Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 1-1 Internal Loops (05.1-cluster)

Cluster #structures
3527 160
3524 160
3117 117
3521 97
3520 97
2739 78
3180 72
3181 72
3114 71
2147 71
2146 71
1707 52
1706 52
495 43
494 43
488 36
487 36
2547 30
2546 30
3683 29
3682 29
3307 26
3306 26
3224 26
3223 26
Small clusters (size < 25)
3523 (24) 3522 (24) 587 (24) 584 (24) 2075 (24) 2074 (24) 347 (22) 344 (22) 1181 (20) 335 (18) 334 (18) 2238 (18) 2237 (18) 1065 (16) 1064 (16) 11 (16) 10 (16) 2545 (14) 2544 (14) 1857 (12) 1854 (12) 1393 (12) 1392 (12) 549 (12) 548 (12) 596 (11) 595 (11) 3313 (10) 3312 (10) 3227 (10) 3226 (10) 1154 (10) 1153 (10) 1133 (10) 1130 (10) 1105 (10) 1104 (10) 1095 (10) 1081 (10) 1078 (10) 973 (10) 970 (10) 951 (10) 948 (10) 945 (10) 944 (10) 600 (10) 599 (10) 1089 (10) 1088 (10) 309 (10) 308 (10) 296 (10) 295 (10) 1092 (10) 63 (10) 62 (10) 1909 (8) 1908 (8) 1891 (8) 1890 (8) 1639 (8) 1638 (8) 2972 (8) 2971 (8) 3211 (8) 3210 (8) 2967 (8) 2966 (8) 2768 (8) 715 (8) 714 (8) 703 (8) 702 (8) 2067 (8) 2066 (8) 1478 (7) 1479 (7) 1877 (6) 1876 (6) 1861 (6) 1858 (6) 1838 (6) 1837 (6) 1833 (6) 1832 (6) 1796 (6) 1791 (6) 1789 (6) 1788 (6) 1756 (6) 1755 (6) 1722 (6) 1357 (6) 1356 (6) 3365 (6) 3364 (6) 3013 (6) 3012 (6) 933 (6) 2507 (6) 2506 (6) 483 (6) 482 (6) 2321 (6) 2320 (6) 2085 (6) 2084 (6) 1607 (5) 1606 (5) 1157 (5) 1156 (5) 1111 (5) 1110 (5) 1073 (5) 1067 (5) 939 (5) 938 (5) 1163 (5) 1162 (5) 1072 (5) 2307 (5) 2306 (5) 1066 (5) 59 (5) 58 (5) 2864 (4) 2007 (4) 2006 (4) 3047 (4) 1887 (4) 1886 (4) 1880 (4) 1841 (4) 1840 (4) 1767 (4) 3121 (4) 3715 (4) 3714 (4) 3657 (4) 3605 (4) 3604 (4) 3585 (4) 3584 (4) 3658 (4) 3493 (4) 3492 (4) 2964 (4) 1399 (4) 1143 (4) 1142 (4) 3189 (4) 3188 (4) 3137 (4) 3136 (4) 3120 (4) 3109 (4) 3108 (4) 3107 (4) 3106 (4) 3102 (4) 3083 (4) 3080 (4) 3078 (4) 3077 (4) 3029 (4) 3028 (4) 3023 (4) 3022 (4) 3007 (4) 3006 (4) 2965 (4) 2955 (4) 2954 (4) 2865 (4) 816 (4) 815 (4) 2818 (4) 751 (4) 2769 (4) 607 (4) 606 (4) 2567 (4) 2566 (4) 1445 (4) 2494 (4) 2469 (4) 2462 (4) 1444 (4) 2271 (4) 2270 (4) 2267 (4) 2266 (4) 2077 (4) 2076 (4) 1885 (3) 1884 (3) 1863 (3) 1862 (3) 1721 (3) 1720 (3) 3059 (3) 3058 (3) 2937 (3) 2936 (3) 2023 (2) 2022 (2) 2019 (2) 2018 (2) 2013 (2) 2012 (2) 1977 (2) 1976 (2) 1971 (2) 1970 (2) 2392 (2) 1961 (2) 1960 (2) 1955 (2) 1954 (2) 1933 (2) 1932 (2) 1929 (2) 1928 (2) 1925 (2) 1924 (2) 3711 (2) 3710 (2) 1317 (2) 1316 (2) 1745 (2) 1744 (2) 1699 (2) 1698 (2) 1695 (2) 1694 (2) 3695 (2) 3694 (2) 1679 (2) 1678 (2) 1673 (2) 1672 (2) 1663 (2) 1662 (2) 1653 (2) 1652 (2) 1647 (2) 1646 (2) 1619 (2) 1618 (2) 1615 (2) 1614 (2) 1611 (2) 1610 (2) 1597 (2) 1596 (2) 1595 (2) 1594 (2) 1583 (2) 1582 (2) 1573 (2) 1572 (2) 1567 (2) 1566 (2) 1555 (2) 1554 (2) 3565 (2) 3564 (2) 3563 (2) 3562 (2) 1489 (2) 1488 (2) 3491 (2) 3490 (2) 1439 (2) 1438 (2) 1419 (2) 1418 (2) 917 (2) 1406 (2) 1385 (2) 1384 (2) 1381 (2) 1380 (2) 1377 (2) 1376 (2) 1361 (2) 1360 (2) 3395 (2) 3394 (2) 1337 (2) 1336 (2) 1333 (2) 1332 (2) 1327 (2) 1326 (2) 1323 (2) 1322 (2) 1319 (2) 1318 (2) 1313 (2) 1312 (2) 1309 (2) 1308 (2) 1305 (2) 1304 (2) 1301 (2) 1300 (2) 3345 (2) 3344 (2) 3341 (2) 3340 (2) 3337 (2) 3336 (2) 3333 (2) 3332 (2) 3327 (2) 3326 (2) 3299 (2) 3298 (2) 2597 (2) 2596 (2) 1571 (2) 2163 (2) 1570 (2) 2340 (2) 3195 (2) 3194 (2) 3161 (2) 3160 (2) 3155 (2) 3154 (2) 3147 (2) 3146 (2) 3145 (2) 3144 (2) 3125 (2) 3124 (2) 3099 (2) 3098 (2) 3089 (2) 3088 (2) 3075 (2) 3074 (2) 3069 (2) 3068 (2) 999 (2) 998 (2) 3045 (2) 3044 (2) 3009 (2) 3008 (2) 3003 (2) 3002 (2) 925 (2) 924 (2) 923 (2) 922 (2) 916 (2) 2913 (2) 2912 (2) 2909 (2) 2908 (2) 2905 (2) 2904 (2) 2901 (2) 2900 (2) 837 (2) 836 (2) 2881 (2) 2880 (2) 807 (2) 806 (2) 795 (2) 794 (2) 787 (2) 786 (2) 781 (2) 780 (2) 773 (2) 772 (2) 769 (2) 768 (2) 763 (2) 762 (2) 757 (2) 756 (2) 755 (2) 754 (2) 2753 (2) 2752 (2) 2748 (2) 2341 (2) 2719 (2) 2718 (2) 2749 (2) 2593 (2) 2592 (2) 2589 (2) 2588 (2) 507 (2) 506 (2) 501 (2) 500 (2) 2543 (2) 2542 (2) 493 (2) 492 (2) 2521 (2) 2520 (2) 2517 (2) 2516 (2) 2473 (2) 2472 (2) 2459 (2) 2458 (2) 2455 (2) 2454 (2) 2445 (2) 2444 (2) 2435 (2) 2434 (2) 2111 (2) 2425 (2) 2424 (2) 2110 (2) 2417 (2) 2416 (2) 2107 (2) 2401 (2) 2400 (2) 2106 (2) 2393 (2) 2389 (2) 2388 (2) 339 (2) 338 (2) 2385 (2) 2384 (2) 2371 (2) 2370 (2) 2369 (2) 2368 (2) 2365 (2) 2364 (2) 1407 (2) 2287 (2) 2286 (2) 205 (2) 204 (2) 187 (2) 186 (2) 181 (2) 180 (2) 155 (2) 154 (2) 2162 (2) 2159 (2) 2158 (2) 89 (2) 88 (2) 2131 (2) 2130 (2) 2105 (2) 2104 (2) 2101 (2) 2100 (2) 2095 (2) 2094 (2) 41 (2) 40 (2) 2081 (2) 2080 (2) 17 (2) 16 (2) 7 (2) 6 (2) 3 (2) 2 (2) 2047 (1) 2046 (1) 1635 (1) 1989 (1) 1988 (1) 1939 (1) 1938 (1) 2703 (1) 3367 (1) 3366 (1) 1709 (1) 1708 (1) 1617 (1) 1616 (1) 1634 (1) 3635 (1) 3634 (1) 1585 (1) 1584 (1) 3619 (1) 3618 (1) 1545 (1) 1544 (1) 1471 (1) 1470 (1) 1403 (1) 1402 (1) 1395 (1) 1394 (1) 1373 (1) 1372 (1) 1359 (1) 1358 (1) 1587 (1) 1586 (1) 3329 (1) 3328 (1) 3323 (1) 3322 (1) 3319 (1) 3318 (1) 1472 (1) 1557 (1) 1556 (1) 3163 (1) 3162 (1) 3141 (1) 3140 (1) 3041 (1) 3040 (1) 2977 (1) 2976 (1) 2871 (1) 2870 (1) 803 (1) 802 (1) 801 (1) 800 (1) 783 (1) 782 (1) 2797 (1) 2796 (1) 2765 (1) 2764 (1) 2745 (1) 2744 (1) 1475 (1) 2702 (1) 1474 (1) 1473 (1) 2687 (1) 2686 (1) 2585 (1) 2584 (1) 2563 (1) 2562 (1) 511 (1) 510 (1) 2539 (1) 2538 (1) 475 (1) 474 (1) 2513 (1) 2512 (1) 459 (1) 458 (1) 2503 (1) 2502 (1) 435 (1) 434 (1) 2457 (1) 2456 (1) 2451 (1) 2450 (1) 2413 (1) 2412 (1) 293 (1) 292 (1) 197 (1) 196 (1) 183 (1) 182 (1) 2209 (1) 2208 (1) 149 (1) 148 (1) 2193 (1) 2192 (1) 125 (1) 124 (1) 2127 (1) 2126 (1) 2097 (1) 2096 (1) 43 (1) 42 (1) 19 (1) 18 (1) 9 (1) 8 (1) 2049 (1) 2048 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2