Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
Browse Database
Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 2 Segments (10.1-cluster)

Cluster #structures
3158 465
8137 409
4355 330
172 239
6213 213
564 196
4396 144
1635 139
6824 138
2062 138
5488 137
6401 137
3306 135
2732 133
368 133
6245 132
288 130
5961 128
7103 122
519 121
116 121
165 120
5594 119
8079 118
4440 115
2656 108
241 102
3780 93
8145 90
3888 88
7502 79
6482 77
3390 75
497 71
3396 70
4021 69
7166 62
3584 62
5608 61
887 61
461 61
1994 60
3613 60
3550 60
1265 60
7463 60
7437 60
1280 60
3531 60
7997 59
6679 59
5607 56
3538 56
6596 56
7165 55
3391 51
3392 48
5331 48
7014 48
6050 47
1124 44
7099 44
211 44
3132 43
6162 43
5710 41
4964 41
653 41
2621 40
1168 38
6747 37
4873 34
1946 30
7955 30
5639 29
4501 29
5918 28
1189 28
1567 25
Small clusters (size < 25)
5738 (24) 5648 (24) 7178 (24) 7125 (24) 5007 (24) 5743 (23) 5715 (23) 7069 (23) 671 (23) 3869 (22) 1483 (19) 8281 (19) 3361 (18) 5330 (18) 7207 (18) 4294 (18) 8103 (17) 1559 (16) 656 (16) 3356 (15) 6059 (14) 1179 (14) 2219 (14) 3884 (13) 1018 (13) 4183 (13) 5134 (12) 210 (12) 1556 (11) 4092 (10) 5769 (10) 4930 (10) 1820 (10) 2522 (10) 2350 (9) 8213 (9) 3813 (8) 1542 (8) 5345 (8) 3156 (8) 5096 (8) 4503 (8) 8108 (7) 3450 (7) 1390 (7) 224 (7) 4958 (7) 3460 (6) 1363 (6) 7247 (6) 5155 (6) 8376 (6) 4266 (6) 7684 (5) 3489 (5) 7583 (5) 5386 (5) 3332 (5) 5240 (5) 3130 (5) 633 (5) 2510 (5) 2472 (5) 2425 (5) 2424 (5) 2348 (5) 2353 (5) 2346 (5) 2308 (5) 1581 (4) 1449 (4) 6966 (4) 6892 (4) 4548 (4) 6784 (4) 4689 (4) 2401 (4) 5911 (3) 5840 (3) 1664 (3) 8452 (3) 3335 (3) 7415 (3) 3308 (3) 3256 (3) 3241 (3) 5196 (3) 4662 (3) 4610 (3) 4596 (3) 4587 (3) 4540 (3) 4469 (3) 4153 (3) 4147 (3) 8422 (3) 4133 (3) 2250 (3) 4252 (3) 79 (3) 8203 (3) 3847 (2) 1754 (2) 1571 (2) 5538 (2) 3466 (2) 3322 (2) 3313 (2) 1238 (2) 1237 (2) 3250 (2) 3249 (2) 3239 (2) 3227 (2) 3203 (2) 5242 (2) 3191 (2) 3188 (2) 5227 (2) 5225 (2) 1067 (2) 5147 (2) 1020 (2) 5094 (2) 3237 (2) 3236 (2) 7038 (2) 4913 (2) 6948 (2) 4872 (2) 4859 (2) 6886 (2) 6882 (2) 6876 (2) 6857 (2) 6855 (2) 6807 (2) 6795 (2) 4667 (2) 4658 (2) 2471 (2) 4517 (2) 4485 (2) 4482 (2) 4431 (2) 8469 (2) 2266 (2) 8217 (2) 6266 (2) 6264 (2) 6254 (2) 6252 (2) 2 (2) 7332 (1) 3894 (1) 3871 (1) 3868 (1) 3851 (1) 3849 (1) 1791 (1) 3827 (1) 3815 (1) 1761 (1) 3797 (1) 1651 (1) 1647 (1) 1638 (1) 5540 (1) 3482 (1) 3478 (1) 5524 (1) 5354 (1) 5427 (1) 5425 (1) 3365 (1) 3364 (1) 3351 (1) 3323 (1) 3320 (1) 7407 (1) 7393 (1) 7391 (1) 1235 (1) 1234 (1) 7370 (1) 7369 (1) 7366 (1) 3264 (1) 7359 (1) 7357 (1) 5303 (1) 5302 (1) 5291 (1) 5290 (1) 5284 (1) 5278 (1) 7325 (1) 7322 (1) 3219 (1) 5255 (1) 3204 (1) 5245 (1) 3184 (1) 5231 (1) 1119 (1) 5190 (1) 5188 (1) 5180 (1) 5179 (1) 5176 (1) 5175 (1) 1022 (1) 7337 (1) 1004 (1) 1002 (1) 5277 (1) 4593 (1) 6988 (1) 6987 (1) 6964 (1) 4885 (1) 4883 (1) 6917 (1) 6859 (1) 703 (1) 4721 (1) 6757 (1) 4614 (1) 4603 (1) 4602 (1) 4600 (1) 4585 (1) 4584 (1) 4583 (1) 4580 (1) 4572 (1) 4553 (1) 4533 (1) 408 (1) 407 (1) 4488 (1) 4447 (1) 5178 (1) 4441 (1) 4437 (1) 4425 (1) 4424 (1) 4409 (1) 3802 (1) 4380 (1) 8462 (1) 8450 (1) 2090 (1) 4321 (1) 4320 (1) 4317 (1) 2268 (1) 2267 (1) 2263 (1) 2261 (1) 4304 (1) 2253 (1) 2248 (1) 195 (1) 2242 (1) 2080 (1) 2235 (1) 162 (1) 96 (1) 95 (1) 94 (1) 2132 (1) 77 (1) 74 (1) 73 (1) 72 (1) 71 (1) 70 (1) 69 (1) 68 (1) 67 (1) 66 (1) 65 (1) 64 (1) 63 (1) 62 (1) 61 (1) 59 (1) 58 (1) 57 (1) 56 (1) 55 (1) 54 (1) 53 (1) 52 (1) 51 (1) 50 (1) 49 (1) 48 (1) 47 (1) 46 (1) 45 (1) 44 (1) 43 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 37 (1) 2084 (1) 33 (1) 32 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 22 (1) 21 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 15 (1) 14 (1) 13 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2