Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 5 Segments (10.1-cluster)

Cluster #structures
1372 98
351 84
4033 76
218 75
3342 74
3479 72
2880 71
3299 70
2563 69
3565 67
3337 65
415 65
63 64
2657 63
531 63
358 62
68 62
1807 61
3705 61
533 61
365 61
1384 61
1849 60
1828 60
1808 60
1795 60
3691 60
3647 60
3642 60
1356 60
603 60
532 60
470 60
1351 59
22 49
3346 48
3300 47
1051 44
215 44
2029 38
3504 38
3571 37
3577 32
2727 31
290 31
2966 26
2911 26
3025 25
2922 25
2881 25
Small clusters (size < 25)
3230 (24) 2957 (24) 2915 (24) 2871 (24) 2093 (24) 3260 (23) 3807 (22) 2976 (22) 2954 (22) 2901 (22) 2193 (22) 2886 (21) 758 (20) 2861 (19) 2740 (18) 743 (17) 877 (16) 872 (14) 2614 (13) 3385 (13) 1790 (12) 887 (12) 2746 (12) 689 (12) 878 (11) 767 (11) 736 (11) 2676 (10) 2562 (10) 111 (10) 3585 (9) 646 (9) 313 (9) 89 (9) 2651 (8) 3361 (8) 875 (8) 631 (8) 2516 (8) 2210 (8) 1986 (7) 1978 (7) 1723 (7) 792 (7) 2522 (7) 2434 (7) 2261 (7) 2872 (6) 778 (6) 680 (6) 2547 (6) 2529 (6) 2247 (6) 2145 (6) 2062 (6) 2026 (5) 3581 (5) 1301 (5) 1298 (5) 1295 (5) 1285 (5) 1275 (5) 1272 (5) 1270 (5) 1259 (5) 1256 (5) 1243 (5) 1242 (5) 3269 (5) 1208 (5) 1201 (5) 1189 (5) 1188 (5) 1187 (5) 1185 (5) 1183 (5) 1181 (5) 1173 (5) 1169 (5) 1158 (5) 1150 (5) 1135 (5) 988 (5) 810 (5) 741 (5) 643 (5) 2629 (5) 300 (5) 2170 (5) 1963 (4) 2275 (4) 3363 (4) 1264 (4) 3277 (4) 3273 (4) 1194 (4) 1166 (4) 1047 (4) 1046 (4) 1036 (4) 2870 (4) 2836 (4) 766 (4) 722 (4) 715 (4) 2159 (4) 2665 (4) 2417 (4) 2323 (4) 226 (4) 130 (4) 4199 (4) 2025 (3) 4053 (3) 1722 (3) 1590 (3) 3396 (3) 3331 (3) 1196 (3) 1144 (3) 871 (3) 829 (3) 2768 (3) 605 (3) 2639 (3) 2565 (3) 2564 (3) 2133 (3) 2120 (3) 2383 (3) 2378 (3) 2373 (3) 2345 (3) 241 (3) 240 (3) 2209 (3) 2208 (3) 2207 (3) 2206 (3) 2200 (3) 141 (3) 2184 (3) 2176 (3) 2168 (3) 2160 (3) 2066 (3) 4196 (3) 2132 (3) 2110 (3) 2399 (3) 2083 (3) 4116 (3) 4094 (2) 4079 (2) 4062 (2) 1996 (2) 1995 (2) 4035 (2) 3397 (2) 2031 (2) 1670 (2) 1645 (2) 1677 (2) 1675 (2) 1666 (2) 1654 (2) 1653 (2) 3614 (2) 3496 (2) 3459 (2) 3456 (2) 3453 (2) 3449 (2) 3447 (2) 3446 (2) 3430 (2) 1252 (2) 3415 (2) 3411 (2) 3392 (2) 3381 (2) 3362 (2) 4099 (2) 1113 (2) 3137 (2) 3134 (2) 3125 (2) 1044 (2) 891 (2) 796 (2) 790 (2) 2828 (2) 2776 (2) 4114 (2) 2711 (2) 2664 (2) 2652 (2) 2644 (2) 2628 (2) 485 (2) 484 (2) 2426 (2) 2400 (2) 2356 (2) 2347 (2) 2340 (2) 2320 (2) 2318 (2) 2310 (2) 2303 (2) 2284 (2) 2270 (2) 2268 (2) 2244 (2) 2220 (2) 2219 (2) 2212 (2) 147 (2) 2406 (2) 93 (2) 76 (2) 73 (2) 2035 (1) 2019 (1) 2017 (1) 2016 (1) 2010 (1) 2009 (1) 2006 (1) 2002 (1) 1999 (1) 4036 (1) 1984 (1) 1983 (1) 1980 (1) 1975 (1) 1974 (1) 1970 (1) 1969 (1) 1966 (1) 1965 (1) 1964 (1) 2715 (1) 3960 (1) 3850 (1) 1791 (1) 1786 (1) 1773 (1) 1717 (1) 1709 (1) 1708 (1) 1678 (1) 1659 (1) 1658 (1) 1656 (1) 1652 (1) 1648 (1) 1647 (1) 3628 (1) 3613 (1) 3612 (1) 3611 (1) 3610 (1) 3609 (1) 3608 (1) 3607 (1) 3606 (1) 3605 (1) 3604 (1) 3602 (1) 3600 (1) 3599 (1) 3598 (1) 3591 (1) 3590 (1) 2289 (1) 3480 (1) 3463 (1) 3460 (1) 3458 (1) 3457 (1) 3455 (1) 3454 (1) 3442 (1) 3440 (1) 3439 (1) 3438 (1) 3435 (1) 3432 (1) 3429 (1) 3426 (1) 3423 (1) 3406 (1) 3371 (1) 3366 (1) 3358 (1) 3357 (1) 2263 (1) 1258 (1) 3263 (1) 1134 (1) 1127 (1) 1126 (1) 1123 (1) 1118 (1) 1105 (1) 3135 (1) 3132 (1) 3131 (1) 3128 (1) 3126 (1) 1061 (1) 3101 (1) 834 (1) 819 (1) 818 (1) 817 (1) 816 (1) 815 (1) 805 (1) 791 (1) 2830 (1) 2827 (1) 2858 (1) 2757 (1) 2716 (1) 2701 (1) 2698 (1) 2688 (1) 2683 (1) 2678 (1) 2662 (1) 2661 (1) 579 (1) 575 (1) 574 (1) 2826 (1) 571 (1) 569 (1) 567 (1) 566 (1) 2605 (1) 549 (1) 2544 (1) 489 (1) 488 (1) 487 (1) 2500 (1) 2439 (1) 2433 (1) 2412 (1) 343 (1) 2368 (1) 2365 (1) 2317 (1) 2316 (1) 2315 (1) 2304 (1) 2302 (1) 2297 (1) 2291 (1) 2285 (1) 2283 (1) 2281 (1) 2279 (1) 227 (1) 2273 (1) 2272 (1) 2271 (1) 2262 (1) 2260 (1) 2259 (1) 208 (1) 2242 (1) 2241 (1) 2237 (1) 2236 (1) 184 (1) 183 (1) 182 (1) 2217 (1) 2216 (1) 2215 (1) 2214 (1) 154 (1) 2413 (1) 4194 (1) 87 (1) 79 (1) 78 (1) 77 (1) 75 (1) 72 (1) 2104 (1) 2103 (1) 27 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 6 (1) 5 (1) 4 (1) 3 (1) 2 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2