Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 1-1 Internal Loops (05.0-cluster)

Cluster #structures
1540 267
1607 163
3527 160
3524 160
3528 112
3117 102
2010 88
2737 78
3180 76
3181 72
3680 55
3521 53
1707 52
1704 52
3114 51
754 50
1065 38
2916 32
2547 30
2546 30
3307 26
3304 26
3224 26
3223 26
Small clusters (size < 25)
347 (22) 344 (22) 495 (21) 1181 (20) 335 (18) 332 (18) 2238 (18) 2237 (18) 2407 (17) 1690 (16) 2066 (15) 2065 (15) 3507 (14) 3504 (14) 740 (14) 2545 (14) 1412 (13) 3278 (13) 1857 (12) 1854 (12) 3643 (12) 1393 (12) 1392 (12) 548 (12) 3131 (12) 549 (12) 399 (12) 398 (12) 1154 (10) 1133 (10) 1130 (10) 1105 (10) 1104 (10) 1095 (10) 1081 (10) 1078 (10) 1013 (10) 973 (10) 970 (10) 949 (10) 948 (10) 945 (10) 944 (10) 1153 (10) 600 (10) 599 (10) 2610 (10) 483 (10) 2469 (10) 1092 (10) 1089 (10) 1088 (10) 296 (10) 295 (10) 63 (10) 62 (10) 3531 (9) 2507 (9) 2032 (8) 1909 (8) 1908 (8) 1891 (8) 1890 (8) 1788 (8) 1787 (8) 2972 (8) 2971 (8) 3210 (8) 2967 (8) 2966 (8) 3211 (8) 2768 (8) 718 (8) 715 (8) 2506 (8) 2468 (8) 2405 (8) 1877 (6) 1876 (6) 1861 (6) 1860 (6) 1837 (6) 1836 (6) 1833 (6) 1832 (6) 1797 (6) 1796 (6) 1756 (6) 1755 (6) 1724 (6) 1357 (6) 1356 (6) 3365 (6) 3364 (6) 3078 (6) 3077 (6) 3012 (6) 2321 (6) 2320 (6) 2084 (6) 2085 (6) 1163 (5) 1157 (5) 1156 (5) 3201 (5) 1111 (5) 1110 (5) 1073 (5) 3020 (5) 1162 (5) 1072 (5) 2307 (5) 2306 (5) 59 (5) 58 (5) 3047 (4) 3046 (4) 1887 (4) 1886 (4) 1880 (4) 1841 (4) 1840 (4) 1767 (4) 3121 (4) 1675 (4) 1657 (4) 1654 (4) 3585 (4) 3493 (4) 3492 (4) 919 (4) 1399 (4) 1143 (4) 1142 (4) 3189 (4) 3137 (4) 3136 (4) 3120 (4) 3107 (4) 3106 (4) 3080 (4) 3023 (4) 3022 (4) 3007 (4) 3006 (4) 2953 (4) 817 (4) 814 (4) 810 (4) 2818 (4) 2812 (4) 2769 (4) 2758 (4) 607 (4) 606 (4) 2567 (4) 2566 (4) 2271 (4) 2270 (4) 2267 (4) 2266 (4) 170 (4) 149 (4) 53 (4) 2077 (4) 2076 (4) 1934 (3) 1863 (3) 1862 (3) 1721 (3) 1720 (3) 1376 (3) 2936 (3) 2935 (3) 2460 (3) 2459 (3) 2023 (2) 2022 (2) 2019 (2) 2018 (2) 2013 (2) 2012 (2) 2004 (2) 1992 (2) 1977 (2) 1971 (2) 1970 (2) 2392 (2) 1961 (2) 1960 (2) 1955 (2) 1954 (2) 1939 (2) 1933 (2) 1932 (2) 1929 (2) 1928 (2) 1925 (2) 1924 (2) 1317 (2) 1316 (2) 1745 (2) 1744 (2) 1695 (2) 1694 (2) 3695 (2) 3694 (2) 1679 (2) 1678 (2) 3711 (2) 3710 (2) 1419 (2) 1647 (2) 1646 (2) 1615 (2) 1614 (2) 1611 (2) 1610 (2) 1597 (2) 1596 (2) 1594 (2) 1583 (2) 1582 (2) 1573 (2) 1572 (2) 1567 (2) 1566 (2) 1555 (2) 1554 (2) 3565 (2) 3564 (2) 3563 (2) 3562 (2) 1489 (2) 1488 (2) 3491 (2) 3490 (2) 1439 (2) 1438 (2) 1418 (2) 1407 (2) 1406 (2) 1381 (2) 1380 (2) 1595 (2) 1361 (2) 1360 (2) 1337 (2) 1336 (2) 1333 (2) 1332 (2) 1327 (2) 1326 (2) 1323 (2) 1322 (2) 1319 (2) 1318 (2) 1313 (2) 1312 (2) 1309 (2) 1308 (2) 1305 (2) 1304 (2) 1301 (2) 1300 (2) 3341 (2) 3340 (2) 3333 (2) 3332 (2) 3327 (2) 3326 (2) 3303 (2) 3302 (2) 3299 (2) 3298 (2) 2597 (2) 1571 (2) 1570 (2) 2340 (2) 3195 (2) 3194 (2) 3161 (2) 3160 (2) 3155 (2) 3154 (2) 3147 (2) 3146 (2) 3145 (2) 3144 (2) 3099 (2) 3098 (2) 3089 (2) 3088 (2) 3075 (2) 3074 (2) 3069 (2) 3068 (2) 999 (2) 998 (2) 3044 (2) 3003 (2) 3002 (2) 925 (2) 924 (2) 923 (2) 922 (2) 917 (2) 916 (2) 2913 (2) 2912 (2) 2905 (2) 2904 (2) 2901 (2) 2900 (2) 837 (2) 836 (2) 2880 (2) 807 (2) 806 (2) 795 (2) 794 (2) 781 (2) 780 (2) 773 (2) 772 (2) 769 (2) 768 (2) 763 (2) 762 (2) 757 (2) 756 (2) 755 (2) 2753 (2) 2752 (2) 2749 (2) 2748 (2) 2341 (2) 2719 (2) 2718 (2) 2596 (2) 2593 (2) 2592 (2) 2589 (2) 2588 (2) 507 (2) 506 (2) 501 (2) 500 (2) 2543 (2) 2542 (2) 493 (2) 492 (2) 475 (2) 2521 (2) 2520 (2) 2517 (2) 2516 (2) 2473 (2) 2472 (2) 2455 (2) 2454 (2) 2445 (2) 2444 (2) 2111 (2) 2425 (2) 2424 (2) 2110 (2) 2417 (2) 2416 (2) 2404 (2) 2107 (2) 2401 (2) 2400 (2) 2106 (2) 2393 (2) 2389 (2) 2388 (2) 339 (2) 338 (2) 2385 (2) 2384 (2) 2371 (2) 2370 (2) 2369 (2) 2368 (2) 2101 (2) 2365 (2) 2364 (2) 2287 (2) 2286 (2) 212 (2) 205 (2) 204 (2) 187 (2) 186 (2) 181 (2) 180 (2) 155 (2) 154 (2) 2163 (2) 2162 (2) 2159 (2) 2158 (2) 2151 (2) 2150 (2) 89 (2) 88 (2) 2131 (2) 2130 (2) 2105 (2) 2104 (2) 2100 (2) 2095 (2) 2094 (2) 36 (2) 2081 (2) 2080 (2) 7 (2) 6 (2) 3 (2) 2 (2) 2047 (1) 2046 (1) 1989 (1) 1988 (1) 1976 (1) 2703 (1) 3367 (1) 3366 (1) 1709 (1) 1635 (1) 1634 (1) 1617 (1) 1616 (1) 1606 (1) 3635 (1) 3634 (1) 1585 (1) 1584 (1) 3619 (1) 3618 (1) 1545 (1) 1544 (1) 2097 (1) 1475 (1) 1474 (1) 1472 (1) 1471 (1) 1470 (1) 1464 (1) 1403 (1) 1402 (1) 1382 (1) 1587 (1) 1586 (1) 3329 (1) 3328 (1) 3163 (1) 3162 (1) 3141 (1) 3140 (1) 3138 (1) 3041 (1) 3040 (1) 803 (1) 802 (1) 801 (1) 800 (1) 783 (1) 782 (1) 2797 (1) 2796 (1) 2765 (1) 2764 (1) 459 (1) 2744 (1) 2702 (1) 1473 (1) 2687 (1) 2686 (1) 2585 (1) 2584 (1) 2563 (1) 2562 (1) 2503 (1) 2502 (1) 435 (1) 434 (1) 2451 (1) 2450 (1) 2413 (1) 2412 (1) 293 (1) 292 (1) 197 (1) 196 (1) 183 (1) 182 (1) 2209 (1) 2208 (1) 2193 (1) 2192 (1) 125 (1) 124 (1) 2127 (1) 2126 (1) 2056 (1) 2096 (1) 19 (1) 18 (1) 9 (1) 8 (1) 2049 (1) 2048 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2