Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Segment cluster 5103 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 101 structure(s)
Representative structure 3cma:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNN
Cluster members
AGCA
3bbo:A, 815-820
AGCC
1hr0:A, 1012-1017, 1i95:A, 1015-1020
AUGG
2hhh:A, 218-223
CAAA
1ffk:0, 230-235, 1jj2:0, 231-236, 1k73:A, 231-236, 1k8a:A, 231-236, 1k9m:A, 231-236, 1kc8:A, 231-236, 1kd1:A, 231-236, 1kqs:0, 231-236, 1m1k:A, 231-236, 1m90:A, 231-236, 1n8r:A, 231-236, 1nji:A, 231-236, 1q7y:A, 231-236, 1q81:A, 231-236, 1q82:A, 231-236, 1q86:A, 231-236, 1qvf:0, 231-236, 1qvg:0, 231-236, 1s1i:3, 230-235, 1s72:0, 231-236, 1vq4:0, 231-236, 1vq5:0, 231-236, 1vq6:0, 231-236, 1vq7:0, 231-236, 1vq8:0, 231-236, 1vq9:0, 231-236, 1vqk:0, 231-236, 1vql:0, 231-236, 1vqm:0, 231-236, 1vqn:0, 231-236, 1vqo:0, 231-236, 1vqp:0, 231-236, 1w2b:0, 231-236, 1yhq:0, 231-236, 1yi2:0, 231-236, 1yij:0, 231-236, 1yit:0, 231-236, 1yj9:0, 231-236, 1yjn:0, 231-236, 1yjw:0, 231-236, 2otj:0, 231-236, 2otl:0, 231-236, 2qa4:0, 231-236, 2qex:0, 231-236, 3cc2:0, 231-236, 3cc4:0, 231-236, 3cc7:0, 231-236, 3cce:0, 231-236, 3ccj:0, 231-236, 3ccl:0, 231-236, 3ccm:0, 231-236, 3ccq:0, 231-236, 3ccr:0, 231-236, 3ccs:0, 231-236, 3ccu:0, 231-236, 3ccv:0, 231-236, 3cd6:0, 231-236, 3cma:0, 231-236, 3cme:0, 231-236, 3cpw:0, 231-236
CACA
1fjg:A, 1020-1025
CACU
2gya:0, 800-805
CCGA
1i94:A, 1440-1445, 1i95:A, 1440-1445, 1i96:A, 1440-1445
CCGG
1x8w:C, 180-185
CUGG
1xbp:0, 32-37
GAAC
1voy:B, 695-700, 2vhm:B, 732-737
GAGG
2gya:0, 1280-1285
GCGC
2vhp:A, 1454-1459
GGCA
2vhp:A, 640-645
GUAA
1vow:B, 2135-2140
UAAA
2j01:A, 250-255, 2j03:A, 250-255, 2jl6:A, 250-255, 2jl8:A, 250-255, 2v47:A, 250-255, 2v49:A, 250-255, 3d5b:A, 253-258, 3d5d:A, 253-258
UAGG
2v47:A, 1387-1392, 2v49:A, 1387-1392
UCAC
1ffz:A, 82-87, 2hhh:A, 1383-1388, 2qow:A, 1401-1406
UCUC
1sm1:0, 717-722, 1xbp:0, 717-722, 1z58:2, 711-716, 2d3o:0, 717-722, 2o43:A, 717-722, 2ogm:0, 717-722, 2ogn:0, 717-722, 2ogo:0, 716-721
UGGC
1yl4:A, 1181-1186, 2vho:A, 1200-1205
UUAU
2vhp:A, 1110-1115