Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 4 Segments (05.0-cluster)

Cluster #structures
2054 157
4859 125
1487 102
5055 96
4754 90
1324 86
1509 86
719 84
1927 83
870 72
861 72
2572 72
4284 68
3609 67
4978 66
4282 66
4716 64
1497 63
4701 63
5005 62
5006 62
4857 62
651 62
1832 61
4773 60
2474 60
2444 60
2423 60
4694 59
4689 59
2436 58
1512 56
4603 52
332 50
261 41
3770 40
4233 39
4252 38
2894 36
120 34
125 33
3838 31
4235 31
84 29
3804 28
2749 27
4502 26
4472 25
Small clusters (size < 25)
3740 (24) 3711 (23) 3861 (23) 1111 (23) 131 (23) 36 (23) 3744 (22) 2327 (22) 3779 (21) 5337 (21) 4599 (21) 3803 (21) 2004 (20) 2716 (19) 178 (19) 4500 (18) 4152 (18) 4131 (18) 1055 (17) 3975 (16) 872 (16) 4001 (14) 3654 (14) 1536 (14) 1107 (14) 4504 (14) 5384 (13) 810 (13) 437 (13) 5363 (12) 1244 (12) 946 (12) 2983 (12) 932 (12) 879 (12) 4849 (12) 4600 (12) 313 (12) 3486 (12) 3646 (11) 3277 (11) 312 (11) 3937 (10) 3489 (10) 4559 (10) 914 (9) 3300 (9) 1100 (9) 1180 (8) 5268 (8) 5089 (8) 1039 (8) 3972 (7) 957 (7) 3395 (7) 1184 (7) 752 (7) 2778 (7) 4699 (7) 4601 (7) 402 (7) 1084 (7) 2066 (7) 910 (6) 3406 (6) 4318 (6) 3284 (6) 3267 (6) 3080 (6) 980 (6) 975 (6) 973 (6) 972 (6) 919 (6) 900 (6) 899 (6) 895 (6) 891 (6) 889 (6) 886 (6) 884 (6) 880 (6) 2836 (6) 2804 (6) 2667 (6) 4624 (6) 4621 (6) 4616 (6) 491 (6) 4485 (6) 2359 (6) 4307 (6) 1691 (5) 4072 (5) 1715 (5) 1704 (5) 1703 (5) 1702 (5) 1701 (5) 1698 (5) 1697 (5) 1694 (5) 1693 (5) 1692 (5) 1690 (5) 1688 (5) 1686 (5) 1683 (5) 1676 (5) 1668 (5) 1664 (5) 1654 (5) 1636 (5) 3650 (5) 1571 (5) 1563 (5) 1559 (5) 1581 (5) 1082 (5) 1050 (5) 3033 (5) 915 (5) 2865 (5) 2779 (5) 345 (5) 4198 (5) 1586 (5) 4622 (5) 4612 (5) 439 (5) 401 (5) 400 (5) 399 (5) 398 (5) 394 (5) 385 (5) 384 (5) 383 (5) 381 (5) 388 (5) 111 (5) 3978 (4) 3535 (4) 978 (4) 2679 (4) 1718 (4) 1706 (4) 3260 (4) 1641 (4) 1545 (4) 1543 (4) 1435 (4) 1433 (4) 3374 (4) 4203 (4) 3294 (4) 3275 (4) 3270 (4) 1215 (4) 1067 (4) 1041 (4) 1040 (4) 1038 (4) 3073 (4) 3068 (4) 1018 (4) 1007 (4) 994 (4) 952 (4) 881 (4) 2826 (4) 2821 (4) 1048 (4) 2789 (4) 2775 (4) 2772 (4) 2680 (4) 4674 (4) 4625 (4) 4604 (4) 4561 (4) 393 (4) 4449 (4) 4367 (4) 2127 (4) 4 (4) 3041 (3) 2699 (3) 3894 (3) 1717 (3) 1716 (3) 1682 (3) 3717 (3) 3492 (3) 3386 (3) 5415 (3) 5409 (3) 1217 (3) 1146 (3) 3132 (3) 3127 (3) 3124 (3) 3123 (3) 3122 (3) 3110 (3) 3104 (3) 3102 (3) 3064 (3) 3056 (3) 3052 (3) 3051 (3) 3040 (3) 5420 (3) 3030 (3) 3026 (3) 2874 (3) 2870 (3) 2864 (3) 2848 (3) 2838 (3) 2832 (3) 2831 (3) 2823 (3) 768 (3) 2811 (3) 2807 (3) 2797 (3) 2795 (3) 2791 (3) 2790 (3) 2784 (3) 2782 (3) 2781 (3) 2777 (3) 2776 (3) 2774 (3) 2770 (3) 2760 (3) 2735 (3) 2734 (3) 2697 (3) 2674 (3) 1122 (3) 4650 (3) 238 (3) 221 (3) 206 (3) 2763 (3) 133 (3) 4043 (2) 4420 (2) 4408 (2) 3904 (2) 4400 (2) 4398 (2) 3373 (2) 4395 (2) 4393 (2) 3023 (2) 1714 (2) 5239 (2) 1685 (2) 4375 (2) 1661 (2) 3007 (2) 1650 (2) 1644 (2) 1643 (2) 1642 (2) 1607 (2) 1076 (2) 3632 (2) 4260 (2) 1525 (2) 1522 (2) 3524 (2) 3523 (2) 3117 (2) 3491 (2) 1438 (2) 4333 (2) 3448 (2) 3438 (2) 3416 (2) 4323 (2) 3402 (2) 4321 (2) 3380 (2) 3375 (2) 5419 (2) 5418 (2) 5413 (2) 3358 (2) 3339 (2) 4338 (2) 1252 (2) 1251 (2) 1248 (2) 5336 (2) 5335 (2) 205 (2) 1212 (2) 5295 (2) 5279 (2) 5222 (2) 5275 (2) 1176 (2) 5266 (2) 3215 (2) 3214 (2) 1164 (2) 3211 (2) 5251 (2) 1153 (2) 5247 (2) 3177 (2) 5224 (2) 5221 (2) 5220 (2) 3170 (2) 5215 (2) 1118 (2) 5209 (2) 5206 (2) 5203 (2) 5196 (2) 3146 (2) 3138 (2) 3121 (2) 3111 (2) 3108 (2) 3093 (2) 1028 (2) 3060 (2) 3059 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904 (1) 2951 (1) 2946 (1) 2942 (1) 2941 (1) 2940 (1) 2936 (1) 2935 (1) 2924 (1) 1120 (1) 4241 (1) 2912 (1) 2911 (1) 2910 (1) 2908 (1) 4239 (1) 2902 (1) 2901 (1) 2900 (1) 2898 (1) 2896 (1) 2895 (1) 2893 (1) 843 (1) 2890 (1) 2885 (1) 2185 (1) 1459 (1) 2855 (1) 803 (1) 2181 (1) 796 (1) 787 (1) 765 (1) 764 (1) 2173 (1) 4301 (1) 2168 (1) 2766 (1) 716 (1) 4215 (1) 2166 (1) 2165 (1) 2164 (1) 685 (1) 683 (1) 682 (1) 2160 (1) 2159 (1) 4889 (1) 647 (1) 2155 (1) 2683 (1) 2676 (1) 2675 (1) 2673 (1) 2671 (1) 2670 (1) 2669 (1) 2660 (1) 2658 (1) 1125 (1) 2654 (1) 2652 (1) 2648 (1) 2647 (1) 2645 (1) 2644 (1) 2643 (1) 2640 (1) 2635 (1) 4680 (1) 4679 (1) 2630 (1) 2629 (1) 2625 (1) 2624 (1) 3167 (1) 4665 (1) 2616 (1) 2615 (1) 2614 (1) 4661 (1) 2611 (1) 2610 (1) 2609 (1) 2607 (1) 2604 (1) 2603 (1) 2601 (1) 4648 (1) 4647 (1) 2598 (1) 4644 (1) 4643 (1) 4641 (1) 4640 (1) 4639 (1) 4638 (1) 4637 (1) 4636 (1) 4634 (1) 4633 (1) 4631 (1) 4629 (1) 4627 (1) 3413 (1) 4609 (1) 4591 (1) 3493 (1) 3151 (1) 4557 (1) 3147 (1) 2265 (1) 387 (1) 378 (1) 4470 (1) 4468 (1) 4455 (1) 3471 (1) 4442 (1) 4441 (1) 4440 (1) 4439 (1) 4438 (1) 4437 (1) 4436 (1) 4435 (1) 4431 (1) 4430 (1) 4429 (1) 4427 (1) 4426 (1) 4425 (1) 4424 (1) 2375 (1) 2374 (1) 4421 (1) 2372 (1) 4417 (1) 2365 (1) 2364 (1) 2357 (1) 2356 (1) 4403 (1) 2353 (1) 2352 (1) 2351 (1) 2350 (1) 2349 (1) 300 (1) 299 (1) 298 (1) 297 (1) 2341 (1) 2340 (1) 4383 (1) 4381 (1) 2326 (1) 2317 (1) 4362 (1) 4361 (1) 264 (1) 4358 (1) 4353 (1) 252 (1) 251 (1) 249 (1) 248 (1) 245 (1) 244 (1) 242 (1) 236 (1) 2280 (1) 4327 (1) 4326 (1) 2276 (1) 2275 (1) 2272 (1) 2271 (1) 2270 (1) 4316 (1) 217 (1) 4312 (1) 2256 (1) 2255 (1) 2253 (1) 2252 (1) 2251 (1) 2250 (1) 199 (1) 2246 (1) 2237 (1) 187 (1) 185 (1) 184 (1) 182 (1) 4276 (1) 4275 (1) 177 (1) 2213 (1) 2212 (1) 2211 (1) 2210 (1) 161 (1) 2208 (1) 2207 (1) 2206 (1) 2205 (1) 2203 (1) 2202 (1) 2201 (1) 2199 (1) 2198 (1) 2197 (1) 2196 (1) 2195 (1) 2194 (1) 2193 (1) 2192 (1) 2191 (1) 2190 (1) 2189 (1) 2186 (1) 2184 (1) 2183 (1) 2182 (1) 2180 (1) 2178 (1) 2176 (1) 2175 (1) 2174 (1) 2172 (1) 2170 (1) 2169 (1) 2167 (1) 118 (1) 117 (1) 2163 (1) 2162 (1) 2161 (1) 112 (1) 108 (1) 107 (1) 104 (1) 103 (1) 102 (1) 101 (1) 100 (1) 4195 (1) 98 (1) 97 (1) 96 (1) 90 (1) 76 (1) 75 (1) 74 (1) 1373 (1) 43 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 4130 (1) 33 (1) 32 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 22 (1) 21 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 6 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2