Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
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Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 4 Hairpins (05.1-cluster)

Cluster #structures
1258 494
1558 343
2986 221
3551 208
3580 103
950 97
3025 85
3032 72
3011 66
1555 63
534 60
1635 60
1567 60
3370 60
755 49
3005 40
128 40
1345 34
3056 33
764 33
1007 32
2596 29
3241 26
1481 25
Small clusters (size < 25)
3195 (24) 2696 (24) 396 (24) 826 (22) 361 (22) 702 (21) 2582 (21) 2707 (20) 3651 (17) 3282 (17) 7 (16) 625 (16) 829 (14) 3639 (12) 1020 (12) 800 (12) 792 (12) 3761 (11) 641 (11) 3623 (8) 3281 (8) 2597 (8) 2441 (8) 3017 (8) 1809 (7) 2359 (7) 2315 (7) 1894 (6) 1871 (6) 3721 (6) 1797 (6) 1762 (6) 3684 (6) 3302 (6) 3292 (6) 2599 (6) 2266 (6) 203 (6) 2239 (6) 2214 (6) 1951 (5) 1877 (5) 1669 (5) 3286 (5) 3271 (5) 1027 (5) 1156 (5) 1142 (5) 1141 (5) 1139 (5) 1137 (5) 1136 (5) 1135 (5) 1133 (5) 1130 (5) 1127 (5) 1126 (5) 1125 (5) 1124 (5) 1123 (5) 1120 (5) 1119 (5) 1114 (5) 1073 (5) 1062 (5) 1059 (5) 1057 (5) 2166 (5) 1098 (5) 342 (5) 2244 (5) 2200 (5) 2050 (5) 2133 (5) 2115 (4) 2014 (4) 2037 (4) 1869 (4) 1826 (4) 1773 (4) 3121 (4) 2647 (4) 3358 (4) 3356 (4) 3276 (4) 3087 (4) 2980 (4) 931 (4) 2972 (4) 2969 (4) 2968 (4) 2792 (4) 2790 (4) 2782 (4) 703 (4) 699 (4) 682 (4) 2607 (4) 2583 (4) 2575 (4) 2417 (4) 2384 (4) 2335 (4) 2333 (4) 227 (4) 219 (4) 2223 (4) 2073 (4) 2191 (4) 2058 (3) 2107 (3) 2021 (3) 2015 (3) 2013 (3) 1893 (3) 1870 (3) 1866 (3) 1862 (3) 1860 (3) 1839 (3) 1837 (3) 1825 (3) 1787 (3) 3804 (3) 2987 (3) 1529 (3) 1367 (3) 3232 (3) 762 (3) 500 (3) 2114 (3) 2098 (3) 2097 (3) 2095 (3) 2279 (3) 200 (3) 2069 (3) 2068 (3) 2066 (3) 2064 (3) 2113 (2) 2111 (2) 57 (2) 50 (2) 38 (2) 15 (2) 2056 (2) 2002 (2) 2000 (2) 1996 (2) 1973 (2) 1968 (2) 1966 (2) 1948 (2) 1899 (2) 1889 (2) 1874 (2) 1845 (2) 1836 (2) 1803 (2) 1786 (2) 3810 (2) 1979 (2) 1759 (2) 3805 (2) 3189 (2) 1692 (2) 3729 (2) 3714 (2) 3707 (2) 3705 (2) 3692 (2) 3671 (2) 3653 (2) 3649 (2) 3641 (2) 3633 (2) 3627 (2) 1521 (2) 1408 (2) 1335 (2) 3349 (2) 3338 (2) 3297 (2) 3266 (2) 3199 (2) 3194 (2) 3142 (2) 3138 (2) 3137 (2) 3135 (2) 3134 (2) 3115 (2) 3097 (2) 969 (2) 943 (2) 2959 (2) 2927 (2) 843 (2) 2864 (2) 2862 (2) 1751 (2) 2852 (2) 2817 (2) 753 (2) 2754 (2) 2748 (2) 2693 (2) 2691 (2) 2679 (2) 2671 (2) 2658 (2) 517 (2) 2512 (2) 2362 (2) 2338 (2) 2334 (2) 2324 (2) 2309 (2) 229 (2) 2271 (2) 2228 (2) 2224 (2) 2220 (2) 2076 (2) 2206 (2) 2074 (2) 2203 (2) 2192 (2) 2070 (2) 2168 (2) 118 (2) 2067 (2) 108 (2) 2147 (2) 2144 (2) 2140 (2) 68 (2) 66 (1) 64 (1) 2110 (1) 60 (1) 58 (1) 55 (1) 54 (1) 53 (1) 52 (1) 51 (1) 49 (1) 48 (1) 47 (1) 46 (1) 45 (1) 43 (1) 41 (1) 40 (1) 39 (1) 36 (1) 35 (1) 34 (1) 33 (1) 32 (1) 31 (1) 30 (1) 29 (1) 28 (1) 27 (1) 26 (1) 25 (1) 24 (1) 23 (1) 22 (1) 21 (1) 20 (1) 19 (1) 18 (1) 17 (1) 16 (1) 14 (1) 13 (1) 12 (1) 11 (1) 10 (1) 9 (1) 2390 (1) 4 (1) 3 (1) 2 (1) 1 (1) 0 (1) 2041 (1) 2040 (1) 1022 (1) 2033 (1) 2029 (1) 2010 (1) 2009 (1) 2381 (1) 1991 (1) 1984 (1) 3743 (1) 1974 (1) 1963 (1) 1961 (1) 1956 (1) 1954 (1) 1953 (1) 1949 (1) 1944 (1) 1943 (1) 1942 (1) 1933 (1) 1932 (1) 1926 (1) 1911 (1) 1910 (1) 1908 (1) 1904 (1) 1903 (1) 1902 (1) 1900 (1) 1681 (1) 1891 (1) 1890 (1) 1887 (1) 1886 (1) 3044 (1) 2355 (1) 3716 (1) 1815 (1) 1807 (1) 1806 (1) 1805 (1) 3803 (1) 3799 (1) 3798 (1) 3785 (1) 1736 (1) 3782 (1) 1728 (1) 3774 (1) 3772 (1) 1722 (1) 3767 (1) 1718 (1) 1717 (1) 1716 (1) 1715 (1) 1712 (1) 1709 (1) 1708 (1) 1707 (1) 3748 (1) 1694 (1) 1693 (1) 1683 (1) 1680 (1) 1679 (1) 1678 (1) 1674 (1) 1673 (1) 1672 (1) 1668 (1) 3711 (1) 1660 (1) 1654 (1) 1653 (1) 1650 (1) 1647 (1) 1646 (1) 1645 (1) 1540 (1) 1528 (1) 1527 (1) 1525 (1) 1524 (1) 1522 (1) 1459 (1) 1457 (1) 1456 (1) 1455 (1) 1453 (1) 1452 (1) 1450 (1) 1449 (1) 1447 (1) 1446 (1) 1445 (1) 1444 (1) 1429 (1) 1427 (1) 1426 (1) 1425 (1) 1424 (1) 1423 (1) 1422 (1) 1421 (1) 1420 (1) 1419 (1) 1418 (1) 1417 (1) 1416 (1) 1415 (1) 1414 (1) 1413 (1) 1412 (1) 1411 (1) 1410 (1) 1409 (1) 1407 (1) 1406 (1) 1404 (1) 1403 (1) 1402 (1) 1401 (1) 1400 (1) 1399 (1) 1398 (1) 1397 (1) 1396 (1) 1395 (1) 1394 (1) 1393 (1) 1392 (1) 1391 (1) 1390 (1) 1389 (1) 1346 (1) 1341 (1) 3368 (1) 3364 (1) 3363 (1) 3357 (1) 3335 (1) 3333 (1) 3330 (1) 3328 (1) 3327 (1) 3325 (1) 3323 (1) 3319 (1) 3318 (1) 3316 (1) 3314 (1) 3308 (1) 3307 (1) 3306 (1) 3287 (1) 3285 (1) 3248 (1) 3205 (1) 1895 (1) 3146 (1) 3145 (1) 3144 (1) 3143 (1) 3141 (1) 3140 (1) 3131 (1) 3127 (1) 3112 (1) 1034 (1) 1033 (1) 1030 (1) 1029 (1) 1028 (1) 3075 (1) 1024 (1) 1023 (1) 3070 (1) 1019 (1) 1018 (1) 1017 (1) 1016 (1) 1015 (1) 1014 (1) 1002 (1) 998 (1) 997 (1) 996 (1) 995 (1) 994 (1) 993 (1) 978 (1) 977 (1) 945 (1) 940 (1) 939 (1) 938 (1) 937 (1) 936 (1) 935 (1) 930 (1) 2960 (1) 2958 (1) 901 (1) 2941 (1) 2935 (1) 2919 (1) 2913 (1) 2908 (1) 2902 (1) 2901 (1) 2881 (1) 2876 (1) 2870 (1) 2849 (1) 2844 (1) 2838 (1) 2826 (1) 2825 (1) 2823 (1) 2822 (1) 2821 (1) 2820 (1) 2819 (1) 2818 (1) 2816 (1) 2815 (1) 2814 (1) 2813 (1) 758 (1) 752 (1) 750 (1) 749 (1) 748 (1) 2760 (1) 2749 (1) 2722 (1) 2717 (1) 649 (1) 1999 (1) 2690 (1) 2685 (1) 1657 (1) 2150 (1) 601 (1) 600 (1) 599 (1) 583 (1) 2065 (1) 2621 (1) 570 (1) 569 (1) 544 (1) 543 (1) 541 (1) 538 (1) 537 (1) 536 (1) 771 (1) 521 (1) 520 (1) 519 (1) 518 (1) 516 (1) 498 (1) 497 (1) 494 (1) 493 (1) 491 (1) 490 (1) 474 (1) 2515 (1) 2514 (1) 2513 (1) 2511 (1) 2510 (1) 2509 (1) 2508 (1) 2507 (1) 2506 (1) 2505 (1) 2504 (1) 2503 (1) 2502 (1) 2500 (1) 2499 (1) 2498 (1) 2466 (1) 2465 (1) 2463 (1) 2459 (1) 2116 (1) 2454 (1) 2798 (1) 402 (1) 401 (1) 400 (1) 399 (1) 398 (1) 2440 (1) 2439 (1) 2432 (1) 2431 (1) 2424 (1) 2412 (1) 2411 (1) 2410 (1) 2409 (1) 2408 (1) 2407 (1) 2403 (1) 2402 (1) 2394 (1) 2391 (1) 2057 (1) 2385 (1) 2445 (1) 2382 (1) 333 (1) 332 (1) 331 (1) 330 (1) 329 (1) 2376 (1) 2375 (1) 2373 (1) 2372 (1) 2365 (1) 2363 (1) 2099 (1) 2354 (1) 2353 (1) 2352 (1) 282 (1) 1713 (1) 1405 (1) 238 (1) 237 (1) 198 (1) 2052 (1) 1737 (1) 2202 (1) 2187 (1) 2182 (1) 119 (1) 113 (1) 111 (1) 2155 (1) 106 (1) 105 (1) 104 (1) 103 (1) 102 (1) 101 (1) 2063 (1) 2132 (1) 2129 (1) 1719 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2