Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 3-3 Internal Loops (05.0-cluster)

Cluster #structures
385 168
384 168
3443 136
3442 136
3431 134
3430 134
1715 126
1714 126
1652 122
1651 122
1671 120
1670 120
920 120
919 120
420 119
419 119
2897 77
2896 77
3797 52
3796 52
3075 49
3074 49
2925 48
2924 48
2913 48
2912 48
2803 46
2802 46
3161 44
3160 44
2663 32
2662 32
575 31
574 31
4311 26
4308 26
Small clusters (size < 25)
2863 (24) 2862 (24) 4159 (24) 4156 (24) 2965 (23) 2964 (23) 3739 (21) 3738 (21) 1257 (20) 1256 (20) 2703 (18) 2702 (18) 2589 (18) 2588 (18) 3478 (16) 3477 (16) 2939 (16) 2938 (16) 2598 (15) 2597 (15) 2725 (14) 2724 (14) 2843 (12) 2842 (12) 571 (12) 570 (12) 568 (12) 567 (12) 4251 (12) 4248 (12) 1055 (10) 1054 (10) 1024 (10) 1001 (10) 1000 (10) 973 (10) 970 (10) 2471 (10) 2470 (10) 215 (10) 214 (10) 1027 (10) 2425 (9) 2424 (9) 596 (8) 3261 (8) 3260 (8) 599 (8) 2565 (8) 2299 (8) 2298 (8) 2191 (8) 2190 (8) 2147 (8) 653 (7) 652 (7) 2041 (6) 2040 (6) 1953 (6) 1950 (6) 3737 (6) 3736 (6) 2212 (6) 2187 (6) 2186 (6) 565 (6) 564 (6) 2049 (6) 4331 (6) 4330 (6) 2231 (6) 2230 (6) 2211 (6) 2065 (6) 2064 (6) 2048 (6) 2055 (6) 2054 (6) 3813 (5) 3812 (5) 1037 (5) 1036 (5) 1029 (5) 1028 (5) 1013 (5) 1012 (5) 219 (5) 218 (5) 2036 (4) 2035 (4) 2673 (4) 3745 (4) 3744 (4) 3727 (4) 3726 (4) 3498 (4) 3497 (4) 3083 (4) 3082 (4) 933 (4) 932 (4) 2672 (4) 2595 (4) 2594 (4) 2543 (4) 2542 (4) 4429 (4) 4428 (4) 4359 (4) 4358 (4) 4345 (4) 4344 (4) 2237 (4) 2207 (4) 2206 (4) 2204 (4) 2155 (4) 2154 (4) 2123 (4) 2122 (4) 1840 (3) 1839 (3) 2267 (3) 2266 (3) 4485 (3) 4484 (3) 2259 (3) 2258 (3) 2247 (3) 2246 (3) 165 (3) 164 (3) 105 (3) 104 (3) 2059 (3) 2058 (3) 2719 (2) 2718 (2) 1899 (2) 1898 (2) 1885 (2) 1884 (2) 1873 (2) 1872 (2) 1865 (2) 1864 (2) 1857 (2) 1856 (2) 1855 (2) 1854 (2) 1851 (2) 1850 (2) 1847 (2) 1846 (2) 3697 (2) 3696 (2) 1641 (2) 1640 (2) 1593 (2) 1592 (2) 1589 (2) 1588 (2) 1583 (2) 1582 (2) 1553 (2) 1552 (2) 1545 (2) 1544 (2) 1541 (2) 1540 (2) 1535 (2) 1534 (2) 1531 (2) 1530 (2) 1525 (2) 1524 (2) 1519 (2) 1518 (2) 3565 (2) 3564 (2) 1511 (2) 1510 (2) 1509 (2) 1508 (2) 1505 (2) 1504 (2) 3547 (2) 3546 (2) 1497 (2) 1496 (2) 1493 (2) 1492 (2) 1491 (2) 1490 (2) 1483 (2) 1482 (2) 1477 (2) 1476 (2) 1469 (2) 1468 (2) 3217 (2) 3216 (2) 3213 (2) 3212 (2) 1043 (2) 1042 (2) 949 (2) 948 (2) 3571 (2) 941 (2) 940 (2) 935 (2) 934 (2) 3563 (2) 3562 (2) 873 (2) 872 (2) 3557 (2) 3556 (2) 753 (2) 752 (2) 2779 (2) 2778 (2) 2775 (2) 2774 (2) 3570 (2) 695 (2) 694 (2) 669 (2) 668 (2) 2695 (2) 2694 (2) 2657 (2) 2656 (2) 2653 (2) 2652 (2) 2645 (2) 2644 (2) 2627 (2) 2626 (2) 475 (2) 474 (2) 461 (2) 460 (2) 441 (2) 440 (2) 2309 (2) 2308 (2) 4321 (2) 4320 (2) 2271 (2) 2270 (2) 2251 (2) 2250 (2) 4293 (2) 4292 (2) 2241 (2) 2240 (2) 2227 (2) 2226 (2) 169 (2) 168 (2) 2073 (2) 2072 (2) 137 (2) 136 (2) 2181 (2) 2180 (2) 2177 (2) 2176 (2) 2165 (2) 2164 (2) 101 (2) 100 (2) 2089 (2) 2088 (2) 2081 (2) 2080 (2) 25 (2) 24 (2) 2071 (2) 2070 (2) 21 (2) 20 (2) 17 (2) 16 (2) 13 (2) 12 (2) 9 (2) 8 (2) 3 (2) 2 (2) 1843 (1) 1842 (1) 3787 (1) 3786 (1) 3775 (1) 3774 (1) 3535 (1) 1581 (1) 1580 (1) 1579 (1) 1578 (1) 1577 (1) 1576 (1) 1575 (1) 1574 (1) 1537 (1) 1536 (1) 1523 (1) 1522 (1) 1521 (1) 1520 (1) 1515 (1) 1514 (1) 1501 (1) 1500 (1) 3537 (1) 3536 (1) 1487 (1) 1486 (1) 1485 (1) 1484 (1) 1479 (1) 1478 (1) 3419 (1) 3418 (1) 3573 (1) 3572 (1) 3534 (1) 671 (1) 670 (1) 665 (1) 664 (1) 641 (1) 640 (1) 2153 (1) 2152 (1) 2641 (1) 2640 (1) 2605 (1) 2604 (1) 483 (1) 482 (1) 4465 (1) 4464 (1) 4463 (1) 4462 (1) 2261 (1) 2260 (1) 2215 (1) 2214 (1) 139 (1) 138 (1) 125 (1) 124 (1) 2169 (1) 2168 (1) 2167 (1) 2166 (1) 2143 (1) 2142 (1) 27 (1) 26 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2