Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 5 Segments (05.0-cluster)

Cluster #structures
1836 103
614 94
1419 91
4018 86
1840 85
1357 84
1851 67
3294 63
365 62
358 62
1833 61
1807 61
1384 61
3898 60
1828 60
1808 60
3691 60
3647 60
3642 60
533 60
532 60
1795 60
1351 59
3660 58
3470 58
3306 58
824 52
3299 49
3565 48
1769 45
3479 42
215 40
3301 38
1579 37
3256 34
3949 33
3345 32
2563 31
3538 29
3030 29
290 27
2922 25
Small clusters (size < 25)
3230 (24) 2915 (24) 2093 (24) 3260 (23) 3631 (22) 2954 (22) 3807 (22) 3571 (20) 94 (20) 2861 (19) 22 (18) 3512 (17) 2871 (16) 881 (13) 3077 (12) 875 (12) 845 (10) 698 (10) 3618 (9) 2901 (9) 740 (9) 646 (9) 3532 (8) 886 (8) 2651 (8) 2524 (8) 2516 (8) 259 (8) 4043 (7) 3583 (7) 872 (7) 677 (7) 4100 (7) 1996 (6) 1978 (6) 3954 (6) 2872 (6) 792 (6) 768 (6) 689 (6) 687 (6) 684 (6) 683 (6) 680 (6) 673 (6) 672 (6) 649 (6) 2562 (6) 2541 (6) 2529 (6) 2526 (6) 2522 (6) 2513 (6) 249 (6) 2295 (6) 2276 (6) 2247 (6) 2185 (6) 4202 (6) 2152 (6) 2062 (6) 2074 (6) 3948 (5) 3355 (5) 1301 (5) 1298 (5) 1295 (5) 1285 (5) 1281 (5) 1275 (5) 1272 (5) 1270 (5) 1263 (5) 1260 (5) 1259 (5) 1256 (5) 1245 (5) 1244 (5) 1243 (5) 1242 (5) 3287 (5) 1208 (5) 1201 (5) 1189 (5) 1188 (5) 1185 (5) 1183 (5) 1181 (5) 1173 (5) 1169 (5) 1158 (5) 1150 (5) 2870 (5) 2844 (5) 783 (5) 2762 (5) 2692 (5) 643 (5) 300 (5) 297 (5) 294 (5) 293 (5) 291 (5) 289 (5) 285 (5) 2193 (5) 2169 (5) 2026 (4) 3953 (4) 3589 (4) 3572 (4) 2614 (4) 1135 (4) 1264 (4) 3277 (4) 3273 (4) 3269 (4) 1187 (4) 1166 (4) 720 (4) 1119 (4) 1047 (4) 1046 (4) 3085 (4) 1036 (4) 986 (4) 771 (4) 766 (4) 746 (4) 722 (4) 721 (4) 715 (4) 710 (4) 2747 (4) 696 (4) 2736 (4) 2665 (4) 778 (4) 2547 (4) 1037 (4) 2392 (4) 2381 (4) 322 (4) 179 (4) 130 (4) 2170 (4) 2117 (4) 2341 (3) 2338 (3) 1586 (3) 4197 (3) 3396 (3) 3364 (3) 1294 (3) 1237 (3) 1196 (3) 1144 (3) 1136 (3) 988 (3) 2208 (3) 2206 (3) 2192 (3) 829 (3) 795 (3) 2835 (3) 2178 (3) 2582 (3) 2564 (3) 2133 (3) 2132 (3) 2125 (3) 2121 (3) 2120 (3) 2434 (3) 2417 (3) 2414 (3) 2399 (3) 2398 (3) 2396 (3) 2390 (3) 2371 (3) 2330 (3) 2329 (3) 2326 (3) 2296 (3) 241 (3) 240 (3) 2209 (3) 2051 (3) 2207 (3) 2200 (3) 2197 (3) 2196 (3) 2188 (3) 2184 (3) 2183 (3) 2182 (3) 2177 (3) 2176 (3) 2168 (3) 2163 (3) 2160 (3) 2066 (3) 2156 (3) 4196 (3) 2112 (3) 2083 (3) 2082 (3) 4094 (2) 4091 (2) 4089 (2) 4086 (2) 4080 (2) 4079 (2) 4062 (2) 4059 (2) 4057 (2) 4051 (2) 2720 (2) 3397 (2) 2345 (2) 1781 (2) 1725 (2) 1724 (2) 1721 (2) 1621 (2) 1589 (2) 2629 (2) 3456 (2) 3449 (2) 3447 (2) 3446 (2) 3443 (2) 3434 (2) 3430 (2) 3428 (2) 3415 (2) 3411 (2) 3398 (2) 3394 (2) 3392 (2) 3381 (2) 4114 (2) 3374 (2) 3365 (2) 3363 (2) 3331 (2) 1252 (2) 3253 (2) 3182 (2) 4099 (2) 1123 (2) 3153 (2) 2992 (2) 891 (2) 890 (2) 885 (2) 863 (2) 837 (2) 790 (2) 2275 (2) 2776 (2) 2771 (2) 690 (2) 796 (2) 2727 (2) 670 (2) 2050 (2) 2675 (2) 2664 (2) 605 (2) 2652 (2) 2644 (2) 4111 (2) 2628 (2) 2625 (2) 2608 (2) 2565 (2) 485 (2) 484 (2) 2504 (2) 2454 (2) 2450 (2) 2449 (2) 4159 (2) 2426 (2) 2415 (2) 2356 (2) 2347 (2) 2343 (2) 2323 (2) 2320 (2) 2318 (2) 2310 (2) 2309 (2) 723 (2) 2284 (2) 226 (2) 225 (2) 2251 (2) 2244 (2) 2236 (2) 2234 (2) 2220 (2) 147 (2) 4118 (2) 2179 (2) 93 (2) 4185 (2) 88 (2) 2111 (2) 4103 (2) 2047 (1) 2037 (1) 2035 (1) 2027 (1) 2021 (1) 2020 (1) 2019 (1) 2018 (1) 2017 (1) 2016 (1) 2010 (1) 2008 (1) 2007 (1) 2006 (1) 2005 (1) 2002 (1) 2001 (1) 2000 (1) 1999 (1) 1994 (1) 4038 (1) 4037 (1) 4036 (1) 4035 (1) 4034 (1) 1984 (1) 1983 (1) 1980 (1) 1976 (1) 1975 (1) 1974 (1) 2718 (1) 1972 (1) 1970 (1) 1969 (1) 1968 (1) 1967 (1) 1966 (1) 1965 (1) 1964 (1) 2031 (1) 3960 (1) 2413 (1) 2701 (1) 2009 (1) 1667 (1) 3850 (1) 2348 (1) 3371 (1) 1791 (1) 1790 (1) 1788 (1) 1786 (1) 1784 (1) 1780 (1) 1779 (1) 1776 (1) 1774 (1) 1773 (1) 2342 (1) 2340 (1) 2339 (1) 1722 (1) 1720 (1) 1719 (1) 1717 (1) 1716 (1) 1714 (1) 1710 (1) 1709 (1) 1708 (1) 1707 (1) 1706 (1) 1990 (1) 1989 (1) 1682 (1) 1681 (1) 1680 (1) 1679 (1) 1678 (1) 1677 (1) 1676 (1) 1675 (1) 1674 (1) 1673 (1) 1672 (1) 1671 (1) 1670 (1) 1669 (1) 1668 (1) 1643 (1) 1666 (1) 1665 (1) 1664 (1) 1663 (1) 1662 (1) 1661 (1) 1660 (1) 1659 (1) 1658 (1) 1657 (1) 1656 (1) 1655 (1) 1654 (1) 1653 (1) 1652 (1) 1651 (1) 1650 (1) 1649 (1) 1648 (1) 1647 (1) 1646 (1) 1645 (1) 1644 (1) 2662 (1) 3635 (1) 3628 (1) 3614 (1) 3613 (1) 3612 (1) 3611 (1) 3610 (1) 3609 (1) 3608 (1) 3607 (1) 3606 (1) 3605 (1) 3604 (1) 3603 (1) 3602 (1) 3600 (1) 3599 (1) 3598 (1) 3596 (1) 3595 (1) 3594 (1) 3593 (1) 3592 (1) 3591 (1) 3590 (1) 3587 (1) 2233 (1) 2302 (1) 3566 (1) 3560 (1) 186 (1) 3496 (1) 2289 (1) 2288 (1) 3480 (1) 3463 (1) 3462 (1) 3461 (1) 3460 (1) 3459 (1) 3458 (1) 3457 (1) 3455 (1) 3454 (1) 3453 (1) 3452 (1) 2297 (1) 3442 (1) 3440 (1) 3439 (1) 3438 (1) 3435 (1) 3432 (1) 3429 (1) 3426 (1) 3425 (1) 3424 (1) 3423 (1) 3419 (1) 2273 (1) 3406 (1) 3391 (1) 4204 (1) 3366 (1) 3362 (1) 3359 (1) 3358 (1) 3357 (1) 3353 (1) 1134 (1) 2263 (1) 3336 (1) 1287 (1) 1986 (1) 3324 (1) 3265 (1) 3264 (1) 3263 (1) 4200 (1) 3242 (1) 3227 (1) 1161 (1) 1147 (1) 1137 (1) 189 (1) 3181 (1) 1132 (1) 3179 (1) 1127 (1) 1126 (1) 1118 (1) 1117 (1) 1116 (1) 1114 (1) 1113 (1) 1111 (1) 3148 (1) 2231 (1) 3144 (1) 3143 (1) 3138 (1) 3137 (1) 3136 (1) 3135 (1) 3134 (1) 3133 (1) 3132 (1) 3131 (1) 3130 (1) 3129 (1) 3128 (1) 3127 (1) 3126 (1) 3125 (1) 2227 (1) 1066 (1) 1061 (1) 2831 (1) 3101 (1) 1048 (1) 1045 (1) 1044 (1) 2829 (1) 2213 (1) 2211 (1) 1258 (1) 2758 (1) 870 (1) 859 (1) 834 (1) 821 (1) 819 (1) 818 (1) 817 (1) 816 (1) 815 (1) 811 (1) 2858 (1) 808 (1) 806 (1) 805 (1) 804 (1) 803 (1) 801 (1) 798 (1) 791 (1) 2834 (1) 2833 (1) 2832 (1) 2830 (1) 2828 (1) 2827 (1) 2826 (1) 2825 (1) 2824 (1) 2823 (1) 769 (1) 2003 (1) 2768 (1) 2757 (1) 2752 (1) 2751 (1) 2749 (1) 2741 (1) 2740 (1) 2734 (1) 2733 (1) 2724 (1) 2723 (1) 2722 (1) 2719 (1) 2716 (1) 2715 (1) 2713 (1) 2711 (1) 2710 (1) 2709 (1) 2708 (1) 2707 (1) 2706 (1) 656 (1) 2703 (1) 2698 (1) 2690 (1) 2689 (1) 2688 (1) 2687 (1) 2684 (1) 2683 (1) 2682 (1) 2678 (1) 2673 (1) 2672 (1) 2669 (1) 2661 (1) 607 (1) 2639 (1) 581 (1) 579 (1) 576 (1) 575 (1) 574 (1) 571 (1) 569 (1) 567 (1) 566 (1) 564 (1) 2605 (1) 2604 (1) 549 (1) 2544 (1) 490 (1) 489 (1) 488 (1) 487 (1) 2500 (1) 1105 (1) 2439 (1) 2438 (1) 2437 (1) 2433 (1) 2416 (1) 2412 (1) 2410 (1) 2409 (1) 2407 (1) 2404 (1) 2403 (1) 2400 (1) 343 (1) 2388 (1) 1080 (1) 2383 (1) 2380 (1) 2378 (1) 2376 (1) 2373 (1) 2369 (1) 2368 (1) 2367 (1) 2365 (1) 2359 (1) 2357 (1) 2354 (1) 2352 (1) 2346 (1) 2344 (1) 292 (1) 2336 (1) 2328 (1) 2321 (1) 2319 (1) 2317 (1) 2316 (1) 2315 (1) 2308 (1) 2306 (1) 2304 (1) 2299 (1) 2298 (1) 2287 (1) 2286 (1) 2285 (1) 2283 (1) 2281 (1) 2279 (1) 2278 (1) 2277 (1) 227 (1) 2272 (1) 2271 (1) 2270 (1) 2268 (1) 2262 (1) 208 (1) 2242 (1) 2241 (1) 2238 (1) 2237 (1) 185 (1) 184 (1) 183 (1) 182 (1) 181 (1) 2228 (1) 2225 (1) 2223 (1) 2219 (1) 2217 (1) 2216 (1) 2215 (1) 2214 (1) 165 (1) 2212 (1) 163 (1) 162 (1) 158 (1) 154 (1) 146 (1) 144 (1) 143 (1) 142 (1) 141 (1) 4119 (1) 2406 (1) 4194 (1) 4193 (1) 2144 (1) 91 (1) 4186 (1) 87 (1) 84 (1) 83 (1) 80 (1) 79 (1) 78 (1) 77 (1) 76 (1) 75 (1) 74 (1) 73 (1) 72 (1) 2104 (1) 2103 (1) 27 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 6 (1) 5 (1) 4 (1) 3 (1) 2 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2