Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 6 Segments (05.0-cluster)

Cluster #structures
2859 119
1283 111
1234 88
40 87
908 84
682 82
663 81
361 80
2300 68
1169 66
354 63
1237 62
1245 60
1232 60
2321 60
1243 59
97 55
2077 46
2301 45
2940 42
2348 42
1224 35
201 31
Small clusters (size < 25)
2007 (24) 2087 (23) 1962 (22) 2624 (22) 730 (22) 2142 (22) 1965 (21) 2963 (21) 402 (21) 2073 (19) 2046 (17) 283 (15) 206 (14) 1878 (13) 551 (13) 1877 (12) 471 (12) 635 (11) 2573 (11) 489 (11) 2267 (11) 1562 (10) 500 (10) 2577 (10) 637 (9) 1799 (8) 1784 (8) 1782 (8) 1720 (8) 550 (8) 546 (8) 472 (8) 1650 (7) 476 (7) 458 (7) 1790 (6) 514 (6) 511 (6) 475 (6) 2313 (6) 240 (6) 1971 (5) 1352 (5) 853 (5) 2984 (5) 887 (5) 881 (5) 879 (5) 878 (5) 873 (5) 871 (5) 870 (5) 862 (5) 860 (5) 858 (5) 854 (5) 845 (5) 838 (5) 830 (5) 829 (5) 780 (5) 779 (5) 2823 (5) 576 (5) 2567 (5) 234 (5) 233 (5) 231 (5) 230 (5) 228 (5) 226 (5) 225 (5) 222 (5) 1864 (4) 1811 (4) 1727 (4) 1717 (4) 1625 (4) 2576 (4) 1574 (4) 1572 (4) 1571 (4) 1570 (4) 1569 (4) 1568 (4) 1560 (4) 1473 (4) 1428 (4) 1371 (4) 1338 (4) 1211 (4) 1059 (4) 819 (4) 721 (4) 565 (4) 535 (4) 531 (4) 528 (4) 527 (4) 2571 (4) 518 (4) 2501 (4) 2394 (4) 282 (4) 236 (4) 2252 (4) 54 (4) 2090 (4) 1770 (3) 1757 (3) 1612 (3) 1610 (3) 1606 (3) 1605 (3) 1595 (3) 1583 (3) 1575 (3) 1565 (3) 1541 (3) 1478 (3) 1475 (3) 1474 (3) 1472 (3) 1470 (3) 1469 (3) 1465 (3) 1464 (3) 1458 (3) 1445 (3) 1442 (3) 1438 (3) 1434 (3) 1433 (3) 1420 (3) 1358 (3) 1155 (3) 965 (3) 2971 (3) 872 (3) 844 (3) 841 (3) 2829 (3) 2616 (3) 564 (3) 2606 (3) 2470 (3) 2433 (3) 365 (3) 2027 (2) 2002 (2) 2001 (2) 2450 (2) 1857 (2) 1824 (2) 1788 (2) 1774 (2) 1755 (2) 1751 (2) 1738 (2) 1706 (2) 1661 (2) 1656 (2) 1654 (2) 1646 (2) 1630 (2) 1626 (2) 1624 (2) 1604 (2) 1578 (2) 1567 (2) 1564 (2) 1552 (2) 1549 (2) 1547 (2) 2915 (2) 1526 (2) 1495 (2) 1377 (2) 1316 (2) 1208 (2) 1157 (2) 1147 (2) 1115 (2) 2910 (2) 1067 (2) 1056 (2) 2892 (2) 2958 (2) 2901 (2) 2900 (2) 2896 (2) 2894 (2) 2891 (2) 2880 (2) 811 (2) 774 (2) 627 (2) 593 (2) 578 (2) 539 (2) 435 (2) 408 (2) 2448 (2) 2446 (2) 2445 (2) 2429 (2) 2423 (2) 2418 (2) 2412 (2) 2390 (2) 2384 (2) 2382 (2) 2381 (2) 2373 (2) 2371 (2) 2247 (2) 2052 (2) 2209 (2) 2415 (2) 2125 (2) 53 (2) 27 (2) 2051 (2) 1959 (1) 1946 (1) 1945 (1) 1944 (1) 1943 (1) 1942 (1) 1941 (1) 1940 (1) 1939 (1) 1938 (1) 1937 (1) 1936 (1) 1935 (1) 1934 (1) 1933 (1) 1932 (1) 1904 (1) 1903 (1) 1901 (1) 1900 (1) 1896 (1) 1890 (1) 1887 (1) 1886 (1) 1885 (1) 1884 (1) 1883 (1) 1882 (1) 2361 (1) 1876 (1) 1871 (1) 1870 (1) 1869 (1) 1868 (1) 1866 (1) 1863 (1) 1856 (1) 1854 (1) 1853 (1) 1852 (1) 1851 (1) 1849 (1) 1848 (1) 1847 (1) 1846 (1) 1843 (1) 1842 (1) 1841 (1) 1840 (1) 1837 (1) 1836 (1) 1834 (1) 1832 (1) 1827 (1) 1826 (1) 1825 (1) 1822 (1) 1821 (1) 1820 (1) 1819 (1) 1817 (1) 1813 (1) 1808 (1) 1807 (1) 1740 (1) 1693 (1) 1692 (1) 1667 (1) 1634 (1) 1631 (1) 1628 (1) 1627 (1) 1613 (1) 1611 (1) 1608 (1) 1607 (1) 1603 (1) 1601 (1) 1588 (1) 1585 (1) 1579 (1) 1577 (1) 1558 (1) 1557 (1) 1556 (1) 1555 (1) 1554 (1) 1553 (1) 1550 (1) 1546 (1) 1544 (1) 1542 (1) 1540 (1) 1539 (1) 1538 (1) 1537 (1) 1533 (1) 1527 (1) 1524 (1) 1523 (1) 1522 (1) 1519 (1) 1518 (1) 1517 (1) 1513 (1) 1512 (1) 1497 (1) 1496 (1) 1492 (1) 1489 (1) 1488 (1) 1487 (1) 1482 (1) 1468 (1) 1446 (1) 2278 (1) 1364 (1) 1362 (1) 1356 (1) 1353 (1) 1345 (1) 1344 (1) 1343 (1) 1342 (1) 1340 (1) 1330 (1) 1327 (1) 1325 (1) 1323 (1) 1322 (1) 1321 (1) 2599 (1) 2598 (1) 2594 (1) 1209 (1) 1206 (1) 1205 (1) 1200 (1) 1199 (1) 1197 (1) 1195 (1) 1194 (1) 1193 (1) 2587 (1) 1183 (1) 1158 (1) 1154 (1) 1153 (1) 1152 (1) 1150 (1) 1149 (1) 1146 (1) 1145 (1) 1144 (1) 1141 (1) 1140 (1) 1139 (1) 1138 (1) 1137 (1) 1136 (1) 1135 (1) 1121 (1) 1120 (1) 1119 (1) 1118 (1) 1117 (1) 1116 (1) 1114 (1) 1113 (1) 1112 (1) 1111 (1) 1110 (1) 1109 (1) 1108 (1) 1107 (1) 1106 (1) 1105 (1) 1104 (1) 1103 (1) 1102 (1) 1100 (1) 1099 (1) 1098 (1) 1097 (1) 1096 (1) 1095 (1) 1094 (1) 1084 (1) 1083 (1) 1078 (1) 1065 (1) 1879 (1) 2989 (1) 2988 (1) 2987 (1) 2986 (1) 2982 (1) 2981 (1) 2977 (1) 2974 (1) 2973 (1) 2961 (1) 2937 (1) 2195 (1) 2194 (1) 867 (1) 840 (1) 798 (1) 797 (1) 786 (1) 778 (1) 777 (1) 776 (1) 772 (1) 765 (1) 764 (1) 739 (1) 737 (1) 728 (1) 726 (1) 725 (1) 2183 (1) 694 (1) 2723 (1) 2694 (1) 2693 (1) 2689 (1) 2686 (1) 624 (1) 623 (1) 603 (1) 600 (1) 597 (1) 595 (1) 591 (1) 590 (1) 589 (1) 588 (1) 586 (1) 585 (1) 584 (1) 583 (1) 582 (1) 581 (1) 2619 (1) 2618 (1) 567 (1) 2610 (1) 434 (1) 2604 (1) 2603 (1) 2602 (1) 2601 (1) 2600 (1) 2597 (1) 2596 (1) 2595 (1) 2593 (1) 2592 (1) 2591 (1) 2589 (1) 2588 (1) 2586 (1) 2585 (1) 2582 (1) 2568 (1) 2548 (1) 445 (1) 444 (1) 443 (1) 441 (1) 439 (1) 2484 (1) 2482 (1) 430 (1) 429 (1) 428 (1) 427 (1) 426 (1) 424 (1) 2469 (1) 420 (1) 2537 (1) 417 (1) 416 (1) 415 (1) 2457 (1) 2455 (1) 2453 (1) 2452 (1) 2451 (1) 2456 (1) 2441 (1) 2440 (1) 2439 (1) 2438 (1) 2437 (1) 2432 (1) 2431 (1) 2427 (1) 2424 (1) 2421 (1) 2417 (1) 367 (1) 2405 (1) 2398 (1) 2388 (1) 2375 (1) 2370 (1) 2101 (1) 2363 (1) 2100 (1) 2360 (1) 2356 (1) 2344 (1) 2343 (1) 2341 (1) 2339 (1) 2338 (1) 2320 (1) 2319 (1) 2277 (1) 2228 (1) 2227 (1) 178 (1) 2201 (1) 147 (1) 146 (1) 145 (1) 144 (1) 143 (1) 142 (1) 141 (1) 140 (1) 139 (1) 138 (1) 2185 (1) 2184 (1) 135 (1) 2182 (1) 2181 (1) 2180 (1) 2179 (1) 2178 (1) 2177 (1) 2176 (1) 2175 (1) 125 (1) 122 (1) 2168 (1) 116 (1) 108 (1) 104 (1) 102 (1) 99 (1) 2115 (1) 58 (1) 57 (1) 52 (1) 51 (1) 50 (1) 49 (1) 48 (1) 47 (1) 46 (1) 45 (1) 44 (1) 39 (1) 33 (1) 28 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 6 (1) 5 (1) 4 (1) 3 (1) 2 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2