Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 3 Segments (05.1-cluster)

Cluster #structures
6371 235
7091 126
2556 111
2655 102
6057 97
954 96
7997 94
3431 89
1846 87
7735 85
851 84
1782 80
7537 78
3270 77
6469 75
6800 72
6522 71
4983 68
6798 68
6517 68
1907 66
980 64
3411 63
7255 63
120 63
1973 62
5222 62
947 62
3489 61
3466 61
7231 61
2298 61
2454 60
8008 60
975 60
3363 60
3337 60
7689 60
3329 60
3490 60
3371 60
7728 60
7241 60
870 60
848 60
7285 60
7276 60
615 60
7263 60
435 60
2290 60
6789 56
3360 55
6805 55
317 46
3233 45
644 44
4575 41
3267 40
6444 40
6523 38
6774 38
6247 37
7846 35
5714 34
970 32
1366 32
3262 31
2996 30
5547 30
509 28
497 27
6403 27
3858 26
3856 26
5703 26
6324 26
5423 26
2922 26
5878 25
6005 25
2877 25
Small clusters (size < 25)
5705 (24) 1566 (24) 5633 (24) 5553 (24) 5543 (24) 5499 (24) 8214 (24) 4882 (24) 6365 (24) 8252 (24) 5977 (23) 5829 (23) 5737 (23) 5717 (23) 5702 (23) 5567 (23) 5517 (23) 6834 (23) 5807 (22) 5733 (22) 5658 (22) 5524 (22) 7269 (22) 5167 (22) 5156 (22) 3939 (22) 6013 (22) 5822 (21) 5539 (21) 5821 (20) 3782 (19) 1565 (18) 7034 (18) 5904 (18) 2031 (18) 711 (18) 5974 (17) 1414 (17) 1556 (16) 7094 (16) 5905 (15) 1567 (15) 7863 (15) 1351 (14) 8353 (14) 2887 (14) 4151 (14) 5686 (13) 4936 (13) 6637 (13) 2010 (12) 5451 (12) 1425 (12) 5034 (12) 3174 (12) 4751 (11) 1205 (11) 1993 (11) 521 (11) 2488 (11) 4437 (11) 1363 (10) 7869 (10) 1576 (10) 1356 (10) 1225 (10) 5026 (10) 567 (10) 2581 (10) 2410 (10) 4740 (9) 1571 (9) 1365 (9) 8225 (9) 5255 (9) 5161 (9) 4924 (9) 4922 (9) 514 (9) 493 (9) 8213 (9) 5091 (9) 7830 (8) 1554 (8) 5009 (8) 5279 (8) 840 (8) 4837 (8) 4810 (8) 4798 (8) 6841 (8) 4744 (8) 584 (8) 2462 (8) 2263 (8) 4062 (7) 8029 (7) 1580 (7) 1265 (7) 7066 (7) 1375 (7) 1237 (7) 1260 (7) 1206 (7) 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(3) 5180 (3) 5120 (3) 7143 (3) 4960 (3) 4234 (3) 8413 (3) 4048 (3) 4505 (3) 4502 (3) 4499 (3) 4494 (3) 4490 (3) 4487 (3) 4473 (3) 369 (3) 4459 (3) 4450 (3) 4448 (3) 6491 (3) 4422 (3) 4419 (3) 4414 (3) 4405 (3) 4371 (3) 251 (3) 4340 (3) 237 (3) 4332 (3) 8414 (3) 195 (3) 2210 (3) 4193 (3) 8177 (2) 6126 (2) 8157 (2) 8155 (2) 6103 (2) 6102 (2) 8146 (2) 6086 (2) 6085 (2) 5108 (2) 6691 (2) 8105 (2) 8096 (2) 8075 (2) 2032 (2) 8071 (2) 8061 (2) 8052 (2) 8040 (2) 5777 (2) 8036 (2) 8035 (2) 4409 (2) 8020 (2) 3724 (2) 6451 (2) 7133 (2) 8241 (2) 4397 (2) 8175 (2) 3814 (2) 4386 (2) 5819 (2) 3730 (2) 5766 (2) 5053 (2) 5050 (2) 5048 (2) 2998 (2) 4213 (2) 6489 (2) 1589 (2) 5680 (2) 8114 (2) 6745 (2) 6744 (2) 1539 (2) 8166 (2) 6739 (2) 1480 (2) 5095 (2) 8091 (2) 3310 (2) 6624 (2) 6717 (2) 7050 (2) 8410 (2) 7438 (2) 4271 (2) 4311 (2) 5362 (2) 6347 (2) 1563 (2) 4975 (2) 5260 (2) 5259 (2) 3199 (2) 5233 (2) 4285 (2) 3163 (2) 3076 (2) 3155 (2) 5195 (2) 3105 (2) 6241 (2) 3061 (2) 3055 (2) 3034 (2) 7112 (2) 3005 (2) 6641 (2) 5691 (2) 4248 (2) 5002 (2) 4245 (2) 4979 (2) 4976 (2) 4241 (2) 7002 (2) 6628 (2) 4940 (2) 4934 (2) 3891 (2) 4906 (2) 4902 (2) 6911 (2) 2003 (2) 4849 (2) 6608 (2) 1051 (2) 4818 (2) 4795 (2) 1046 (2) 4551 (2) 4114 (2) 4743 (2) 4732 (2) 8409 (2) 4112 (2) 6740 (2) 6584 (2) 6731 (2) 6729 (2) 6726 (2) 4664 (2) 6708 (2) 6705 (2) 6702 (2) 6701 (2) 6683 (2) 6681 (2) 4628 (2) 6670 (2) 6666 (2) 6638 (2) 6609 (2) 4556 (2) 6585 (2) 6575 (2) 4258 (2) 6560 (2) 6559 (2) 4484 (2) 386 (2) 4470 (2) 4417 (2) 295 (2) 287 (2) 4364 (2) 4339 (2) 4337 (2) 2278 (2) 4316 (2) 4304 (2) 4297 (2) 4280 (2) 4270 (2) 4266 (2) 4264 (2) 4262 (2) 2213 (2) 4250 (2) 147 (2) 4242 (2) 2169 (2) 4214 (2) 3773 (2) 109 (2) 4201 (2) 4192 (2) 4111 (2) 8278 (2) 3086 (2) 2127 (2) 44 (2) 3014 (1) 5046 (1) 2036 (1) 2034 (1) 1991 (1) 3069 (1) 2027 (1) 2025 (1) 6120 (1) 6119 (1) 1779 (1) 3749 (1) 6750 (1) 5045 (1) 6104 (1) 6101 (1) 6100 (1) 6099 (1) 6097 (1) 6096 (1) 6095 (1) 6093 (1) 6092 (1) 6091 (1) 8386 (1) 6084 (1) 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4254 (1) 946 (1) 4123 (1) 4253 (1) 4259 (1) 7061 (1) 2008 (1) 7056 (1) 1053 (1) 4246 (1) 898 (1) 4992 (1) 891 (1) 890 (1) 6633 (1) 5144 (1) 4302 (1) 4229 (1) 1052 (1) 3088 (1) 4239 (1) 3047 (1) 1874 (1) 6981 (1) 6977 (1) 6964 (1) 4233 (1) 4232 (1) 4287 (1) 7193 (1) 4231 (1) 2181 (1) 7111 (1) 1049 (1) 3202 (1) 5106 (1) 3201 (1) 4566 (1) 5072 (1) 7186 (1) 1048 (1) 3162 (1) 3197 (1) 7117 (1) 4217 (1) 3015 (1) 1473 (1) 3046 (1) 1873 (1) 2023 (1) 3185 (1) 3023 (1) 3091 (1) 3755 (1) 1476 (1) 3073 (1) 3090 (1) 1471 (1) 5088 (1) 6772 (1) 6771 (1) 6770 (1) 6769 (1) 6767 (1) 6766 (1) 6764 (1) 3021 (1) 6756 (1) 6755 (1) 6754 (1) 6753 (1) 6752 (1) 6749 (1) 6748 (1) 6747 (1) 4698 (1) 4697 (1) 4696 (1) 4694 (1) 4693 (1) 4691 (1) 6736 (1) 6734 (1) 6730 (1) 6725 (1) 6714 (1) 6713 (1) 6710 (1) 6706 (1) 6700 (1) 6698 (1) 1116 (1) 2064 (1) 6693 (1) 1115 (1) 6685 (1) 4314 (1) 6679 (1) 6678 (1) 6675 (1) 6673 (1) 1453 (1) 4313 (1) 3017 (1) 5131 (1) 3085 (1) 1039 (1) 6627 (1) 4565 (1) 4107 (1) 6601 (1) 455 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(1) 106 (1) 3072 (1) 4197 (1) 4196 (1) 4184 (1) 4183 (1) 4173 (1) 4108 (1) 2115 (1) 2114 (1) 6209 (1) 4106 (1) 4153 (1) 4298 (1) 54 (1) 53 (1) 52 (1) 51 (1) 50 (1) 49 (1) 48 (1) 47 (1) 46 (1) 4139 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 37 (1) 36 (1) 35 (1) 34 (1) 33 (1) 32 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 22 (1) 21 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 8 (1) 7 (1) 5 (1) 4 (1) 3 (1) 2 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2