Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
RLooM: RNA Loop Modeling based on homology and geometric constraints - Loop Database
Current Database Version 12-19-08 (sion)
Browse Database
Hairpins (13,085) Single Strand Segments (46,361) Internal Loops (17,133) Multiloops (5,756)

Length 3-3 Internal Loops (05.1-cluster)

Cluster #structures
385 168
384 168
3443 134
3442 134
1715 126
1714 126
1671 120
1670 120
1652 120
1651 120
920 120
919 120
421 119
420 119
3430 88
3429 88
2897 77
2896 77
3799 52
3796 52
3076 49
3075 49
2924 48
2923 48
2913 48
2912 48
3001 46
3000 46
3161 44
3160 44
2803 44
2802 44
2663 32
2662 32
575 31
574 31
4308 26
4311 26
Small clusters (size < 25)
2863 (24) 2862 (24) 4159 (24) 4156 (24) 2965 (23) 2964 (23) 3739 (21) 3738 (21) 1256 (20) 1255 (20) 2703 (18) 2702 (18) 2589 (18) 2588 (18) 3478 (16) 3477 (16) 2940 (16) 2939 (16) 2598 (15) 2597 (15) 2725 (14) 2724 (14) 2843 (12) 2842 (12) 571 (12) 570 (12) 568 (12) 567 (12) 4251 (12) 4248 (12) 215 (10) 1055 (10) 1054 (10) 1024 (10) 1001 (10) 1000 (10) 973 (10) 972 (10) 2471 (10) 2470 (10) 216 (10) 1027 (10) 2425 (9) 2424 (9) 3261 (8) 3260 (8) 599 (8) 598 (8) 2300 (8) 2299 (8) 2191 (8) 2190 (8) 653 (7) 652 (7) 2041 (6) 2040 (6) 1953 (6) 1950 (6) 3737 (6) 3736 (6) 2212 (6) 2187 (6) 2186 (6) 2065 (6) 565 (6) 564 (6) 2049 (6) 4331 (6) 4330 (6) 2229 (6) 2228 (6) 2211 (6) 2064 (6) 2048 (6) 2055 (6) 2054 (6) 3813 (5) 3812 (5) 1037 (5) 1036 (5) 1029 (5) 1013 (5) 1012 (5) 1028 (5) 219 (5) 218 (5) 2036 (4) 2035 (4) 2673 (4) 3745 (4) 3744 (4) 3727 (4) 3726 (4) 3499 (4) 3496 (4) 3083 (4) 3082 (4) 933 (4) 932 (4) 2672 (4) 2595 (4) 2594 (4) 2563 (4) 2562 (4) 2543 (4) 2542 (4) 4429 (4) 4428 (4) 4359 (4) 4358 (4) 4345 (4) 4344 (4) 2237 (4) 2236 (4) 2207 (4) 2206 (4) 2171 (4) 2170 (4) 2155 (4) 2154 (4) 2123 (4) 2122 (4) 1840 (3) 1839 (3) 2267 (3) 2266 (3) 4485 (3) 4484 (3) 2259 (3) 2258 (3) 2247 (3) 2246 (3) 165 (3) 164 (3) 105 (3) 104 (3) 2059 (3) 2058 (3) 2719 (2) 2718 (2) 1899 (2) 1898 (2) 1885 (2) 1884 (2) 1873 (2) 1872 (2) 1865 (2) 1864 (2) 1857 (2) 1856 (2) 1855 (2) 1854 (2) 1851 (2) 1850 (2) 1847 (2) 1846 (2) 3771 (2) 3770 (2) 3763 (2) 3762 (2) 3697 (2) 3696 (2) 1641 (2) 1640 (2) 1593 (2) 1592 (2) 1589 (2) 1588 (2) 1583 (2) 1582 (2) 1553 (2) 1552 (2) 1545 (2) 1544 (2) 1541 (2) 1540 (2) 1535 (2) 1534 (2) 1531 (2) 1530 (2) 1525 (2) 1524 (2) 1519 (2) 1518 (2) 3565 (2) 3564 (2) 1511 (2) 1510 (2) 1509 (2) 1508 (2) 1505 (2) 1504 (2) 3547 (2) 3546 (2) 1497 (2) 1496 (2) 1493 (2) 1492 (2) 1491 (2) 1490 (2) 1483 (2) 1482 (2) 1477 (2) 1476 (2) 1469 (2) 1468 (2) 3217 (2) 3216 (2) 3213 (2) 3212 (2) 1043 (2) 1042 (2) 949 (2) 948 (2) 3571 (2) 941 (2) 940 (2) 935 (2) 934 (2) 3563 (2) 3562 (2) 873 (2) 872 (2) 3557 (2) 3556 (2) 753 (2) 752 (2) 2779 (2) 2778 (2) 2775 (2) 2774 (2) 3570 (2) 695 (2) 694 (2) 669 (2) 668 (2) 2695 (2) 2694 (2) 2657 (2) 2656 (2) 2653 (2) 2652 (2) 2645 (2) 2644 (2) 2627 (2) 2626 (2) 475 (2) 474 (2) 461 (2) 460 (2) 441 (2) 440 (2) 2309 (2) 2308 (2) 4321 (2) 4320 (2) 2271 (2) 2270 (2) 2251 (2) 2250 (2) 4293 (2) 4292 (2) 2241 (2) 2240 (2) 2227 (2) 2226 (2) 169 (2) 168 (2) 2073 (2) 2072 (2) 137 (2) 136 (2) 2181 (2) 2180 (2) 2177 (2) 2176 (2) 2165 (2) 2164 (2) 2151 (2) 2150 (2) 101 (2) 100 (2) 2089 (2) 2088 (2) 2081 (2) 2080 (2) 25 (2) 24 (2) 2071 (2) 2070 (2) 21 (2) 20 (2) 17 (2) 16 (2) 13 (2) 12 (2) 9 (2) 8 (2) 3 (2) 2 (2) 1843 (1) 1842 (1) 3787 (1) 3786 (1) 3775 (1) 3774 (1) 3535 (1) 1581 (1) 1580 (1) 1579 (1) 1578 (1) 1577 (1) 1576 (1) 1575 (1) 1574 (1) 1537 (1) 1536 (1) 1523 (1) 1522 (1) 1521 (1) 1520 (1) 1515 (1) 1514 (1) 1501 (1) 1500 (1) 3537 (1) 3536 (1) 1487 (1) 1486 (1) 1485 (1) 1484 (1) 1479 (1) 1478 (1) 3419 (1) 3418 (1) 3573 (1) 3572 (1) 3534 (1) 671 (1) 670 (1) 665 (1) 664 (1) 641 (1) 640 (1) 2153 (1) 2152 (1) 2641 (1) 2640 (1) 2605 (1) 2604 (1) 483 (1) 482 (1) 4465 (1) 4464 (1) 4463 (1) 4462 (1) 2261 (1) 2260 (1) 2215 (1) 2214 (1) 139 (1) 138 (1) 125 (1) 124 (1) 2169 (1) 2168 (1) 2167 (1) 2166 (1) 2143 (1) 2142 (1) 27 (1) 26 (1) 1 (1) 0 (1)
- or -

Sequence-based queries may include NC-IUB ambiguity codes. Internal loops and multibranched loops can be searched by separating the individual loop segments with a '-' character.



Single strand search:




For a query sequence of N bases, the input range is [0,N]. The default value of 0 will be used when ambiguity codes are present in the query sequence or the input is negative. Similarly, N will be used if the input is larger than the length of the query sequence.

- or -

Enter a 4-character pdb id. The search may be restricted to an individual chain, by attaching ':chain-id' (e.g., 2tra:A), with '%' matching any chain.

- or -


Concerning the following check box please see also Privacy Policy, section C.2