Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 1 Segments (05.0-cluster)

Cluster #structures
1119 2,156
3973 275
1524 203
5601 160
7362 160
542 138
860 137
1002 125
7753 116
4349 116
2670 109
6484 108
3380 106
7616 104
5951 103
1245 87
7047 85
8061 79
6386 78
5325 74
2990 72
1258 71
2745 71
156 70
574 67
6926 66
6508 66
3526 64
4945 62
2580 62
3429 61
277 61
1966 60
5450 60
1035 60
442 58
4818 56
258 55
5295 54
1024 52
6082 51
7621 50
486 46
7130 45
5818 44
1116 42
7141 41
5940 40
1187 39
6614 34
4199 34
6372 33
6108 32
4731 31
5952 30
6011 29
6104 27
1474 27
2980 27
5714 25
5630 25
Small clusters (size < 25)
5645 (24) 8126 (22) 5313 (22) 6970 (22) 4824 (21) 8373 (20) 1477 (19) 1462 (19) 5414 (19) 3350 (18) 1754 (18) 1648 (17) 3752 (16) 7356 (16) 5658 (15) 7147 (15) 2523 (15) 4108 (15) 4091 (14) 5112 (14) 1334 (14) 1750 (13) 671 (13) 4714 (13) 8201 (13) 7117 (12) 5043 (12) 7026 (12) 6107 (11) 1755 (11) 5753 (11) 1459 (11) 522 (11) 1381 (11) 4537 (11) 690 (11) 4469 (11) 1761 (10) 4969 (10) 630 (10) 4054 (9) 1529 (9) 678 (9) 663 (9) 390 (9) 6473 (9) 1917 (8) 5345 (8) 5165 (8) 3113 (8) 5134 (8) 99 (8) 8139 (7) 4037 (7) 3713 (7) 1304 (7) 949 (7) 4959 (7) 4617 (7) 4549 (7) 2358 (7) 2308 (7) 4232 (7) 8125 (6) 7155 (6) 3881 (6) 2325 (6) 7076 (6) 4107 (6) 1355 (6) 1289 (6) 1277 (6) 3183 (6) 4879 (6) 698 (6) 587 (6) 215 (6) 2222 (6) 1722 (6) 5083 (5) 3833 (5) 5725 (5) 1519 (5) 3324 (5) 5331 (5) 3166 (5) 7205 (5) 7179 (5) 7165 (5) 7143 (5) 658 (5) 646 (5) 4044 (5) 4634 (5) 6659 (5) 2487 (5) 2473 (5) 2467 (5) 2462 (5) 2456 (5) 4504 (5) 2439 (5) 2435 (5) 2431 (5) 6517 (5) 2413 (5) 2411 (5) 2407 (5) 2399 (5) 2389 (5) 2378 (5) 2375 (5) 2374 (5) 2372 (5) 2369 (5) 2312 (5) 6392 (5) 4342 (5) 2289 (5) 190 (5) 189 (5) 188 (5) 2235 (5) 2210 (5) 2197 (5) 2160 (5) 2159 (5) 4053 (4) 4024 (4) 7924 (4) 3802 (4) 5775 (4) 5351 (4) 4167 (4) 7229 (4) 7195 (4) 5139 (4) 5127 (4) 984 (4) 4881 (4) 737 (4) 4630 (4) 4605 (4) 4595 (4) 2429 (4) 4159 (4) 4467 (4) 2254 (4) 4212 (4) 4171 (4) 6212 (4) 4074 (3) 4073 (3) 4045 (3) 1991 (3) 3933 (3) 3895 (3) 5931 (3) 3873 (3) 3817 (3) 3720 (3) 1578 (3) 1533 (3) 1612 (3) 1467 (3) 1419 (3) 5403 (3) 1227 (3) 4132 (3) 7339 (3) 5261 (3) 8378 (3) 5173 (3) 4127 (3) 3066 (3) 6860 (3) 4047 (3) 2713 (3) 2681 (3) 4191 (3) 4642 (3) 6687 (3) 4621 (3) 4620 (3) 4585 (3) 4578 (3) 4575 (3) 4568 (3) 4528 (3) 4526 (3) 4518 (3) 4511 (3) 410 (3) 4157 (3) 4412 (3) 4389 (3) 4123 (3) 91 (3) 4172 (3) 4170 (3) 4104 (3) 8134 (2) 5385 (2) 8114 (2) 4016 (2) 8111 (2) 8095 (2) 8090 (2) 8050 (2) 8036 (2) 1339 (2) 3045 (2) 8012 (2) 5086 (2) 5937 (2) 3034 (2) 3860 (2) 3844 (2) 1768 (2) 1766 (2) 3767 (2) 3662 (2) 3660 (2) 3651 (2) 5692 (2) 1629 (2) 1542 (2) 1438 (2) 5530 (2) 5524 (2) 5517 (2) 5339 (2) 1226 (2) 4978 (2) 5257 (2) 1130 (2) 5210 (2) 3161 (2) 986 (2) 3104 (2) 3089 (2) 3082 (2) 3080 (2) 7172 (2) 3071 (2) 3065 (2) 3058 (2) 3054 (2) 3048 (2) 3029 (2) 3020 (2) 3075 (2) 3010 (2) 3009 (2) 6987 (2) 4914 (2) 6895 (2) 4837 (2) 4814 (2) 6834 (2) 6832 (2) 4763 (2) 6804 (2) 6782 (2) 4697 (2) 6717 (2) 4655 (2) 430 (2) 6225 (2) 4565 (2) 6607 (2) 2497 (2) 4539 (2) 4493 (2) 4492 (2) 4419 (2) 4401 (2) 6447 (2) 6445 (2) 383 (2) 6393 (2) 231 (2) 3076 (2) 1743 (2) 2084 (2) 6169 (2) 8329 (2) 6164 (2) 4213 (2) 69 (2) 6155 (2) 6166 (2) 6158 (2) 4084 (1) 2027 (1) 2021 (1) 2000 (1) 8143 (1) 1996 (1) 1993 (1) 1992 (1) 1987 (1) 3056 (1) 3992 (1) 3991 (1) 3982 (1) 5977 (1) 3041 (1) 6881 (1) 5909 (1) 5515 (1) 3813 (1) 3807 (1) 3804 (1) 3791 (1) 3789 (1) 3787 (1) 3785 (1) 3162 (1) 3783 (1) 1734 (1) 1733 (1) 1995 (1) 1729 (1) 1728 (1) 3771 (1) 3762 (1) 7853 (1) 7846 (1) 7845 (1) 1989 (1) 3733 (1) 3726 (1) 1671 (1) 1667 (1) 1666 (1) 7798 (1) 1653 (1) 3688 (1) 3687 (1) 1636 (1) 1633 (1) 1628 (1) 3675 (1) 1624 (1) 3668 (1) 3667 (1) 3658 (1) 3340 (1) 3655 (1) 3650 (1) 3645 (1) 3643 (1) 3640 (1) 3639 (1) 1560 (1) 4347 (1) 3657 (1) 5541 (1) 5540 (1) 5539 (1) 5533 (1) 5532 (1) 5523 (1) 5520 (1) 5514 (1) 5511 (1) 5509 (1) 5508 (1) 4670 (1) 1378 (1) 229 (1) 7512 (1) 223 (1) 3378 (1) 3363 (1) 3362 (1) 3359 (1) 6181 (1) 3348 (1) 5394 (1) 5388 (1) 5383 (1) 6180 (1) 5370 (1) 3317 (1) 3316 (1) 3315 (1) 3314 (1) 1915 (1) 3295 (1) 6315 (1) 1672 (1) 5328 (1) 1222 (1) 3246 (1) 5290 (1) 7337 (1) 5279 (1) 5278 (1) 5276 (1) 7323 (1) 5274 (1) 5272 (1) 5269 (1) 3219 (1) 5266 (1) 5262 (1) 3203 (1) 7289 (1) 7286 (1) 5237 (1) 7283 (1) 5232 (1) 7275 (1) 7270 (1) 6331 (1) 5216 (1) 3164 (1) 7255 (1) 5205 (1) 3155 (1) 3154 (1) 7248 (1) 3151 (1) 3149 (1) 3148 (1) 3147 (1) 6174 (1) 7227 (1) 3128 (1) 5170 (1) 1073 (1) 5168 (1) 5166 (1) 1066 (1) 3107 (1) 3101 (1) 8366 (1) 3087 (1) 3084 (1) 7174 (1) 4535 (1) 5123 (1) 3074 (1) 3067 (1) 3064 (1) 3060 (1) 3059 (1) 6171 (1) 3055 (1) 3053 (1) 3052 (1) 3049 (1) 3046 (1) 3043 (1) 3042 (1) 993 (1) 991 (1) 3038 (1) 3036 (1) 3035 (1) 985 (1) 3028 (1) 3024 (1) 3023 (1) 3022 (1) 3019 (1) 3018 (1) 3017 (1) 7112 (1) 3011 (1) 944 (1) 941 (1) 5275 (1) 3784 (1) 3099 (1) 3221 (1) 4982 (1) 6909 (1) 6903 (1) 6901 (1) 6900 (1) 6898 (1) 6892 (1) 4831 (1) 4830 (1) 4827 (1) 4813 (1) 4797 (1) 6813 (1) 4764 (1) 4749 (1) 626 (1) 625 (1) 2151 (1) 4700 (1) 440 (1) 2142 (1) 6156 (1) 4650 (1) 5212 (1) 2139 (1) 4637 (1) 3159 (1) 3157 (1) 6154 (1) 4580 (1) 4560 (1) 6606 (1) 4536 (1) 6571 (1) 4520 (1) 421 (1) 4514 (1) 4509 (1) 8259 (1) 4491 (1) 4480 (1) 1990 (1) 372 (1) 4466 (1) 5179 (1) 4442 (1) 4433 (1) 334 (1) 4429 (1) 332 (1) 331 (1) 7239 (1) 3079 (1) 6451 (1) 4391 (1) 4388 (1) 4376 (1) 4346 (1) 2087 (1) 230 (1) 2086 (1) 227 (1) 4321 (1) 2085 (1) 221 (1) 218 (1) 213 (1) 8384 (1) 4282 (1) 4278 (1) 4276 (1) 177 (1) 4272 (1) 4267 (1) 170 (1) 4255 (1) 6170 (1) 4248 (1) 4246 (1) 144 (1) 138 (1) 4218 (1) 3091 (1) 4455 (1) 2146 (1) 2145 (1) 95 (1) 94 (1) 2137 (1) 88 (1) 87 (1) 86 (1) 3086 (1) 2130 (1) 81 (1) 80 (1) 71 (1) 66 (1) 65 (1) 64 (1) 63 (1) 62 (1) 61 (1) 59 (1) 58 (1) 57 (1) 56 (1) 55 (1) 54 (1) 53 (1) 2100 (1) 50 (1) 49 (1) 48 (1) 47 (1) 46 (1) 45 (1) 44 (1) 43 (1) 42 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 38 (1) 37 (1) 36 (1) 35 (1) 34 (1) 33 (1) 4128 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 6165 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 6159 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 8193 (1) 2 (1) 1 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2