Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 3 Segments (10.1-cluster)

Cluster #structures
583 492
7139 301
2556 209
8078 208
1545 181
4655 171
1373 148
6437 146
79 134
7537 127
777 112
750 110
1782 108
4171 106
5463 102
7997 101
3578 99
7320 96
7735 85
624 84
6800 82
7245 80
6492 80
8006 76
6504 76
203 73
7279 70
120 70
1359 69
2831 66
395 65
2358 65
980 64
7301 62
8008 61
1807 61
3466 61
888 61
8370 61
7728 60
3329 60
7285 60
7276 60
7263 60
7689 60
848 60
615 60
3490 60
435 60
2290 60
5547 58
8251 57
3230 54
4681 53
6444 53
314 51
7828 48
8249 48
3267 45
6774 45
6392 45
644 44
6523 44
5774 42
6247 42
2996 41
1366 40
5706 39
5211 39
5756 37
5721 37
8341 35
7202 33
3304 32
5596 31
3321 31
5205 30
514 30
7462 29
1236 28
5607 27
3878 26
3858 26
5423 26
5425 25
5878 25
5821 25
2877 25
Small clusters (size < 25)
5995 (24) 5974 (24) 5829 (24) 5733 (24) 5633 (24) 5553 (24) 5539 (24) 8214 (24) 6843 (24) 6834 (24) 6233 (24) 6134 (23) 3752 (23) 5737 (23) 1329 (23) 5658 (22) 7269 (22) 8278 (22) 5822 (21) 2161 (21) 5749 (20) 1207 (19) 4987 (19) 5034 (18) 711 (18) 500 (18) 1342 (17) 1221 (16) 4965 (15) 4721 (15) 6560 (15) 3200 (14) 8353 (14) 4151 (14) 1589 (13) 4923 (13) 1586 (12) 1167 (11) 5038 (11) 4767 (11) 2581 (11) 521 (11) 516 (11) 2488 (11) 8070 (10) 5752 (10) 1569 (10) 4798 (10) 5161 (10) 1568 (9) 4754 (9) 556 (9) 6543 (9) 2264 (9) 8032 (8) 8029 (8) 1209 (8) 1197 (8) 5279 (8) 5278 (8) 5022 (8) 515 (8) 510 (8) 2123 (8) 4069 (7) 3716 (7) 7039 (7) 4785 (7) 2157 (7) 4526 (7) 4101 (7) 4039 (6) 4009 (6) 8040 (6) 5857 (6) 1262 (6) 3216 (6) 1059 (6) 4998 (6) 7026 (6) 4948 (6) 4941 (6) 561 (6) 365 (6) 4365 (6) 4337 (6) 4098 (6) 4088 (5) 7088 (5) 7071 (5) 4958 (5) 2151 (5) 487 (5) 482 (5) 466 (5) 2107 (5) 6433 (5) 4100 (5) 2090 (5) 237 (5) 2282 (5) 2277 (5) 2266 (5) 2262 (5) 2258 (5) 2254 (5) 2082 (5) 2239 (5) 2237 (5) 2236 (5) 2079 (5) 2223 (5) 2075 (5) 2206 (5) 2191 (5) 138 (5) 2176 (5) 2128 (5) 4141 (5) 2092 (5) 4079 (4) 4066 (4) 1999 (4) 3983 (4) 1877 (4) 8017 (4) 3742 (4) 3730 (4) 6413 (4) 1563 (4) 7086 (4) 1471 (4) 1404 (4) 1274 (4) 5049 (4) 4905 (4) 4902 (4) 1048 (4) 4797 (4) 6750 (4) 6743 (4) 3163 (4) 470 (4) 6577 (4) 4471 (4) 292 (4) 4351 (4) 4131 (4) 4270 (4) 117 (4) 4111 (4) 4090 (3) 4067 (3) 4061 (3) 8112 (3) 4015 (3) 1874 (3) 5819 (3) 7837 (3) 5260 (3) 4130 (3) 1067 (3) 5160 (3) 3047 (3) 6744 (3) 6608 (3) 4490 (3) 4481 (3) 4467 (3) 4419 (3) 8414 (3) 8413 (3) 155 (3) 4250 (3) 4235 (3) 2037 (2) 2009 (2) 6100 (2) 6098 (2) 6097 (2) 6096 (2) 6091 (2) 1987 (2) 8020 (2) 4395 (2) 3717 (2) 6759 (2) 1525 (2) 6739 (2) 1467 (2) 6729 (2) 1439 (2) 4205 (2) 6705 (2) 4312 (2) 7438 (2) 4113 (2) 5259 (2) 3187 (2) 4283 (2) 3154 (2) 3101 (2) 4271 (2) 3085 (2) 5126 (2) 3075 (2) 3071 (2) 3066 (2) 3065 (2) 3063 (2) 3057 (2) 3049 (2) 5088 (2) 3038 (2) 3025 (2) 3007 (2) 158 (2) 2203 (2) 6995 (2) 6994 (2) 4930 (2) 6976 (2) 4908 (2) 4847 (2) 4818 (2) 5138 (2) 4747 (2) 6772 (2) 4697 (2) 6735 (2) 6726 (2) 6701 (2) 6696 (2) 6683 (2) 6682 (2) 6666 (2) 6638 (2) 6619 (2) 6609 (2) 6607 (2) 4525 (2) 4470 (2) 4456 (2) 4409 (2) 298 (2) 233 (2) 8409 (2) 4309 (2) 4304 (2) 4303 (2) 4258 (2) 146 (2) 109 (2) 2133 (2) 2122 (2) 0 (2) 2035 (1) 2034 (1) 2033 (1) 6123 (1) 2025 (1) 2022 (1) 1992 (1) 6082 (1) 2027 (1) 1913 (1) 1912 (1) 3955 (1) 1875 (1) 4406 (1) 1779 (1) 1778 (1) 4287 (1) 3741 (1) 3788 (1) 5068 (1) 3764 (1) 3763 (1) 3762 (1) 3761 (1) 3760 (1) 3759 (1) 3753 (1) 3747 (1) 3745 (1) 3728 (1) 3727 (1) 3691 (1) 3705 (1) 5054 (1) 3688 (1) 3687 (1) 3684 (1) 3667 (1) 3665 (1) 3664 (1) 5045 (1) 1575 (1) 4696 (1) 4695 (1) 1522 (1) 1508 (1) 1507 (1) 4344 (1) 1472 (1) 1468 (1) 1442 (1) 1440 (1) 1402 (1) 1401 (1) 5418 (1) 5385 (1) 5367 (1) 5355 (1) 3285 (1) 3284 (1) 1220 (1) 4199 (1) 3210 (1) 3208 (1) 4289 (1) 5250 (1) 5249 (1) 3197 (1) 3195 (1) 1876 (1) 3193 (1) 1116 (1) 1115 (1) 3162 (1) 3143 (1) 7209 (1) 1054 (1) 5148 (1) 5144 (1) 7191 (1) 7186 (1) 7185 (1) 7184 (1) 3083 (1) 7176 (1) 5124 (1) 5107 (1) 5106 (1) 3051 (1) 3050 (1) 3048 (1) 998 (1) 3044 (1) 7138 (1) 7135 (1) 7132 (1) 3035 (1) 7130 (1) 7129 (1) 3028 (1) 7123 (1) 3026 (1) 3023 (1) 7117 (1) 3020 (1) 3019 (1) 7110 (1) 7109 (1) 7105 (1) 7104 (1) 3006 (1) 5047 (1) 5046 (1) 946 (1) 898 (1) 4992 (1) 5143 (1) 4233 (1) 4254 (1) 3202 (1) 3201 (1) 6881 (1) 1873 (1) 4209 (1) 6746 (1) 4691 (1) 6712 (1) 6711 (1) 6706 (1) 6698 (1) 6694 (1) 6678 (1) 6633 (1) 6627 (1) 6601 (1) 455 (1) 6588 (1) 4524 (1) 6547 (1) 4479 (1) 6626 (1) 4407 (1) 4147 (1) 4146 (1) 299 (1) 291 (1) 4369 (1) 6410 (1) 6527 (1) 4345 (1) 240 (1) 232 (1) 8404 (1) 4298 (1) 4296 (1) 4294 (1) 4128 (1) 4288 (1) 4286 (1) 4278 (1) 4124 (1) 4264 (1) 2212 (1) 161 (1) 4256 (1) 4255 (1) 4253 (1) 153 (1) 152 (1) 145 (1) 144 (1) 137 (1) 135 (1) 134 (1) 133 (1) 2179 (1) 4225 (1) 106 (1) 4197 (1) 2064 (1) 4184 (1) 1035 (1) 4158 (1) 4157 (1) 54 (1) 53 (1) 52 (1) 51 (1) 50 (1) 49 (1) 48 (1) 46 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 37 (1) 36 (1) 35 (1) 34 (1) 33 (1) 32 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 22 (1) 21 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 5 (1) 4 (1) 3 (1) 2 (1) 1 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2