 946-951, 1y69:0, 2611-2616, 1yhq:0, 946-951, 1yi2:0, 946-951, 1yij:0, 946-951, 1yit:0, 946-951, 1yj9:0, 946-951, 1yjn:0, 946-951, 1yjw:0, 946-951, 2aar:0, 2611-2616, 2hgu:A, 2709-2714, 2j01:A, 867-872, 2j03:A, 867-872, 2jl6:A, 894-899, 2jl8:A, 894-899, 2ogm:0, 2611-2616, 2ogn:0, 2611-2616, 2otj:0, 946-951, 2otl:0, 946-951, 2qa4:0, 945-950, 2qex:0, 946-951, 2zjp:X, 799-804, 2zjq:X, 799-804, 2zjr:X, 799-804, 3cc2:0, 946-951, 3cc4:0, 946-951, 3cc7:0, 946-951, 3cce:0, 946-951, 3ccj:0, 946-951, 3ccl:0, 946-951, 3ccm:0, 946-951, 3ccq:0, 946-951, 3ccr:0, 946-951, 3ccs:0, 946-951, 3ccu:0, 946-951, 3ccv:0, 946-951, 3cd6:0, 946-951, 3cf5:X, 799-804, 3cma:0, 946-951, 3cme:0, 946-951, 3cpw:0, 946-951, 3d5b:A, 879-884, 3d5d:A, 879-884, 3dll:X, 799-804
GUCC
2o44:A, 1149-1154
GUCG
2j03:A, 2017-2022
GUGA
1n32:A, 1452-1457, 1s1h:A, 1453-1458, 2v46:A, 1452-1457, 2v48:A, 1452-1457
GUGC
1j5a:A, 706-711, 1jzx:A, 706-711, 1jzy:A, 706-711, 1jzz:A, 706-711, 1k01:A, 706-711, 1nkw:0, 701-706, 1nwx:0, 701-706, 1ond:0, 701-706, 1pnu:0, 701-706, 1pny:0, 701-706, 1y69:0, 701-706, 2o45:A, 701-706, 2zjp:X, 679-684, 2zjq:X, 679-684, 2zjr:X, 679-684, 3dll:X, 679-684
GUGG
1i97:A, 86-91
GUGU
1xnq:A, 188-193
GUUA
2vho:A, 587-592
GUUU
1nkw:0, 2381-2386, 1nwx:0, 2381-2386, 1nwy:0, 2381-2386, 1ond:0, 2380-2385, 1p9x:0, 2356-2361, 1vs6:B, 2436-2441, 1vs8:B, 2436-2441, 1z58:2, 2360-2365, 2aar:0, 2381-2386, 2aw4:B, 2436-2441, 2awb:B, 2436-2441, 2gyc:0, 2351-2356, 2j28:B, 2436-2441, 2ogn:0, 2381-2386, 2ogo:0, 2380-2385, 2qam:B, 2436-2441, 2qao:B, 2436-2441, 2qba:B, 2436-2441, 2qbc:B, 2436-2441, 2qbe:B, 2436-2441, 2qbg:B, 2436-2441, 2qbi:B, 2436-2441, 2qbk:B, 2436-2441, 2qox:B, 2436-2441, 2v47:A, 2362-2367, 2v49:A, 2362-2367, 2z4l:B, 2436-2441, 2z4n:B, 2436-2441, 3bbx:B, 2719-2724, 3df2:B, 2436-2441, 3df4:B, 2436-2441
UAAA
1pny:0, 859-864, 1vor:B, 859-864, 1voy:B, 859-864, 1vsa:w, 258-263, 1vsp:w, 258-263, 2j01:A, 250-255, 2j03:A, 250-255, 2jl6:A, 250-255, 2jl8:A, 250-255, 2v47:A, 250-255, 2v49:A, 250-255, 3d5b:A, 253-258, 3d5d:A, 253-258
UAAG
1x8w:B, 128-133, 1y0q:A, 71-76
UAGG
2v47:A, 1387-1392, 2v49:A, 1387-1392
UCAA
2aar:0, 1776-1781
UCAC
1ffz:A, 82-87, 1voq:A, 1399-1404, 1vos:A, 1399-1404, 1vov:A, 1399-1404, 1vox:A, 1399-1404, 1voz:A, 1399-1404, 1vs5:A, 1401-1406, 2avy:A, 1401-1406, 2hhh:A, 1383-1388, 2qow:A, 1401-1406, 2uxb:A, 1383-1388, 2z4k:A, 1401-1406
UCAG
2jl5:A, 19-24, 2jl7:A, 19-24
UCGC
2v47:A, 2018-2023, 2v49:A, 2018-2023
UCGU
1fka:A, 1029-1034
UCUA
1yl3:A, 1454-1459
UCUC
2ogn:0, 717-722
UGAA
1ffk:0, 783-788, 1fjg:A, 427-432, 1fka:A, 427-432, 1hnw:A, 427-432, 1hnx:A, 427-432, 1hnz:A, 427-432, 1i94:A, 430-435, 1i95:A, 430-435, 1i96:A, 430-435, 1ibk:A, 427-432, 1ibl:A, 427-432, 1ibm:A, 427-432, 1j5e:A, 427-432, 1jj2:0, 787-792, 1k73:A, 787-792, 1k8a:A, 787-792, 1k9m:A, 787-792, 1kc8:A, 787-792, 1kd1:A, 787-792, 1kqs:0, 787-792, 1m1k:A, 787-792, 1m90:A, 787-792, 1n32:A, 427-432, 1n36:A, 427-432, 1n8r:A, 787-792, 1nji:A, 787-792, 1nkw:0, 2563-2568, 1ond:0, 2562-2567, 1pns:A, 431-436, 1pnx:A, 431-436, 1q7y:A, 787-792, 1q81:A, 787-792, 1q82:A, 787-792, 1q86:A, 787-792, 1qvf:0, 787-792, 1qvg:0, 787-792, 1s72:0, 787-792, 1u6b:B, 124-129, 1voq:A, 431-436, 1vos:A, 431-436, 1vov:A, 431-436, 1vox:A, 431-436, 1voz:A, 431-436, 1vq4:0, 787-792, 1vq5:0, 787-792, 1vq6:0, 787-792, 1vq7:0, 787-792, 1vq8:0, 787-792, 1vq9:0, 787-792, 1vqk:0, 787-792, 1vql:0, 787-792, 1vqm:0, 787-792, 1vqn:0, 787-792, 1vqo:0, 787-792, 1vqp:0, 787-792, 1vs6:B, 702-707, 1vs8:B, 702-707, 1w2b:0, 787-792, 1xmq:A, 427-432, 1yhq:0, 787-792, 1yi2:0, 787-792, 1yij:0, 787-792, 1yit:0, 787-792, 1yj9:0, 787-792, 1yjn:0, 787-792, 1yjw:0, 787-792, 1yl4:A, 427-432, 1zzn:B, 124-129, 2aw4:B, 702-707, 2awb:B, 702-707, 2b64:A, 427-432, 2b66:A, 727-732, 2b9m:A, 427-432, 2b9n:A, 727-732, 2b9o:A, 427-432, 2b9p:A, 727-732, 2e5l:A, 428-433, 2hgi:A, 427-432, 2hgp:A, 427-432, 2hgr:A, 427-432, 2hhh:A, 427-432, 2i2t:B, 702-707, 2i2v:B, 702-707, 2j00:A, 427-432, 2j01:A, 711-716, 2j02:A, 427-432, 2j03:A, 711-716, 2j28:B, 702-707, 2jl6:A, 738-743, 2jl8:A, 738-743, 2otj:0, 787-792, 2otl:0, 787-792, 2ow8:y, 427-432, 2qa4:0, 786-791, 2qam:B, 702-707, 2qao:B, 702-707, 2qbc:B, 702-707, 2qbe:B, 702-707, 2qbg:B, 702-707, 2qex:0, 787-792, 2uu9:A, 427-432, 2uua:A, 427-432, 2uub:A, 427-432, 2uuc:A, 427-432, 2uxb:A, 427-432, 2vhm:B, 702-707, 2vhn:B, 702-707, 2vqe:A, 427-432, 2vqf:A, 427-432, 2z4l:B, 702-707, 2z4n:B, 702-707, 3bbx:B, 702-707, 3bo2:B, 124-129, 3bo3:B, 124-129, 3bo4:B, 124-129, 3cc2:0, 787-792, 3cc4:0, 787-792, 3cc7:0, 787-792, 3cce:0, 787-792, 3ccj:0, 787-792, 3ccl:0, 787-792, 3ccm:0, 787-792, 3ccq:0, 787-792, 3ccr:0, 787-792, 3ccs:0, 787-792, 3ccu:0, 787-792, 3ccv:0, 787-792, 3cd6:0, 787-792, 3cma:0, 787-792, 3cme:0, 787-792, 3cpw:0, 787-792, 3d5a:A, 427-432, 3d5b:A, 723-728, 3d5c:A, 427-432, 3d5d:A, 723-728
UGAC
1hnz:A, 1453-1458, 2uxd:A, 411-416
UGAG
1fka:A, 727-732, 1j5a:A, 1311-1316, 1jzx:A, 1311-1316, 1jzy:A, 1311-1316, 1jzz:A, 1311-1316, 1k01:A, 1311-1316, 1njm:0, 1303-1308, 1njo:0, 1303-1308, 1njp:0, 1303-1308, 1pnu:0, 1319-1324, 1pny:0, 1319-1324, 2o45:A, 1300-1305, 2ogo:0, 1302-1307, 3bbo:C, 71-76
UGAU
1sm1:0, 2348-2353, 1xbp:0, 2348-2353, 2d3o:0, 2369-2374, 2o43:A, 2348-2353, 2o45:A, 2336-2341, 2vhm:B, 2403-2408, 2vhn:B, 2403-2408
UGGA
2vho:A, 704-709
UGGC
1yl4:A, 1181-1186, 2vho:A, 1200-1205
UGGG
1etf:A, 4-9
UGGU
1fka:A, 710-715
UGUC
2b66:A, 2613-2618, 2b9n:A, 2613-2618, 2b9p:A, 2613-2618
UUAA
1njm:0, 565-570, 1njn:0, 565-570, 1njo:0, 565-570, 1njp:0, 565-570, 1pnu:0, 565-570, 1pny:0, 565-570, 1sm1:0, 565-570, 1vor:B, 565-570, 1vou:B, 565-570, 1vow:B, 565-570, 1voy:B, 565-570, 1vp0:B, 565-570, 1xbp:0, 565-570, 2qa4:0, 1982-1987, 3ccj:0, 1977-1982
UUAU
2vhp:A, 1110-1115
UUUA
3bbn:A, 534-539
UUUC
2gy9:A, 414-419
UUUU
1na2:A, 6-11