Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(003)-Segment cluster 5842 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 550 structure(s)
Representative structure 2qbg:B (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNN
Cluster members
AAA
1y0q:A, 91-95
ACA
1xjr:A, 37-41
AGC
2d3o:0, 797-801, 2j01:B, 65-69, 2j03:B, 65-69, 2uxd:A, 991-995, 2v47:B, 65-69, 2v49:B, 65-69
AGG
2b66:A, 2286-2290, 2b9n:A, 2286-2290, 2b9p:A, 2286-2290
CAA
1vs6:B, 1303-1307, 1vs8:B, 1303-1307, 1yl3:A, 1343-1347, 2aw4:B, 1303-1307, 2awb:B, 1303-1307, 2b66:A, 1343-1347, 2b9n:A, 1343-1347, 2b9p:A, 1343-1347, 2gya:0, 1243-1247, 2gyc:0, 1243-1247, 2hgj:A, 1343-1347, 2hgq:A, 1343-1347, 2hgu:A, 1343-1347, 2i2t:B, 1303-1307, 2i2v:B, 1303-1307, 2j01:A, 1269-1273, 2j03:A, 1269-1273, 2j28:B, 1303-1307, 2jl6:A, 1348-1352, 2jl8:A, 1348-1352, 2qam:B, 1303-1307, 2qao:B, 1303-1307, 2qba:B, 1303-1307, 2qbc:B, 1303-1307, 2qbe:B, 1303-1307, 2qbg:B, 1303-1307, 2qbi:B, 1303-1307, 2qbk:B, 1303-1307, 2qov:B, 1303-1307, 2qox:B, 1303-1307, 2qoz:B, 1303-1307, 2qp1:B, 1303-1307, 2v47:A, 1269-1273, 2v49:A, 1269-1273, 2z4l:B, 1303-1307, 2z4n:B, 1303-1307, 3bbx:B, 1384-1388, 3d5b:A, 1339-1343, 3d5d:A, 1339-1343, 3df2:B, 1303-1307, 3df4:B, 1303-1307
CAC
1ffk:0, 1347-1351, 1ffk:0, 2530-2534, 1j5a:A, 832-836, 1jj2:0, 1394-1398, 1jj2:0, 2581-2585, 1jzx:A, 832-836, 1jzy:A, 832-836, 1jzz:A, 832-836, 1k01:A, 832-836, 1k73:A, 1394-1398, 1k73:A, 2581-2585, 1k8a:A, 1394-1398, 1k8a:A, 2581-2585, 1k9m:A, 1394-1398, 1k9m:A, 2581-2585, 1kc8:A, 1394-1398, 1kc8:A, 2581-2585, 1kd1:A, 1394-1398, 1kd1:A, 2581-2585, 1kog:I, 28-32, 1kog:J, 28-32, 1kog:L, 28-32, 1kog:M, 28-32, 1kog:N, 28-32, 1kog:O, 28-32, 1kog:P, 28-32, 1kqs:0, 1394-1398, 1kqs:0, 2581-2585, 1m1k:A, 1394-1398, 1m1k:A, 2581-2585, 1m90:A, 1394-1398, 1m90:A, 2581-2585, 1n8r:A, 1394-1398, 1n8r:A, 2581-2585, 1nji:A, 1394-1398, 1nji:A, 2581-2585, 1q7y:A, 1394-1398, 1q7y:A, 2581-2585, 1q81:A, 1394-1398, 1q81:A, 2581-2585, 1q82:A, 1394-1398, 1q82:A, 2581-2585, 1q86:A, 1394-1398, 1q86:A, 2581-2585, 1qvf:0, 1394-1398, 1qvf:0, 2581-2585, 1qvg:0, 1394-1398, 1qvg:0, 2581-2585, 1s1i:3, 1505-1509, 1s1i:3, 2897-2901, 1s72:0, 1394-1398, 1s72:0, 2581-2585, 1sm1:0, 827-831, 1vq4:0, 1394-1398, 1vq4:0, 2581-2585, 1vq5:0, 1394-1398, 1vq5:0, 2581-2585, 1vq6:0, 1394-1398, 1vq6:0, 2581-2585, 1vq7:0, 1394-1398, 1vq7:0, 2581-2585, 1vq8:0, 1394-1398, 1vq8:0, 2581-2585, 1vq9:0, 1394-1398, 1vq9:0, 2581-2585, 1vqk:0, 1394-1398, 1vqk:0, 2581-2585, 1vql:0, 1394-1398, 1vql:0, 2581-2585, 1vqm:0, 1394-1398, 1vqm:0, 2581-2585, 1vqn:0, 1394-1398, 1vqn:0, 2581-2585, 1vqo:0, 1394-1398, 1vqo:0, 2581-2585, 1vqp:0, 1394-1398, 1vqp:0, 2581-2585, 1vs6:B, 2627-2631, 1vs6:B, 864-868, 1vs8:B, 2627-2631, 1vs8:B, 864-868, 1w2b:0, 1394-1398, 1w2b:0, 2581-2585, 1xbp:0, 827-831, 1y69:0, 827-831, 1yhq:0, 1394-1398, 1yhq:0, 2581-2585, 1yi2:0, 1394-1398, 1yi2:0, 2581-2585, 1yij:0, 1394-1398, 1yij:0, 2581-2585, 1yit:0, 1394-1398, 1yit:0, 2581-2585, 1yj9:0, 1394-1398, 1yj9:0, 2581-2585, 1yjn:0, 1394-1398, 1yjn:0, 2581-2585, 1yjw:0, 1394-1398, 1yjw:0, 2581-2585, 2aw4:B, 2627-2631, 2aw4:B, 864-868, 2awb:B, 2627-2631, 2awb:B, 864-868, 2d3o:0, 827-831, 2gya:0, 2539-2543, 2gyc:0, 2539-2543, 2i2t:B, 2627-2631, 2i2t:B, 864-868, 2i2v:B, 2627-2631, 2i2v:B, 864-868, 2j01:A, 873-877, 2j03:A, 873-877, 2j28:B, 2627-2631, 2j28:B, 864-868, 2j37:Z, 92-96, 2jl6:A, 900-904, 2jl8:A, 900-904, 2o43:A, 827-831, 2o44:A, 827-831, 2ogn:0, 827-831, 2ogo:0, 826-830, 2otj:0, 1394-1398, 2otj:0, 2581-2585, 2otl:0, 1394-1398, 2otl:0, 2581-2585, 2qa4:0, 1399-1403, 2qam:B, 2627-2631, 2qam:B, 864-868, 2qao:B, 2627-2631, 2qao:B, 864-868, 2qba:B, 2627-2631, 2qba:B, 864-868, 2qbc:B, 2627-2631, 2qbc:B, 864-868, 2qbe:B, 2627-2631, 2qbe:B, 864-868, 2qbg:B, 2627-2631, 2qbg:B, 864-868, 2qbi:B, 2627-2631, 2qbi:B, 864-868, 2qbk:B, 2627-2631, 2qbk:B, 864-868, 2qex:0, 1394-1398, 2qex:0, 2581-2585, 2qov:B, 2627-2631, 2qov:B, 864-868, 2qox:B, 2627-2631, 2qox:B, 864-868, 2qoz:B, 2627-2631, 2qoz:B, 864-868, 2qp1:B, 2627-2631, 2qp1:B, 864-868, 2v47:A, 873-877, 2v49:A, 873-877, 2z4l:B, 2627-2631, 2z4l:B, 864-868, 2z4n:B, 2627-2631, 2z4n:B, 864-868, 2zjp:X, 805-809, 2zjq:X, 805-809, 2zjr:X, 805-809, 3bbx:B, 2910-2914, 3cc2:0, 1394-1398, 3cc2:0, 2581-2585, 3cc4:0, 1394-1398, 3cc4:0, 2581-2585, 3cc7:0, 1394-1398, 3cc7:0, 2581-2585, 3cce:0, 1394-1398, 3cce:0, 2581-2585, 3ccj:0, 1394-1398, 3ccj:0, 2581-2585, 3ccl:0, 1394-1398, 3ccl:0, 2581-2585, 3ccm:0, 1394-1398, 3ccm:0, 2581-2585, 3ccq:0, 1394-1398, 3ccq:0, 2581-2585, 3ccr:0, 1394-1398, 3ccr:0, 2581-2585, 3ccs:0, 1394-1398, 3ccs:0, 2581-2585, 3ccu:0, 1394-1398, 3ccu:0, 2581-2585, 3ccv:0, 1394-1398, 3ccv:0, 2581-2585, 3cd6:0, 1394-1398, 3cd6:0, 2581-2585, 3cf5:X, 805-809, 3cma:0, 1394-1398, 3cma:0, 2581-2585, 3cme:0, 1394-1398, 3cme:0, 2581-2585, 3cpw:0, 1394-1398, 3cpw:0, 2581-2585, 3d5b:A, 885-889, 3d5d:A, 885-889, 3df2:B, 2627-2631, 3df2:B, 864-868, 3df4:B, 2627-2631, 3df4:B, 864-868, 3dkn:F, 11-15, 3dll:X, 805-809
CCG
1i97:A, 179-183, 1n36:A, 66-70
CGC
1nkw:0, 2572-2576, 1nwx:0, 2572-2576, 1nwy:0, 2572-2576, 1ond:0, 2571-2575, 1y69:0, 2572-2576, 2aar:0, 2572-2576, 2d3o:0, 2593-2597, 2ogm:0, 2572-2576, 2ogn:0, 2572-2576, 2zjp:X, 2483-2487, 2zjq:X, 2483-2487, 2zjr:X, 2480-2484, 3cf5:X, 2483-2487, 3dll:X, 2483-2487
CGU
1w2b:0, 2355-2359
CUC
1vsp:w, 2670-2674, 1yl3:A, 2656-2660, 2b66:A, 2598-2602, 2b9n:A, 2598-2602, 2b9p:A, 2598-2602, 2hgj:A, 2670-2674, 2hgq:A, 2670-2674, 2hgu:A, 2670-2674, 2j01:A, 2558-2562, 2j03:A, 2558-2562, 2jl6:A, 2637-2641, 2jl8:A, 2637-2641, 3d5b:A, 2665-2669, 3d5d:A, 2665-2669
GAA
1j5a:A, 1274-1278, 1jzx:A, 1274-1278, 1jzy:A, 1274-1278, 1jzz:A, 1274-1278, 1k01:A, 1274-1278, 1njm:0, 1266-1270, 1njn:0, 1266-1270, 1njo:0, 1266-1270, 1njp:0, 1266-1270, 1nkw:0, 1266-1270, 1nwx:0, 1266-1270, 1nwy:0, 1266-1270, 1ond:0, 1266-1270, 1p9x:0, 1242-1246, 1pnu:0, 1282-1286, 1pny:0, 1282-1286, 1sm1:0, 1266-1270, 1vor:B, 1282-1286, 1vou:B, 1282-1286, 1vow:B, 1282-1286, 1voy:B, 1282-1286, 1vp0:B, 1282-1286, 1xbp:0, 1266-1270, 1y69:0, 1266-1270, 2aar:0, 1266-1270, 2d3o:0, 1266-1270, 2o43:A, 1266-1270, 2o44:A, 1266-1270, 2o45:A, 1263-1267, 2ogm:0, 1266-1270, 2ogn:0, 1266-1270, 2ogo:0, 1265-1269, 2zjp:X, 1244-1248, 2zjq:X, 1244-1248, 2zjr:X, 1241-1245, 3cf5:X, 1244-1248, 3dll:X, 1244-1248
GAU
1j5a:A, 2357-2361, 1jzx:A, 2357-2361, 1jzy:A, 2357-2361, 1jzz:A, 2357-2361, 1k01:A, 2357-2361, 1nkw:0, 2349-2353, 1nwx:0, 2349-2353, 1nwy:0, 2349-2353, 1ond:0, 2348-2352, 1p9x:0, 2324-2328, 1vs6:B, 2404-2408, 1vs8:B, 2404-2408, 1yl3:A, 2433-2437, 2aar:0, 2349-2353, 2aw4:B, 2404-2408, 2awb:B, 2404-2408, 2gyc:0, 2319-2323, 2j28:B, 2404-2408, 2ogn:0, 2349-2353, 2ogo:0, 2348-2352, 2qam:B, 2404-2408, 2qao:B, 2404-2408, 2qba:B, 2404-2408, 2qbc:B, 2404-2408, 2qbe:B, 2404-2408, 2qbg:B, 2404-2408, 2qbi:B, 2404-2408, 2qbk:B, 2404-2408, 2qox:B, 2404-2408, 2v47:A, 2330-2334, 2v49:A, 2330-2334, 2z4l:B, 2404-2408, 2z4n:B, 2404-2408, 3bbx:B, 2687-2691, 3df2:B, 2404-2408, 3df4:B, 2404-2408
GGC
1i97:A, 1185-1189
GUC
2v48:W, 26-30
GUU
2gya:0, 2351-2355
UAA
1vou:B, 959-963, 1voy:B, 959-963, 1vs6:B, 2143-2147, 1y69:0, 2092-2096, 2aw4:B, 2143-2147, 2gya:0, 2079-2083, 2i2t:B, 2143-2147, 2i2v:B, 2143-2147, 2o45:A, 2080-2084, 2ogo:0, 2091-2095, 2qam:B, 2143-2147, 2qao:B, 2143-2147, 2qba:B, 2143-2147, 2qbc:B, 2143-2147, 2qbe:B, 2143-2147, 2qbg:B, 2143-2147, 2qbi:B, 2143-2147, 2qbk:B, 2143-2147, 2qov:B, 2143-2147, 2qox:B, 2143-2147, 2qoz:B, 2143-2147, 2qp1:B, 2143-2147, 2z4l:B, 2143-2147, 2z4n:B, 2143-2147, 2zjq:X, 2003-2007, 2zjr:X, 2000-2004, 3df2:B, 2143-2147, 3df4:B, 2143-2147
UAG
1dk1:B, 15-19, 1f7y:B, 15-19, 1fjg:A, 630-634, 1hnw:A, 630-634, 1hnx:A, 630-634, 1hnz:A, 630-634, 1hr0:A, 630-634, 1i95:A, 633-637, 1i96:A, 633-637, 1ibk:A, 630-634, 1ibl:A, 630-634, 1ibm:A, 630-634, 1j5e:A, 630-634, 1kuq:B, 15-19, 1n32:A, 630-634, 1n33:A, 630-634, 1n36:A, 630-634, 1pns:A, 644-648, 1pnx:A, 644-648, 1s1h:A, 635-639, 1voq:A, 644-648, 1vos:A, 644-648, 1vov:A, 644-648, 1vox:A, 644-648, 1voz:A, 644-648, 1xmo:A, 630-634, 1xmq:A, 630-634, 1xnq:A, 630-634, 1xnr:A, 630-634, 1yl4:A, 630-634, 2b9m:A, 630-634, 2b9o:A, 630-634, 2e5l:A, 631-635, 2f4v:A, 630-634, 2hgi:A, 630-634, 2hgp:A, 630-634, 2hgr:A, 630-634, 2j00:A, 630-634, 2j02:A, 630-634, 2uu9:A, 630-634, 2uua:A, 630-634, 2uub:A, 630-634, 2uuc:A, 630-634, 2uxb:A, 630-634, 2uxc:A, 630-634, 2uxd:A, 608-612, 2vqe:A, 630-634, 2vqf:A, 630-634, 3d5a:A, 630-634, 3d5c:A, 630-634
UAU
2d3o:0, 1385-1389, 2vhm:B, 1421-1425, 2vhn:B, 1421-1425
UCA
1ffk:0, 2056-2060, 1fg0:A, 82-86, 1hnw:A, 1383-1387, 1hnx:A, 1383-1387, 1hr0:A, 1383-1387, 1ibm:A, 1383-1387, 1j5e:A, 1383-1387, 1jj2:0, 2106-2110, 1k73:A, 2106-2110, 1k8a:A, 2106-2110, 1k9m:A, 2106-2110, 1kc8:A, 2106-2110, 1kd1:A, 2106-2110, 1kqs:0, 2106-2110, 1m1k:A, 2106-2110, 1m90:A, 2106-2110, 1n8r:A, 2106-2110, 1nji:A, 2106-2110, 1pns:A, 1399-1403, 1pnx:A, 1399-1403, 1q7y:A, 2106-2110, 1q81:A, 2106-2110, 1q82:A, 2106-2110, 1q86:A, 2106-2110, 1qvf:0, 2106-2110, 1qvg:0, 2106-2110, 1s1h:A, 1384-1388, 1s72:0, 2106-2110, 1vq6:0, 2106-2110, 1vq8:0, 2106-2110, 1vq9:0, 2106-2110, 1vqk:0, 2106-2110, 1vql:0, 2106-2110, 1vqm:0, 2106-2110, 1vqn:0, 2106-2110, 1vqo:0, 2106-2110, 1vqp:0, 2106-2110, 1w2b:0, 2106-2110, 1yhq:0, 2106-2110, 1yi2:0, 2106-2110, 1yij:0, 2106-2110, 1yit:0, 2106-2110, 1yj9:0, 2106-2110, 1yjn:0, 2106-2110, 1yjw:0, 2106-2110, 1yl4:A, 1383-1387, 2b66:A, 857-861, 2b9n:A, 857-861, 2b9p:A, 857-861, 2e5l:A, 1384-1388, 2otj:0, 2106-2110, 2otl:0, 2106-2110, 2qa4:0, 2111-2115, 2qbf:A, 1401-1405, 2qbj:A, 1401-1405, 2qex:0, 2106-2110, 2qou:A, 1401-1405, 2z4m:A, 1401-1405, 3cc2:0, 2106-2110, 3cc4:0, 2106-2110, 3cc7:0, 2106-2110, 3cce:0, 2106-2110, 3ccj:0, 2106-2110, 3ccl:0, 2106-2110, 3ccm:0, 2106-2110, 3ccr:0, 2106-2110, 3ccu:0, 2106-2110, 3ccv:0, 2106-2110, 3cd6:0, 2106-2110, 3cma:0, 2106-2110, 3cme:0, 2106-2110, 3cpw:0, 2106-2110, 3df3:A, 1401-1405
UCU
1j5a:A, 722-726, 1jzx:A, 722-726, 1jzy:A, 722-726, 1jzz:A, 722-726, 1k01:A, 722-726, 2o45:A, 717-721, 2zjq:X, 695-699, 2zjr:X, 695-699, 3dll:X, 695-699
UGG
3bbn:A, 594-598
UUG
1vs5:A, 647-651, 1vs7:A, 647-651, 2avy:A, 647-651, 2aw7:A, 647-651, 2gy9:A, 617-621, 2gyb:A, 617-621, 2i2p:A, 647-651, 2i2u:A, 647-651, 2qal:A, 647-651, 2qan:A, 647-651, 2qb9:A, 647-651, 2qbb:A, 647-651, 2qbd:A, 647-651, 2qbf:A, 647-651, 2qbh:A, 647-651, 2qbj:A, 647-651, 2qou:A, 647-651, 2qow:A, 647-651, 2qoy:A, 647-651, 2qp0:A, 647-651, 2z4k:A, 647-651, 2z4m:A, 647-651, 3df1:A, 647-651, 3df3:A, 647-651