Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(003)-Segment cluster 5618 (cutoff=1.5 Å)
Cluster size 385 structure(s)
Representative structure 2qba:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NDN
Cluster members
AAA
1u9s:A, 36-40
AUA
2a9l:A, 29-33
AUG
1vou:B, 1407-1411, 1vow:B, 1407-1411
AUU
1vs6:B, 844-848, 2aw4:B, 844-848, 2i2t:B, 844-848, 2i2v:B, 844-848, 2qam:B, 844-848, 2qao:B, 844-848, 2qba:B, 844-848, 2qbc:B, 844-848, 2qbe:B, 844-848, 2qbg:B, 844-848, 2qbi:B, 844-848, 2qbk:B, 844-848, 2qov:B, 844-848, 2qox:B, 844-848, 2z4l:B, 844-848, 2z4n:B, 844-848, 3bbx:B, 844-848
CAC
1kog:I, 28-32, 1kog:J, 28-32, 1kog:L, 28-32, 1kog:M, 28-32, 1kog:N, 28-32, 1kog:O, 28-32, 1kog:P, 28-32, 1p9x:0, 804-808, 1vs6:B, 2627-2631, 1vs8:B, 2627-2631, 1y69:0, 827-831, 1yl3:A, 889-893, 2hgj:A, 889-893, 2hgq:A, 889-893, 2hgu:A, 889-893, 2i2t:B, 2627-2631, 2i2v:B, 2627-2631, 2qam:B, 2627-2631, 2qao:B, 2627-2631, 2qba:B, 2627-2631, 2qbc:B, 2627-2631, 2qbe:B, 2627-2631, 2qbg:B, 2627-2631, 2qbi:B, 2627-2631, 2qbk:B, 2627-2631, 2qov:B, 2627-2631, 2qox:B, 2627-2631, 2qoz:B, 2627-2631, 2qp1:B, 2627-2631, 2z4l:B, 2627-2631, 2z4n:B, 2627-2631, 3df2:B, 2627-2631, 3df4:B, 2627-2631
CGC
1y69:0, 2572-2576, 2aar:0, 2572-2576, 2ogm:0, 2572-2576, 2zjp:X, 2483-2487, 3cf5:X, 2483-2487, 3dll:X, 2483-2487
CGU
1w2b:0, 2355-2359
CUC
1vsa:w, 2670-2674, 1vsp:w, 2670-2674, 1yl3:A, 2656-2660, 2b66:A, 2598-2602, 2b9n:A, 2598-2602, 2b9p:A, 2598-2602, 2hgj:A, 2670-2674, 2hgq:A, 2670-2674, 2hgu:A, 2670-2674, 2jl6:A, 2637-2641, 2jl8:A, 2637-2641, 3bbo:A, 2619-2623
GAA
1ffk:0, 236-240, 1jj2:0, 237-241, 1k73:A, 237-241, 1k8a:A, 237-241, 1k9m:A, 237-241, 1kc8:A, 237-241, 1kd1:A, 237-241, 1kqs:0, 237-241, 1m1k:A, 237-241, 1m90:A, 237-241, 1n8r:A, 237-241, 1nji:A, 237-241, 1q7y:A, 237-241, 1q81:A, 237-241, 1q82:A, 237-241, 1q86:A, 237-241, 1qvf:0, 237-241, 1qvg:0, 237-241, 1s1i:3, 236-240, 1s72:0, 237-241, 1vq4:0, 237-241, 1vq5:0, 237-241, 1vq6:0, 237-241, 1vq7:0, 237-241, 1vq8:0, 237-241, 1vq9:0, 237-241, 1vqk:0, 237-241, 1vql:0, 237-241, 1vqm:0, 237-241, 1vqn:0, 237-241, 1vqo:0, 237-241, 1vqp:0, 237-241, 1w2b:0, 237-241, 1yhq:0, 237-241, 1yi2:0, 237-241, 1yij:0, 237-241, 1yit:0, 237-241, 1yj9:0, 237-241, 1yjn:0, 237-241, 1yjw:0, 237-241, 2otj:0, 237-241, 2otl:0, 237-241, 2qa4:0, 237-241, 2qex:0, 237-241, 3cc2:0, 237-241, 3cc4:0, 237-241, 3cc7:0, 237-241, 3cce:0, 237-241, 3ccj:0, 237-241, 3ccl:0, 237-241, 3ccm:0, 237-241, 3ccq:0, 237-241, 3ccr:0, 237-241, 3ccs:0, 237-241, 3ccu:0, 237-241, 3ccv:0, 237-241, 3cd6:0, 237-241, 3cma:0, 237-241, 3cme:0, 237-241, 3cpw:0, 237-241
GAC
1dk1:B, 50-54, 1f7y:B, 50-54, 1fjg:A, 730-734, 1hnw:A, 730-734, 1hnx:A, 730-734, 1hnz:A, 730-734, 1hr0:A, 730-734, 1i95:A, 733-737, 1i96:A, 733-737, 1ibk:A, 730-734, 1ibl:A, 730-734, 1ibm:A, 730-734, 1j5e:A, 730-734, 1kuq:B, 50-54, 1n32:A, 730-734, 1n33:A, 730-734, 1n34:A, 730-734, 1n36:A, 730-734, 1pns:A, 744-748, 1pnx:A, 744-748, 1s1h:A, 735-739, 1vs5:A, 747-751, 1vs7:A, 747-751, 1xmo:A, 730-734, 1xmq:A, 730-734, 1xnq:A, 730-734, 1xnr:A, 730-734, 1yl4:A, 730-734, 2avy:A, 747-751, 2aw7:A, 747-751, 2b64:A, 730-734, 2b9m:A, 730-734, 2b9o:A, 730-734, 2e5l:A, 731-735, 2f4v:A, 730-734, 2gy9:A, 717-721, 2gyb:A, 717-721, 2hgi:A, 730-734, 2hgp:A, 730-734, 2hgr:A, 730-734, 2hhh:A, 730-734, 2i2p:A, 747-751, 2i2u:A, 747-751, 2j00:A, 730-734, 2j02:A, 730-734, 2qal:A, 747-751, 2qan:A, 747-751, 2qb9:A, 747-751, 2qbb:A, 747-751, 2qbd:A, 747-751, 2qbf:A, 747-751, 2qbh:A, 747-751, 2qbj:A, 747-751, 2qnh:y, 730-734, 2qou:A, 747-751, 2qow:A, 747-751, 2qoy:A, 747-751, 2qp0:A, 747-751, 2uu9:A, 730-734, 2uua:A, 730-734, 2uub:A, 730-734, 2uuc:A, 730-734, 2uxb:A, 730-734, 2uxc:A, 730-734, 2uxd:A, 708-712, 2v46:A, 730-734, 2v48:A, 730-734, 2vqe:A, 730-734, 2vqf:A, 730-734, 2z4k:A, 747-751, 2z4m:A, 747-751, 3bbn:A, 694-698, 3d5a:A, 730-734, 3d5c:A, 730-734, 3df1:A, 747-751, 3df3:A, 747-751
GUA
1ebr:A, 23-27
GUU
1ffk:0, 1338-1342, 1j5a:A, 1265-1269, 1jj2:0, 1385-1389, 1jzx:A, 1265-1269, 1jzy:A, 1265-1269, 1jzz:A, 1265-1269, 1k01:A, 1265-1269, 1k73:A, 1385-1389, 1k8a:A, 1385-1389, 1k9m:A, 1385-1389, 1kc8:A, 1385-1389, 1kd1:A, 1385-1389, 1kqs:0, 1385-1389, 1m1k:A, 1385-1389, 1m90:A, 1385-1389, 1n8r:A, 1385-1389, 1nji:A, 1385-1389, 1njm:0, 1257-1261, 1njm:0, 807-811, 1njn:0, 807-811, 1njo:0, 1257-1261, 1njo:0, 807-811, 1njp:0, 1257-1261, 1njp:0, 807-811, 1nkw:0, 1257-1261, 1nkw:0, 807-811, 1nwx:0, 1257-1261, 1nwx:0, 807-811, 1nwy:0, 1257-1261, 1nwy:0, 807-811, 1ond:0, 1257-1261, 1ond:0, 807-811, 1p9x:0, 1233-1237, 1pnu:0, 1273-1277, 1pny:0, 1273-1277, 1q7y:A, 1385-1389, 1q81:A, 1385-1389, 1q82:A, 1385-1389, 1q86:A, 1385-1389, 1qvf:0, 1385-1389, 1qvg:0, 1385-1389, 1s1i:3, 1496-1500, 1s72:0, 1385-1389, 1sm1:0, 1257-1261, 1vor:B, 1273-1277, 1vou:B, 1273-1277, 1vow:B, 1273-1277, 1voy:B, 1273-1277, 1vp0:B, 1273-1277, 1vq4:0, 1385-1389, 1vq5:0, 1385-1389, 1vq6:0, 1385-1389, 1vq7:0, 1385-1389, 1vq8:0, 1385-1389, 1vq9:0, 1385-1389, 1vqk:0, 1385-1389, 1vql:0, 1385-1389, 1vqm:0, 1385-1389, 1vqn:0, 1385-1389, 1vqo:0, 1385-1389, 1vqp:0, 1385-1389, 1vs6:B, 1294-1298, 1vs8:B, 1294-1298, 1vsa:w, 1335-1339, 1vsp:w, 1335-1339, 1w2b:0, 1385-1389, 1xbp:0, 1257-1261, 1y69:0, 1257-1261, 1yhq:0, 1385-1389, 1yi2:0, 1385-1389, 1yij:0, 1385-1389, 1yit:0, 1385-1389, 1yj9:0, 1385-1389, 1yjn:0, 1385-1389, 1yjw:0, 1385-1389, 1yl3:A, 1334-1338, 1z58:2, 1248-1252, 2aar:0, 1257-1261, 2aar:0, 807-811, 2aw4:B, 1294-1298, 2awb:B, 1294-1298, 2b66:A, 1334-1338, 2b9n:A, 1334-1338, 2b9p:A, 1334-1338, 2d3o:0, 1257-1261, 2gya:0, 1234-1238, 2gyc:0, 1234-1238, 2i2t:B, 1294-1298, 2i2v:B, 1294-1298, 2j01:A, 1260-1264, 2j03:A, 1260-1264, 2j28:B, 1294-1298, 2jl6:A, 1339-1343, 2jl8:A, 1339-1343, 2o43:A, 1257-1261, 2o44:A, 1257-1261, 2o45:A, 1254-1258, 2ogm:0, 1257-1261, 2ogn:0, 1257-1261, 2otj:0, 1385-1389, 2otl:0, 1385-1389, 2qa4:0, 1390-1394, 2qam:B, 1294-1298, 2qao:B, 1294-1298, 2qba:B, 1294-1298, 2qbc:B, 1294-1298, 2qbe:B, 1294-1298, 2qbg:B, 1294-1298, 2qbi:B, 1294-1298, 2qbk:B, 1294-1298, 2qex:0, 1385-1389, 2qov:B, 1294-1298, 2qox:B, 1294-1298, 2qoz:B, 1294-1298, 2qp1:B, 1294-1298, 2v47:A, 1260-1264, 2v49:A, 1260-1264, 2vhm:B, 1294-1298, 2vhn:B, 1294-1298, 2z4l:B, 1294-1298, 2z4n:B, 1294-1298, 2zjp:X, 1235-1239, 2zjp:X, 785-789, 2zjq:X, 1235-1239, 2zjq:X, 785-789, 2zjr:X, 1232-1236, 2zjr:X, 785-789, 3cc2:0, 1385-1389, 3cc4:0, 1385-1389, 3cc7:0, 1385-1389, 3cce:0, 1385-1389, 3ccj:0, 1385-1389, 3ccl:0, 1385-1389, 3ccm:0, 1385-1389, 3ccq:0, 1385-1389, 3ccr:0, 1385-1389, 3ccs:0, 1385-1389, 3ccu:0, 1385-1389, 3ccv:0, 1385-1389, 3cd6:0, 1385-1389, 3cf5:X, 1235-1239, 3cf5:X, 785-789, 3cma:0, 1385-1389, 3cme:0, 1385-1389, 3cpw:0, 1385-1389, 3d5b:A, 1330-1334, 3d5d:A, 1330-1334, 3df2:B, 1294-1298, 3df4:B, 1294-1298, 3dll:X, 1235-1239, 3dll:X, 785-789
UAG
1fjg:A, 630-634, 1hnx:A, 630-634, 1hnz:A, 630-634, 1hr0:A, 630-634, 1ibk:A, 630-634, 1ibm:A, 630-634, 1j5e:A, 630-634, 1pns:A, 644-648, 1s1h:A, 635-639, 2e5l:A, 631-635, 2hgi:A, 630-634, 2hgp:A, 630-634, 2hgr:A, 630-634, 2qnh:y, 630-634
UUA
1z58:2, 1982-1986, 2qbe:B, 914-918, 2qbg:B, 914-918
UUG
2gy9:A, 617-621, 2qbh:A, 647-651, 2qbj:A, 647-651, 2qou:A, 647-651, 2qow:A, 647-651, 2z4k:A, 647-651, 2z4m:A, 647-651