Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(004)-Hairpin cluster 128 (cutoff=1.0 Å)
Cluster size 331 structure(s)
Representative structure 1hnw:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NHHR
Cluster members
AUCA
1u1y:R, 7-12, 1zdh:S, 5-10, 1zdk:S, 8-13, 5msf:S, 6-11
AUUA
1aq3:S, 5-10, 1aq4:R, 6-11, 1aq4:S, 6-11, 1zdi:S, 5-10, 2bq5:R, 8-13, 2bq5:S, 7-12, 2izn:S, 4-9
CACG
1rfr:A, 13-18, 1roq:A, 5-10, 3bbn:A, 385-390
CUCA
2iz8:S, 5-10
GCAA
2nue:C, 21-26, 3bbn:A, 1393-1398
GUUA
1z30:A, 7-12
UACG
1fjg:A, 1425-1430, 1fjg:A, 333-338, 1hnw:A, 1425-1430, 1hnw:A, 333-338, 1hnx:A, 1425-1430, 1hnx:A, 333-338, 1hnz:A, 1425-1430, 1hnz:A, 333-338, 1hr0:A, 1425-1430, 1hr0:A, 333-338, 1i94:A, 1428-1433, 1i94:A, 336-341, 1i95:A, 1428-1433, 1i95:A, 336-341, 1i96:A, 1428-1433, 1i96:A, 336-341, 1i97:A, 1428-1433, 1i97:A, 336-341, 1ibk:A, 1425-1430, 1ibk:A, 333-338, 1ibl:A, 1425-1430, 1ibl:A, 333-338, 1ibm:A, 1425-1430, 1ibm:A, 333-338, 1j5e:A, 1425-1430, 1j5e:A, 333-338, 1n32:A, 1425-1430, 1n32:A, 333-338, 1n33:A, 1425-1430, 1n33:A, 333-338, 1n34:A, 1425-1430, 1pns:A, 1445-1450, 1pns:A, 337-342, 1pnu:0, 2084-2089, 1pnx:A, 1445-1450, 1pnx:A, 337-342, 1pny:0, 2084-2089, 1s1h:A, 1426-1431, 1s1h:A, 338-343, 1un6:E, 12-17, 1un6:F, 12-17, 1vs5:A, 338-343, 1vs6:B, 1517-1522, 1vs7:A, 338-343, 1vs8:B, 1517-1522, 1xmo:A, 1419-1424, 1xmo:A, 333-338, 1xmq:A, 1419-1424, 1xmq:A, 333-338, 1xnq:A, 1419-1424, 1xnq:A, 333-338, 1xnr:A, 1419-1424, 1xnr:A, 333-338, 1yl4:A, 333-338, 2avy:A, 338-343, 2aw4:B, 1517-1522, 2aw7:A, 338-343, 2awb:B, 1517-1522, 2b64:A, 1425-1430, 2b64:A, 333-338, 2b9m:A, 1425-1430, 2b9m:A, 333-338, 2b9o:A, 1425-1430, 2b9o:A, 333-338, 2e5l:A, 1426-1431, 2e5l:A, 334-339, 2gy9:A, 320-325, 2gyb:A, 320-325, 2hgi:A, 1425-1430, 2hgi:A, 333-338, 2hgp:A, 1425-1430, 2hgp:A, 333-338, 2hgr:A, 1425-1430, 2hgr:A, 333-338, 2hhh:A, 1425-1430, 2hhh:A, 333-338, 2i2p:A, 338-343, 2i2u:A, 338-343, 2j00:A, 1425-1430, 2j00:A, 333-338, 2j02:A, 333-338, 2j28:B, 1517-1522, 2jl5:A, 333-338, 2jl7:A, 333-338, 2om7:A, 4-9, 2om7:C, 47-52, 2ow8:y, 1425-1430, 2qal:A, 338-343, 2qam:B, 1517-1522, 2qan:A, 338-343, 2qao:B, 1517-1522, 2qb9:A, 338-343, 2qba:B, 1517-1522, 2qbb:A, 338-343, 2qbc:B, 1517-1522, 2qbd:A, 338-343, 2qbe:B, 1517-1522, 2qbf:A, 338-343, 2qbg:B, 1517-1522, 2qbh:A, 338-343, 2qbi:B, 1517-1522, 2qbj:A, 338-343, 2qbk:B, 1517-1522, 2qnh:y, 1425-1430, 2qou:A, 338-343, 2qov:B, 1517-1522, 2qow:A, 338-343, 2qox:B, 1517-1522, 2qoy:A, 338-343, 2qoz:B, 1517-1522, 2qp0:A, 338-343, 2qp1:B, 1517-1522, 2uu9:A, 1425-1430, 2uu9:A, 333-338, 2uua:A, 1425-1430, 2uua:A, 333-338, 2uub:A, 1425-1430, 2uub:A, 333-338, 2uuc:A, 1425-1430, 2uuc:A, 333-338, 2uxb:A, 1425-1430, 2uxb:A, 333-338, 2uxc:A, 1425-1430, 2uxc:A, 333-338, 2uxd:A, 317-322, 2v46:A, 333-338, 2v48:A, 333-338, 2vhm:B, 1517-1522, 2vhn:B, 1517-1522, 2vho:A, 338-343, 2vhp:A, 338-343, 2vqe:A, 1425-1430, 2vqe:A, 333-338, 2vqf:A, 1425-1430, 2vqf:A, 333-338, 2z4k:A, 338-343, 2z4l:B, 1517-1522, 2z4m:A, 338-343, 2z4n:B, 1517-1522, 3bbn:A, 308-313, 3bbo:A, 1489-1494, 3bbx:B, 1598-1603, 3d5a:A, 1425-1430, 3d5a:A, 333-338, 3d5c:A, 1425-1430, 3d5c:A, 333-338, 3deg:F, 4-9, 3df1:A, 338-343, 3df2:B, 1517-1522, 3df3:A, 338-343, 3df4:B, 1517-1522
UUCG
1byj:A, 11-16, 1d6k:B, 17-22, 1dk1:B, 32-37, 1dk1:B, 8-13, 1f6z:A, 12-17, 1f79:A, 12-17, 1f7i:A, 12-17, 1f7y:B, 32-37, 1f7y:B, 8-13, 1fjg:A, 410-415, 1g70:A, 13-18, 1hnw:A, 410-415, 1hnx:A, 410-415, 1hnz:A, 410-415, 1hr0:A, 410-415, 1i6u:C, 16-21, 1i6u:D, 16-21, 1i94:A, 413-418, 1i95:A, 413-418, 1i96:A, 413-418, 1i97:A, 413-418, 1ibk:A, 410-415, 1ibl:A, 410-415, 1ibm:A, 410-415, 1ikd:A, 7-12, 1j5e:A, 410-415, 1k2g:A, 5-10, 1kp7:A, 14-19, 1kuq:B, 32-37, 1kuq:B, 8-13, 1m5l:A, 17-22, 1m82:A, 10-15, 1n32:A, 410-415, 1nbs:B, 66-71, 1p5m:A, 28-33, 1p6v:B, 14-19, 1p6v:D, 11-16, 1pbr:A, 11-16, 1pns:A, 1022-1027, 1pns:A, 202-207, 1pns:A, 414-419, 1pnx:A, 1022-1027, 1pnx:A, 202-207, 1pnx:A, 414-419, 1s1h:A, 415-420, 1vs5:A, 1445-1450, 1vs5:A, 203-208, 1vs5:A, 415-420, 1vs7:A, 1024-1029, 1vs7:A, 1445-1450, 1vs7:A, 203-208, 1vs7:A, 415-420, 1xsu:A, 12-17, 1ykq:B, 20-25, 1ykq:D, 20-25, 1ykv:B, 20-25, 1ykv:D, 20-25, 1yl4:A, 410-415, 1zho:B, 15-20, 1zho:D, 15-20, 1zho:F, 15-20, 1zho:H, 15-20, 2avy:A, 1445-1450, 2avy:A, 203-208, 2avy:A, 415-420, 2aw7:A, 1024-1029, 2aw7:A, 1445-1450, 2aw7:A, 203-208, 2aw7:A, 415-420, 2cd3:A, 12-17, 2czj:D, 25-30, 2czj:H, 25-30, 2e5l:A, 411-416, 2euy:A, 15-20, 2gio:A, 13-18, 2gip:A, 12-17, 2gy9:A, 1406-1411, 2gy9:A, 397-402, 2gyb:A, 1406-1411, 2gyb:A, 397-402, 2hgi:A, 410-415, 2hgp:A, 410-415, 2hgr:A, 410-415, 2hhh:A, 410-415, 2hw8:B, 14-19, 2i2p:A, 1024-1029, 2i2p:A, 1445-1450, 2i2p:A, 415-420, 2i2u:A, 1024-1029, 2i2u:A, 1445-1450, 2i2u:A, 415-420, 2i2v:B, 137-142, 2j00:A, 410-415, 2j02:A, 410-415, 2jl5:A, 410-415, 2jl7:A, 410-415, 2p89:A, 15-20, 2qal:A, 1024-1029, 2qal:A, 1445-1450, 2qal:A, 203-208, 2qal:A, 415-420, 2qan:A, 1024-1029, 2qan:A, 1445-1450, 2qan:A, 203-208, 2qan:A, 415-420, 2qb9:A, 1445-1450, 2qb9:A, 203-208, 2qb9:A, 415-420, 2qbb:A, 1445-1450, 2qbb:A, 203-208, 2qbb:A, 415-420, 2qbd:A, 1445-1450, 2qbd:A, 203-208, 2qbd:A, 415-420, 2qbf:A, 1445-1450, 2qbf:A, 203-208, 2qbf:A, 415-420, 2qbh:A, 1445-1450, 2qbh:A, 415-420, 2qbj:A, 1445-1450, 2qbj:A, 415-420, 2qnh:y, 410-415, 2qou:A, 1445-1450, 2qou:A, 203-208, 2qou:A, 415-420, 2qow:A, 1445-1450, 2qow:A, 203-208, 2qow:A, 415-420, 2qoy:A, 1445-1450, 2qoy:A, 203-208, 2qoy:A, 415-420, 2qp0:A, 1445-1450, 2qp0:A, 203-208, 2qp0:A, 415-420, 2uu9:A, 410-415, 2uua:A, 410-415, 2uub:A, 410-415, 2uuc:A, 410-415, 2uxb:A, 410-415, 2uxd:A, 394-399, 2vhp:A, 1024-1029, 2vhp:A, 415-420, 2vqe:A, 410-415, 2vqf:A, 410-415, 2z4k:A, 1445-1450, 2z4k:A, 203-208, 2z4k:A, 415-420, 2z4m:A, 1445-1450, 2z4m:A, 203-208, 2z4m:A, 415-420, 3bbn:A, 972-977, 3bwp:A, 318-323, 3d5a:A, 410-415, 3d5c:A, 410-415, 3df1:A, 1445-1450, 3df1:A, 203-208, 3df1:A, 415-420, 3df3:A, 1445-1450, 3df3:A, 203-208, 3df3:A, 415-420, 3eog:A, 336-341, 3eoh:A, 335-340