Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 4 Segments (05.1-cluster)

Cluster #structures
4754 90
1935 86
1324 86
719 84
861 68
3609 67
5093 65
671 65
4282 65
4716 64
5006 62
4857 62
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5005 61
4978 61
1509 61
2021 60
3576 60
870 60
860 60
721 60
4773 60
2474 60
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2389 60
2380 60
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4689 59
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4229 52
332 50
2102 46
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261 41
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3770 40
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4233 38
120 34
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125 32
4235 31
3804 28
84 28
2749 27
2154 27
4502 25
4472 25
3803 25
Small clusters (size < 25)
3740 (24) 3851 (24) 3811 (24) 3748 (23) 3209 (23) 1111 (23) 3837 (23) 131 (23) 3711 (22) 3744 (22) 2327 (22) 4517 (22) 2142 (22) 5337 (21) 4599 (21) 2004 (20) 3779 (20) 4610 (20) 2716 (19) 178 (19) 4500 (18) 4131 (18) 1055 (17) 3975 (16) 872 (16) 3671 (15) 3654 (14) 1107 (14) 437 (14) 4504 (14) 5384 (13) 810 (13) 5363 (12) 1244 (12) 946 (12) 2983 (12) 932 (12) 879 (12) 4600 (12) 3486 (12) 3646 (11) 3489 (11) 5079 (11) 3277 (11) 392 (11) 312 (11) 3937 (10) 4559 (10) 914 (9) 1100 (9) 1180 (8) 5089 (8) 3300 (8) 1039 (8) 957 (7) 3395 (7) 1184 (7) 880 (7) 752 (7) 2778 (7) 4699 (7) 4616 (7) 4601 (7) 402 (7) 1084 (7) 2066 (7) 910 (6) 3406 (6) 4318 (6) 3355 (6) 3267 (6) 3080 (6) 980 (6) 975 (6) 973 (6) 972 (6) 919 (6) 899 (6) 895 (6) 891 (6) 889 (6) 886 (6) 884 (6) 2836 (6) 4624 (6) 491 (6) 4485 (6) 4307 (6) 1691 (5) 3033 (5) 3370 (5) 1715 (5) 1704 (5) 1703 (5) 1702 (5) 1701 (5) 1698 (5) 1697 (5) 1694 (5) 1693 (5) 1692 (5) 1690 (5) 1688 (5) 1686 (5) 1683 (5) 1676 (5) 1668 (5) 1664 (5) 1654 (5) 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2986 (1) 2204 (1) 2981 (1) 2979 (1) 2977 (1) 2976 (1) 2975 (1) 2974 (1) 2973 (1) 2972 (1) 2971 (1) 2970 (1) 2156 (1) 2968 (1) 2961 (1) 2959 (1) 2958 (1) 2956 (1) 2955 (1) 2954 (1) 904 (1) 2951 (1) 2946 (1) 2942 (1) 2941 (1) 2940 (1) 2935 (1) 2924 (1) 1120 (1) 4241 (1) 2912 (1) 2911 (1) 2910 (1) 4239 (1) 2906 (1) 2347 (1) 2902 (1) 2901 (1) 2900 (1) 2898 (1) 2896 (1) 2895 (1) 2893 (1) 844 (1) 843 (1) 2890 (1) 2885 (1) 2185 (1) 1459 (1) 2855 (1) 803 (1) 796 (1) 787 (1) 765 (1) 764 (1) 2173 (1) 4301 (1) 2766 (1) 717 (1) 716 (1) 2166 (1) 2165 (1) 2164 (1) 685 (1) 683 (1) 682 (1) 2160 (1) 2159 (1) 4889 (1) 647 (1) 2155 (1) 2683 (1) 2676 (1) 2675 (1) 2673 (1) 2671 (1) 2670 (1) 2660 (1) 2658 (1) 2654 (1) 2652 (1) 2648 (1) 2647 (1) 2645 (1) 2644 (1) 2643 (1) 2642 (1) 2640 (1) 2635 (1) 4680 (1) 4679 (1) 2630 (1) 2629 (1) 2625 (1) 2624 (1) 3167 (1) 4665 (1) 2616 (1) 2615 (1) 2614 (1) 4661 (1) 2611 (1) 2610 (1) 2609 (1) 2607 (1) 2604 (1) 2603 (1) 2601 (1) 4648 (1) 4647 (1) 2598 (1) 4644 (1) 4643 (1) 4641 (1) 4640 (1) 4639 (1) 4638 (1) 4637 (1) 4636 (1) 4634 (1) 4633 (1) 4632 (1) 4631 (1) 4630 (1) 4629 (1) 4627 (1) 4626 (1) 5207 (1) 4609 (1) 4591 (1) 3493 (1) 476 (1) 3151 (1) 4557 (1) 3147 (1) 2265 (1) 387 (1) 378 (1) 4470 (1) 4468 (1) 4455 (1) 3471 (1) 4442 (1) 4441 (1) 4440 (1) 4439 (1) 4436 (1) 4435 (1) 4431 (1) 4430 (1) 4429 (1) 4427 (1) 4426 (1) 4425 (1) 4424 (1) 2375 (1) 2374 (1) 2372 (1) 4417 (1) 2365 (1) 2364 (1) 2361 (1) 2357 (1) 2356 (1) 4403 (1) 2353 (1) 2352 (1) 2351 (1) 2350 (1) 2349 (1) 300 (1) 299 (1) 298 (1) 297 (1) 2341 (1) 2340 (1) 4383 (1) 4381 (1) 2326 (1) 2318 (1) 2317 (1) 4362 (1) 4361 (1) 264 (1) 4358 (1) 4353 (1) 252 (1) 251 (1) 249 (1) 248 (1) 247 (1) 245 (1) 244 (1) 243 (1) 242 (1) 236 (1) 2280 (1) 4327 (1) 4326 (1) 2276 (1) 2275 (1) 2272 (1) 2271 (1) 2270 (1) 4316 (1) 217 (1) 4312 (1) 2256 (1) 2255 (1) 2253 (1) 2252 (1) 2251 (1) 2249 (1) 200 (1) 199 (1) 2246 (1) 187 (1) 184 (1) 182 (1) 4276 (1) 4275 (1) 177 (1) 2213 (1) 164 (1) 2211 (1) 2210 (1) 161 (1) 2208 (1) 2207 (1) 2206 (1) 2205 (1) 2203 (1) 2202 (1) 2201 (1) 2199 (1) 2198 (1) 2197 (1) 2196 (1) 2195 (1) 2194 (1) 2193 (1) 2192 (1) 2191 (1) 2190 (1) 2189 (1) 2186 (1) 2184 (1) 2183 (1) 2182 (1) 2180 (1) 2178 (1) 2176 (1) 2175 (1) 2174 (1) 2172 (1) 2170 (1) 2169 (1) 2167 (1) 118 (1) 117 (1) 2163 (1) 2162 (1) 2161 (1) 112 (1) 108 (1) 107 (1) 105 (1) 104 (1) 103 (1) 102 (1) 101 (1) 100 (1) 99 (1) 98 (1) 97 (1) 96 (1) 90 (1) 76 (1) 75 (1) 74 (1) 1373 (1) 4140 (1) 43 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 4130 (1) 33 (1) 32 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 22 (1) 21 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 6 (1) 4438 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2