Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
Browse Database
Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 6 Segments (05.1-cluster)

Cluster #structures
682 82
2300 68
86 66
2049 63
1237 62
354 62
298 61
1245 60
1232 60
1220 60
908 60
359 60
326 60
2321 60
1243 59
97 55
2011 52
2301 45
36 44
335 43
2478 41
1224 35
2261 35
2030 30
201 30
2053 30
2008 25
1983 25
Small clusters (size < 25)
2007 (24) 1980 (24) 1963 (24) 1965 (23) 1962 (22) 2776 (22) 2624 (22) 730 (22) 2142 (22) 2087 (22) 2963 (21) 402 (21) 2073 (19) 2046 (17) 277 (17) 283 (15) 206 (14) 1878 (13) 551 (13) 1877 (12) 471 (12) 612 (11) 2573 (11) 489 (11) 2267 (11) 1562 (10) 500 (10) 2577 (10) 637 (9) 1799 (8) 1784 (8) 1782 (8) 1781 (8) 1720 (8) 550 (8) 546 (8) 472 (8) 476 (7) 458 (7) 1804 (6) 1790 (6) 514 (6) 511 (6) 475 (6) 2313 (6) 240 (6) 1650 (5) 1352 (5) 2984 (5) 887 (5) 881 (5) 879 (5) 878 (5) 873 (5) 871 (5) 870 (5) 862 (5) 860 (5) 858 (5) 854 (5) 853 (5) 845 (5) 838 (5) 830 (5) 829 (5) 780 (5) 779 (5) 2823 (5) 576 (5) 2567 (5) 234 (5) 233 (5) 231 (5) 230 (5) 228 (5) 226 (5) 225 (5) 222 (5) 1864 (4) 1811 (4) 1727 (4) 1717 (4) 1625 (4) 2576 (4) 1574 (4) 1572 (4) 1571 (4) 1570 (4) 1569 (4) 1568 (4) 1473 (4) 1428 (4) 1371 (4) 1338 (4) 1211 (4) 1059 (4) 819 (4) 721 (4) 2708 (4) 565 (4) 535 (4) 531 (4) 528 (4) 527 (4) 2571 (4) 518 (4) 2545 (4) 2501 (4) 2394 (4) 282 (4) 236 (4) 2252 (4) 2223 (4) 54 (4) 2090 (4) 1770 (3) 1757 (3) 1612 (3) 1610 (3) 1606 (3) 1605 (3) 1595 (3) 1583 (3) 1575 (3) 1565 (3) 1478 (3) 1475 (3) 1474 (3) 1472 (3) 1470 (3) 1469 (3) 1465 (3) 1464 (3) 1458 (3) 1445 (3) 1442 (3) 1438 (3) 1434 (3) 1433 (3) 1420 (3) 1358 (3) 1155 (3) 2971 (3) 872 (3) 844 (3) 841 (3) 2616 (3) 564 (3) 2606 (3) 2470 (3) 2433 (3) 365 (3) 2027 (2) 2002 (2) 2001 (2) 1857 (2) 1824 (2) 1788 (2) 1774 (2) 1755 (2) 1751 (2) 1738 (2) 1706 (2) 1661 (2) 1656 (2) 1654 (2) 1646 (2) 1630 (2) 1626 (2) 1624 (2) 1604 (2) 1578 (2) 1567 (2) 1564 (2) 1559 (2) 1553 (2) 1552 (2) 1549 (2) 1547 (2) 1543 (2) 2915 (2) 1526 (2) 1495 (2) 1377 (2) 1316 (2) 1208 (2) 1157 (2) 1147 (2) 1115 (2) 2910 (2) 1056 (2) 2901 (2) 2892 (2) 2958 (2) 2900 (2) 2896 (2) 2894 (2) 2880 (2) 811 (2) 774 (2) 627 (2) 593 (2) 578 (2) 539 (2) 2459 (2) 408 (2) 2448 (2) 2446 (2) 2445 (2) 2429 (2) 2423 (2) 2418 (2) 2412 (2) 2390 (2) 2384 (2) 2382 (2) 2381 (2) 2373 (2) 2371 (2) 2247 (2) 2052 (2) 2415 (2) 2125 (2) 53 (2) 27 (2) 2051 (2) 1959 (1) 1946 (1) 1945 (1) 1944 (1) 1943 (1) 1942 (1) 1941 (1) 1940 (1) 1939 (1) 1938 (1) 1937 (1) 1936 (1) 1935 (1) 1934 (1) 1933 (1) 1932 (1) 1904 (1) 1903 (1) 1901 (1) 1900 (1) 1896 (1) 1890 (1) 1887 (1) 1886 (1) 1885 (1) 1884 (1) 1883 (1) 1882 (1) 2361 (1) 1876 (1) 1871 (1) 1870 (1) 1869 (1) 1868 (1) 1866 (1) 1863 (1) 1856 (1) 1854 (1) 1853 (1) 1852 (1) 1849 (1) 1848 (1) 1846 (1) 1843 (1) 1842 (1) 1841 (1) 1840 (1) 1837 (1) 1836 (1) 1834 (1) 1832 (1) 1827 (1) 1826 (1) 1825 (1) 1822 (1) 1821 (1) 1820 (1) 1819 (1) 1817 (1) 1813 (1) 1808 (1) 1807 (1) 1740 (1) 1693 (1) 1692 (1) 1667 (1) 1634 (1) 1631 (1) 1628 (1) 1627 (1) 1613 (1) 1611 (1) 1608 (1) 1607 (1) 1603 (1) 1601 (1) 1588 (1) 1585 (1) 1579 (1) 1577 (1) 1558 (1) 1557 (1) 1556 (1) 1555 (1) 1554 (1) 1550 (1) 1546 (1) 1544 (1) 1542 (1) 1540 (1) 1539 (1) 1538 (1) 1537 (1) 1533 (1) 1529 (1) 1528 (1) 1527 (1) 1524 (1) 1523 (1) 1522 (1) 1519 (1) 1518 (1) 1517 (1) 1513 (1) 1512 (1) 1497 (1) 1496 (1) 1492 (1) 1489 (1) 1488 (1) 1487 (1) 1482 (1) 1468 (1) 1446 (1) 2278 (1) 1364 (1) 1362 (1) 1356 (1) 1353 (1) 1345 (1) 1344 (1) 1343 (1) 1342 (1) 1340 (1) 1330 (1) 1327 (1) 1325 (1) 1323 (1) 1322 (1) 1321 (1) 2599 (1) 2598 (1) 2594 (1) 1209 (1) 1206 (1) 1205 (1) 1200 (1) 1199 (1) 1197 (1) 1195 (1) 1194 (1) 1193 (1) 2587 (1) 1183 (1) 2583 (1) 1158 (1) 1154 (1) 1153 (1) 1152 (1) 1150 (1) 1149 (1) 1146 (1) 1145 (1) 1144 (1) 1141 (1) 1140 (1) 1139 (1) 1138 (1) 1137 (1) 1136 (1) 1135 (1) 1121 (1) 1120 (1) 1119 (1) 1118 (1) 1117 (1) 1116 (1) 1114 (1) 1113 (1) 1112 (1) 1111 (1) 1110 (1) 1109 (1) 1108 (1) 1107 (1) 1106 (1) 1105 (1) 1104 (1) 1103 (1) 1102 (1) 1100 (1) 1099 (1) 1098 (1) 1097 (1) 1096 (1) 1095 (1) 1094 (1) 1084 (1) 1083 (1) 1078 (1) 1065 (1) 1879 (1) 2989 (1) 2988 (1) 2987 (1) 2986 (1) 2982 (1) 2981 (1) 2977 (1) 2974 (1) 2973 (1) 2961 (1) 2937 (1) 2195 (1) 2194 (1) 867 (1) 840 (1) 798 (1) 797 (1) 786 (1) 778 (1) 777 (1) 776 (1) 772 (1) 765 (1) 764 (1) 739 (1) 737 (1) 728 (1) 726 (1) 725 (1) 2183 (1) 694 (1) 2725 (1) 2723 (1) 2694 (1) 2693 (1) 2689 (1) 623 (1) 603 (1) 600 (1) 597 (1) 595 (1) 591 (1) 590 (1) 589 (1) 588 (1) 586 (1) 585 (1) 584 (1) 583 (1) 582 (1) 581 (1) 2619 (1) 2618 (1) 567 (1) 2610 (1) 434 (1) 2604 (1) 2603 (1) 2602 (1) 2601 (1) 2600 (1) 2597 (1) 2596 (1) 2595 (1) 2593 (1) 2592 (1) 2591 (1) 2590 (1) 2589 (1) 2588 (1) 2586 (1) 2585 (1) 2584 (1) 2582 (1) 430 (1) 2568 (1) 2548 (1) 445 (1) 444 (1) 443 (1) 441 (1) 439 (1) 2484 (1) 435 (1) 2482 (1) 429 (1) 428 (1) 427 (1) 426 (1) 424 (1) 2469 (1) 420 (1) 2537 (1) 417 (1) 416 (1) 415 (1) 2457 (1) 2455 (1) 2453 (1) 2452 (1) 2451 (1) 2456 (1) 2441 (1) 2440 (1) 2439 (1) 2438 (1) 2437 (1) 2432 (1) 2431 (1) 2427 (1) 2424 (1) 2421 (1) 2417 (1) 367 (1) 2405 (1) 2398 (1) 2388 (1) 2375 (1) 2370 (1) 2101 (1) 2363 (1) 2100 (1) 2360 (1) 2356 (1) 2344 (1) 2343 (1) 2341 (1) 2339 (1) 2338 (1) 2320 (1) 2319 (1) 2277 (1) 2228 (1) 2227 (1) 178 (1) 2201 (1) 147 (1) 146 (1) 145 (1) 144 (1) 143 (1) 142 (1) 141 (1) 140 (1) 139 (1) 138 (1) 2185 (1) 2184 (1) 135 (1) 2182 (1) 2181 (1) 2180 (1) 2179 (1) 2178 (1) 2177 (1) 2176 (1) 2175 (1) 125 (1) 122 (1) 2168 (1) 116 (1) 108 (1) 104 (1) 102 (1) 99 (1) 2115 (1) 58 (1) 57 (1) 52 (1) 51 (1) 50 (1) 49 (1) 48 (1) 47 (1) 46 (1) 45 (1) 44 (1) 33 (1) 28 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 6 (1) 5 (1) 4 (1) 3 (1) 2 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2