Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 4 Segments (10.1-cluster)

Cluster #structures
806 199
3776 154
5102 146
1963 133
3281 127
1324 113
820 112
5112 82
4857 78
3770 74
861 74
4603 72
5093 71
2102 71
671 68
1441 65
5006 62
4978 62
4773 62
1832 61
5005 61
1509 61
3576 60
870 60
860 60
2390 60
2474 60
2444 60
2423 60
2389 60
721 60
4694 59
4689 59
1512 56
276 54
766 52
331 52
4147 52
156 50
417 49
4250 48
4263 47
1087 46
3753 45
4444 45
2336 45
4662 43
3838 42
3778 42
2112 37
4502 33
130 33
2358 31
93 31
431 30
3915 28
890 28
4497 27
5319 26
2909 26
1039 26
2124 26
3892 25
Small clusters (size < 25)
3851 (24) 3800 (24) 1218 (24) 3209 (24) 3975 (23) 3861 (23) 3724 (23) 437 (23) 3711 (22) 3779 (20) 4131 (20) 3674 (19) 3673 (19) 4500 (18) 5219 (17) 305 (17) 3754 (16) 968 (16) 872 (16) 3866 (15) 3654 (14) 5361 (14) 5384 (14) 883 (14) 2983 (13) 1243 (13) 810 (13) 314 (13) 1244 (12) 420 (12) 312 (12) 3486 (12) 1625 (11) 1063 (11) 4275 (11) 111 (11) 2130 (11) 3412 (10) 965 (10) 679 (10) 3371 (9) 5 (9) 3284 (8) 5205 (8) 920 (8) 4616 (8) 1654 (7) 1115 (7) 1084 (7) 902 (7) 2811 (7) 2809 (7) 2680 (7) 4699 (7) 2066 (7) 1651 (6) 5247 (6) 891 (6) 491 (6) 1676 (5) 1704 (5) 1702 (5) 1701 (5) 1698 (5) 1693 (5) 1691 (5) 1690 (5) 1686 (5) 1664 (5) 1641 (5) 1640 (5) 1636 (5) 1586 (5) 1581 (5) 1579 (5) 1571 (5) 1563 (5) 1545 (5) 1543 (5) 1051 (5) 935 (5) 934 (5) 924 (5) 915 (5) 346 (5) 2769 (5) 4674 (5) 2619 (5) 493 (5) 400 (5) 399 (5) 398 (5) 394 (5) 385 (5) 401 (5) 224 (5) 4198 (5) 4129 (5) 2695 (4) 1718 (4) 1706 (4) 1435 (4) 1434 (4) 1433 (4) 3349 (4) 5279 (4) 3082 (4) 952 (4) 2838 (4) 771 (4) 2804 (4) 2789 (4) 4203 (4) 2679 (4) 2661 (4) 2660 (4) 4625 (4) 4561 (4) 3894 (3) 1717 (3) 1716 (3) 1712 (3) 1525 (3) 3519 (3) 3499 (3) 3385 (3) 5417 (3) 5415 (3) 5409 (3) 1146 (3) 5212 (3) 3150 (3) 5194 (3) 3108 (3) 3104 (3) 3093 (3) 3090 (3) 2998 (3) 2874 (3) 2870 (3) 2823 (3) 2795 (3) 2791 (3) 2784 (3) 2776 (3) 2770 (3) 1123 (3) 238 (3) 2284 (3) 2249 (3) 188 (3) 4048 (2) 4046 (2) 4045 (2) 4041 (2) 4408 (2) 4395 (2) 1714 (2) 3015 (2) 1685 (2) 1674 (2) 1661 (2) 4372 (2) 1642 (2) 3000 (2) 3640 (2) 3561 (2) 3555 (2) 3524 (2) 3523 (2) 3515 (2) 1449 (2) 3491 (2) 1438 (2) 3469 (2) 3446 (2) 3439 (2) 3375 (2) 5418 (2) 5413 (2) 3358 (2) 4313 (2) 1252 (2) 1248 (2) 205 (2) 1214 (2) 1176 (2) 1164 (2) 5239 (2) 1139 (2) 5220 (2) 1118 (2) 3103 (2) 3102 (2) 2626 (2) 3060 (2) 3059 (2) 3027 (2) 3022 (2) 3018 (2) 2209 (2) 3007 (2) 3006 (2) 2965 (2) 904 (2) 2951 (2) 2898 (2) 803 (2) 797 (2) 788 (2) 2768 (2) 684 (2) 2159 (2) 2648 (2) 2594 (2) 5198 (2) 433 (2) 4420 (2) 4418 (2) 4414 (2) 2364 (2) 4403 (2) 4391 (2) 2340 (2) 4385 (2) 4375 (2) 4369 (2) 250 (2) 247 (2) 4335 (2) 4333 (2) 4323 (2) 4321 (2) 217 (2) 4308 (2) 4305 (2) 202 (2) 2248 (2) 2211 (2) 2198 (2) 2190 (2) 2188 (2) 2184 (2) 2175 (2) 4005 (1) 4004 (1) 4003 (1) 3054 (1) 3473 (1) 4396 (1) 2854 (1) 3699 (1) 3013 (1) 5397 (1) 1648 (1) 1645 (1) 1616 (1) 1612 (1) 1609 (1) 3639 (1) 3636 (1) 3633 (1) 3631 (1) 3630 (1) 1546 (1) 1542 (1) 1531 (1) 1527 (1) 3562 (1) 3560 (1) 2641 (1) 2982 (1) 3512 (1) 1462 (1) 1459 (1) 1455 (1) 2286 (1) 2968 (1) 3459 (1) 3451 (1) 3449 (1) 3448 (1) 3447 (1) 3443 (1) 3430 (1) 3429 (1) 1373 (1) 3413 (1) 3296 (1) 3334 (1) 4648 (1) 4646 (1) 3297 (1) 1241 (1) 4642 (1) 1227 (1) 1226 (1) 2250 (1) 200 (1) 4295 (1) 3239 (1) 1152 (1) 1148 (1) 1136 (1) 1133 (1) 1126 (1) 3168 (1) 3167 (1) 5197 (1) 1093 (1) 3128 (1) 3105 (1) 3100 (1) 3091 (1) 3087 (1) 3071 (1) 3058 (1) 3057 (1) 3055 (1) 3049 (1) 3024 (1) 3021 (1) 3020 (1) 3019 (1) 3014 (1) 3012 (1) 3011 (1) 842 (1) 3004 (1) 3002 (1) 2992 (1) 2990 (1) 2985 (1) 2981 (1) 2980 (1) 2976 (1) 2975 (1) 2974 (1) 2973 (1) 2970 (1) 2956 (1) 2954 (1) 2946 (1) 2941 (1) 2935 (1) 2912 (1) 2911 (1) 2910 (1) 2901 (1) 2893 (1) 843 (1) 2890 (1) 793 (1) 765 (1) 764 (1) 1116 (1) 717 (1) 716 (1) 1143 (1) 685 (1) 682 (1) 647 (1) 2676 (1) 2675 (1) 2652 (1) 2647 (1) 2644 (1) 2640 (1) 4683 (1) 4665 (1) 2616 (1) 2615 (1) 2614 (1) 4661 (1) 2611 (1) 2610 (1) 2603 (1) 2602 (1) 2601 (1) 2600 (1) 4647 (1) 2598 (1) 4644 (1) 4643 (1) 4640 (1) 4639 (1) 4638 (1) 4637 (1) 4636 (1) 4634 (1) 4633 (1) 4632 (1) 4631 (1) 4630 (1) 4629 (1) 4626 (1) 4609 (1) 2253 (1) 378 (1) 4442 (1) 4441 (1) 4439 (1) 4438 (1) 4436 (1) 4435 (1) 4428 (1) 4426 (1) 4425 (1) 4423 (1) 4422 (1) 4421 (1) 4417 (1) 2352 (1) 2349 (1) 2348 (1) 2347 (1) 298 (1) 297 (1) 4381 (1) 2318 (1) 2317 (1) 4362 (1) 4361 (1) 4358 (1) 251 (1) 244 (1) 243 (1) 242 (1) 2280 (1) 2259 (1) 2255 (1) 4301 (1) 2252 (1) 199 (1) 2235 (1) 182 (1) 164 (1) 161 (1) 2183 (1) 2179 (1) 2176 (1) 2167 (1) 2163 (1) 108 (1) 107 (1) 105 (1) 104 (1) 101 (1) 100 (1) 99 (1) 96 (1) 90 (1) 75 (1) 74 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 22 (1) 21 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 6 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2