Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 1 Segments (05.1-cluster)

Cluster #structures
6623 765
1422 566
16 473
4215 390
7362 160
2556 148
542 138
3408 119
2856 114
828 111
2670 109
7616 104
7277 103
3382 94
1576 94
1245 87
1024 86
1041 86
1194 78
7984 77
1258 71
7218 70
156 70
1620 69
574 67
3300 66
6508 66
6926 65
2580 62
7936 61
6279 61
3526 60
3429 60
5450 60
3446 59
3430 59
442 58
6484 58
5393 56
258 55
8197 52
6082 51
4911 51
7621 50
6072 46
486 46
5818 44
5996 43
563 42
4889 39
1110 39
7141 37
761 37
1306 36
6614 34
305 34
4200 34
385 33
6108 32
4731 32
4221 32
5952 30
2887 29
1116 29
6104 27
6011 27
1474 27
2980 27
1015 26
7022 25
4931 25
Small clusters (size < 25)
3905 (24) 5714 (24) 5645 (24) 5365 (23) 2912 (23) 5668 (22) 5313 (22) 6970 (20) 3836 (19) 1471 (19) 3752 (19) 1477 (19) 5438 (18) 7234 (18) 6058 (15) 7147 (15) 2523 (15) 4431 (15) 6366 (15) 5112 (14) 5414 (14) 1334 (14) 5392 (13) 8201 (13) 1689 (12) 5188 (12) 7117 (12) 3681 (11) 5753 (11) 5724 (11) 5659 (11) 1459 (11) 1262 (11) 743 (11) 690 (11) 8272 (11) 4537 (11) 2239 (11) 1761 (10) 1335 (10) 5073 (10) 4933 (10) 1698 (9) 3647 (9) 5413 (9) 5160 (9) 767 (9) 756 (9) 390 (9) 6473 (9) 8108 (8) 1917 (8) 7125 (8) 5345 (8) 5297 (8) 5165 (8) 5134 (8) 4037 (7) 7115 (7) 7076 (7) 7173 (7) 7138 (7) 949 (7) 4943 (7) 4906 (7) 6946 (7) 4549 (7) 3994 (7) 2308 (7) 102 (7) 3881 (6) 1509 (6) 1473 (6) 1454 (6) 4107 (6) 1355 (6) 1353 (6) 1302 (6) 1277 (6) 4879 (6) 698 (6) 1354 (6) 587 (6) 6446 (6) 4483 (6) 2222 (6) 4027 (5) 7155 (5) 5725 (5) 3986 (5) 1766 (5) 3324 (5) 5331 (5) 3207 (5) 7205 (5) 7179 (5) 7165 (5) 7143 (5) 5057 (5) 7185 (5) 6866 (5) 663 (5) 658 (5) 654 (5) 646 (5) 2487 (5) 2473 (5) 2467 (5) 2462 (5) 4164 (5) 2456 (5) 2439 (5) 2435 (5) 2431 (5) 2426 (5) 6517 (5) 2418 (5) 2413 (5) 2411 (5) 2407 (5) 2399 (5) 2389 (5) 2378 (5) 2375 (5) 2374 (5) 2369 (5) 279 (5) 2325 (5) 2312 (5) 2289 (5) 190 (5) 189 (5) 188 (5) 2235 (5) 2210 (5) 2197 (5) 2191 (5) 2160 (5) 2159 (5) 4053 (4) 8125 (4) 4024 (4) 5775 (4) 5083 (4) 7924 (4) 3802 (4) 1558 (4) 5534 (4) 5351 (4) 7297 (4) 4167 (4) 7229 (4) 7220 (4) 3113 (4) 7195 (4) 5139 (4) 5124 (4) 3066 (4) 984 (4) 5052 (4) 4881 (4) 4672 (4) 4617 (4) 4596 (4) 4595 (4) 1438 (4) 2429 (4) 4159 (4) 4467 (4) 2410 (4) 2402 (4) 6212 (4) 4212 (4) 4171 (4) 4074 (3) 4073 (3) 4045 (3) 5931 (3) 1991 (3) 5106 (3) 4004 (3) 3996 (3) 2713 (3) 3933 (3) 3895 (3) 3817 (3) 5058 (3) 3720 (3) 1419 (3) 1578 (3) 1533 (3) 4047 (3) 1612 (3) 4001 (3) 5528 (3) 5410 (3) 5403 (3) 4132 (3) 7339 (3) 4604 (3) 5261 (3) 8378 (3) 7206 (3) 4575 (3) 4459 (3) 2681 (3) 6765 (3) 4193 (3) 4191 (3) 4642 (3) 4185 (3) 4621 (3) 4620 (3) 4585 (3) 4578 (3) 4576 (3) 4568 (3) 4528 (3) 4526 (3) 4518 (3) 4511 (3) 410 (3) 4502 (3) 4157 (3) 4443 (3) 4412 (3) 4344 (3) 4123 (3) 363 (3) 4112 (3) 91 (3) 4172 (3) 4170 (3) 4104 (3) 3063 (2) 8134 (2) 8114 (2) 4016 (2) 8111 (2) 8095 (2) 5103 (2) 8090 (2) 8050 (2) 8036 (2) 1339 (2) 3045 (2) 8012 (2) 5086 (2) 5937 (2) 4401 (2) 3034 (2) 3860 (2) 6445 (2) 3844 (2) 1768 (2) 3803 (2) 7823 (2) 3009 (2) 3662 (2) 3661 (2) 5692 (2) 1629 (2) 1542 (2) 5524 (2) 5391 (2) 5349 (2) 5339 (2) 1226 (2) 5257 (2) 6677 (2) 7288 (2) 7278 (2) 1130 (2) 3161 (2) 5173 (2) 3104 (2) 3100 (2) 7189 (2) 3089 (2) 3082 (2) 3080 (2) 3079 (2) 7174 (2) 3071 (2) 3065 (2) 3058 (2) 3054 (2) 3048 (2) 986 (2) 3029 (2) 3020 (2) 3010 (2) 6987 (2) 4914 (2) 4867 (2) 6895 (2) 4837 (2) 6873 (2) 3075 (2) 6859 (2) 6855 (2) 6832 (2) 6822 (2) 4763 (2) 6809 (2) 6804 (2) 6782 (2) 6759 (2) 4697 (2) 6726 (2) 6717 (2) 4655 (2) 5210 (2) 6681 (2) 6659 (2) 4521 (2) 6225 (2) 4565 (2) 2497 (2) 4493 (2) 7172 (2) 4419 (2) 6393 (2) 231 (2) 4321 (2) 2084 (2) 6164 (2) 4213 (2) 69 (2) 8260 (2) 6166 (2) 6158 (2) 2049 (2) 4084 (1) 2027 (1) 2021 (1) 2000 (1) 8143 (1) 1996 (1) 1992 (1) 1987 (1) 3056 (1) 3992 (1) 3982 (1) 8384 (1) 3976 (1) 3051 (1) 4428 (1) 5977 (1) 3042 (1) 3041 (1) 1671 (1) 7978 (1) 6790 (1) 5909 (1) 3128 (1) 3813 (1) 3807 (1) 3804 (1) 3791 (1) 3789 (1) 3787 (1) 3786 (1) 3785 (1) 3784 (1) 3783 (1) 1733 (1) 1729 (1) 1728 (1) 3771 (1) 1993 (1) 3762 (1) 7853 (1) 7846 (1) 7845 (1) 1989 (1) 3733 (1) 3726 (1) 3716 (1) 1667 (1) 1666 (1) 7798 (1) 1653 (1) 3688 (1) 3687 (1) 1636 (1) 1633 (1) 1630 (1) 3677 (1) 3675 (1) 1624 (1) 3668 (1) 3667 (1) 3660 (1) 3658 (1) 5388 (1) 3655 (1) 3645 (1) 3643 (1) 3641 (1) 3640 (1) 3639 (1) 1628 (1) 1560 (1) 3076 (1) 3317 (1) 8193 (1) 5362 (1) 5541 (1) 5540 (1) 5539 (1) 5533 (1) 5532 (1) 5530 (1) 5525 (1) 5523 (1) 5520 (1) 5517 (1) 5515 (1) 5514 (1) 5511 (1) 5509 (1) 4670 (1) 8366 (1) 1378 (1) 229 (1) 223 (1) 5430 (1) 3378 (1) 6365 (1) 3364 (1) 3363 (1) 3359 (1) 6181 (1) 5399 (1) 3348 (1) 5394 (1) 3342 (1) 3340 (1) 5385 (1) 3991 (1) 5383 (1) 5370 (1) 5366 (1) 3316 (1) 3315 (1) 3314 (1) 1915 (1) 3295 (1) 6315 (1) 1672 (1) 5328 (1) 1227 (1) 1222 (1) 1221 (1) 4637 (1) 3246 (1) 5290 (1) 7337 (1) 5279 (1) 5278 (1) 5276 (1) 7323 (1) 5274 (1) 5272 (1) 5269 (1) 3219 (1) 5266 (1) 5262 (1) 5258 (1) 3197 (1) 7289 (1) 5237 (1) 7283 (1) 7282 (1) 7281 (1) 5232 (1) 7275 (1) 7270 (1) 6331 (1) 5216 (1) 3166 (1) 5212 (1) 3162 (1) 3160 (1) 7255 (1) 3158 (1) 5205 (1) 3156 (1) 3155 (1) 3154 (1) 7248 (1) 3151 (1) 3149 (1) 3148 (1) 3147 (1) 5176 (1) 5175 (1) 5170 (1) 5168 (1) 5166 (1) 1066 (1) 3111 (1) 3107 (1) 3106 (1) 4535 (1) 3101 (1) 3092 (1) 3087 (1) 3085 (1) 3084 (1) 3081 (1) 5123 (1) 3074 (1) 3072 (1) 3067 (1) 3064 (1) 3060 (1) 3059 (1) 6171 (1) 3055 (1) 3052 (1) 3049 (1) 3044 (1) 3043 (1) 993 (1) 991 (1) 3038 (1) 3036 (1) 3035 (1) 3028 (1) 3024 (1) 3023 (1) 3019 (1) 3018 (1) 3017 (1) 7112 (1) 3015 (1) 3014 (1) 3012 (1) 944 (1) 941 (1) 5275 (1) 3099 (1) 4982 (1) 4582 (1) 6909 (1) 6903 (1) 6901 (1) 6897 (1) 6892 (1) 6891 (1) 4838 (1) 6881 (1) 4831 (1) 4830 (1) 4829 (1) 4827 (1) 4814 (1) 4813 (1) 6161 (1) 4797 (1) 3184 (1) 6816 (1) 6813 (1) 4764 (1) 4749 (1) 626 (1) 625 (1) 3362 (1) 4700 (1) 4699 (1) 4696 (1) 440 (1) 2142 (1) 4650 (1) 4649 (1) 2139 (1) 432 (1) 430 (1) 6155 (1) 1995 (1) 3159 (1) 3086 (1) 4610 (1) 3157 (1) 6154 (1) 4580 (1) 4560 (1) 6606 (1) 4538 (1) 4536 (1) 4532 (1) 434 (1) 429 (1) 6571 (1) 4520 (1) 4514 (1) 4509 (1) 8259 (1) 4492 (1) 4491 (1) 4490 (1) 1990 (1) 372 (1) 4442 (1) 4433 (1) 334 (1) 4429 (1) 332 (1) 331 (1) 6198 (1) 8194 (1) 7239 (1) 6451 (1) 4394 (1) 4393 (1) 4392 (1) 4391 (1) 4388 (1) 4376 (1) 4347 (1) 4346 (1) 2087 (1) 230 (1) 2086 (1) 227 (1) 2085 (1) 221 (1) 1743 (1) 218 (1) 213 (1) 4282 (1) 4281 (1) 4280 (1) 4278 (1) 180 (1) 177 (1) 4272 (1) 4466 (1) 4267 (1) 170 (1) 4255 (1) 1028 (1) 6170 (1) 4248 (1) 6169 (1) 4246 (1) 144 (1) 138 (1) 4218 (1) 3091 (1) 4455 (1) 2151 (1) 2147 (1) 2146 (1) 95 (1) 94 (1) 2137 (1) 88 (1) 87 (1) 86 (1) 2133 (1) 2130 (1) 81 (1) 80 (1) 6156 (1) 71 (1) 67 (1) 66 (1) 65 (1) 64 (1) 63 (1) 62 (1) 61 (1) 59 (1) 58 (1) 57 (1) 56 (1) 55 (1) 54 (1) 53 (1) 2100 (1) 50 (1) 49 (1) 48 (1) 47 (1) 46 (1) 45 (1) 44 (1) 43 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 37 (1) 36 (1) 35 (1) 34 (1) 33 (1) 4128 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 6165 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 6159 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 2 (1) 1 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2