Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(008)-Hairpin cluster 242 (cutoff=2.5 Å)
Cluster size 274 structure(s)
Representative structure 1p9x:0 (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNNNN
Cluster members
AAGUGCAA
387d:A, 4-13
CCGCGAGG
1i94:A, 1005-1014, 1i95:A, 1005-1014, 2v47:A, 2725-2734, 2v49:A, 2725-2734
CGGCAACG
1n36:A, 1240-1249
CGGUAACG
2a2e:A, 318-327
CGUGACAG
1p9x:0, 651-660, 1z58:2, 668-677
CUCCUGCG
3b4c:B, 55-64
CUGACACG
1nkw:0, 2246-2255, 1nwx:0, 2246-2255, 1nwy:0, 2246-2255, 1ond:0, 2245-2254, 1z58:2, 2225-2234
GAAUGGAA
1vs6:B, 2351-2360, 1vs8:B, 2351-2360, 2aw4:B, 2351-2360, 2awb:B, 2351-2360, 2gya:0, 2269-2278, 2gyc:0, 2269-2278, 2i2t:B, 2351-2360, 2i2v:B, 2351-2360, 2j28:B, 2351-2360, 2qam:B, 2351-2360, 2qao:B, 2351-2360, 2qba:B, 2351-2360, 2qbc:B, 2351-2360, 2qbe:B, 2351-2360, 2qbg:B, 2351-2360, 2qbi:B, 2351-2360, 2qbk:B, 2351-2360, 2qov:B, 2351-2360, 2qox:B, 2351-2360, 2qoz:B, 2351-2360, 2qp1:B, 2351-2360, 2z4l:B, 2351-2360, 2z4n:B, 2351-2360, 3bbx:B, 2628-2637, 3df2:B, 2351-2360, 3df4:B, 2351-2360
GAGUGGAA
3bbo:A, 2343-2352
GAUUACCU
1j5a:A, 58-67, 1jzx:A, 58-67, 1jzy:A, 58-67, 1jzz:A, 58-67, 1k01:A, 58-67, 1njm:0, 58-67, 1njn:0, 58-67, 1njo:0, 58-67, 1njp:0, 58-67, 1p9x:0, 58-67, 1pnu:0, 58-67, 1pny:0, 58-67, 1xbp:0, 58-67, 1y69:0, 58-67, 2aar:0, 58-67, 2d3o:0, 58-67, 2o44:A, 58-67, 2o45:A, 58-67, 2ogm:0, 58-67, 2ogn:0, 58-67, 2ogo:0, 57-66, 2zjp:X, 58-67, 2zjq:X, 58-67, 2zjr:X, 58-67, 3cf5:X, 58-67, 3dll:X, 58-67
GCCAAGCU
1ffk:0, 46-55, 1jj2:0, 46-55, 1k73:A, 46-55, 1k8a:A, 46-55, 1k9m:A, 46-55, 1kc8:A, 46-55, 1kd1:A, 46-55, 1kqs:0, 46-55, 1m1k:A, 46-55, 1m90:A, 46-55, 1n8r:A, 46-55, 1nji:A, 46-55, 1q7y:A, 46-55, 1q81:A, 46-55, 1q82:A, 46-55, 1q86:A, 46-55, 1qvf:0, 46-55, 1qvg:0, 46-55, 1s1i:3, 46-55, 1s72:0, 46-55, 1vq4:0, 46-55, 1vq5:0, 46-55, 1vq6:0, 46-55, 1vq7:0, 46-55, 1vq8:0, 46-55, 1vq9:0, 46-55, 1vqk:0, 46-55, 1vql:0, 46-55, 1vqm:0, 46-55, 1vqn:0, 46-55, 1vqo:0, 46-55, 1vqp:0, 46-55, 1w2b:0, 46-55, 1yhq:0, 46-55, 1yi2:0, 46-55, 1yij:0, 46-55, 1yit:0, 46-55, 1yj9:0, 46-55, 1yjn:0, 46-55, 1yjw:0, 46-55, 2otj:0, 46-55, 2otl:0, 46-55, 2qa4:0, 46-55, 2qex:0, 46-55, 3cc2:0, 46-55, 3cc4:0, 46-55, 3cc7:0, 46-55, 3cce:0, 46-55, 3ccj:0, 46-55, 3ccl:0, 46-55, 3ccm:0, 46-55, 3ccq:0, 46-55, 3ccr:0, 46-55, 3ccs:0, 46-55, 3ccu:0, 46-55, 3ccv:0, 46-55, 3cd6:0, 46-55, 3cma:0, 46-55, 3cme:0, 46-55, 3cpw:0, 46-55, 3dkn:D, 3-12
GCGAAAGC
1i97:A, 1144-1153, 1yl4:A, 1141-1150
GCGCAAGC
1yl4:A, 368-377, 2jl5:A, 368-377, 2jl7:A, 368-377
GCUAAUCU
1vs6:B, 59-68, 1vs8:B, 59-68, 2aw4:B, 59-68, 2awb:B, 59-68, 2gya:0, 43-52, 2gyc:0, 43-52, 2i2t:B, 59-68, 2i2v:B, 59-68, 2j28:B, 59-68, 2qam:B, 59-68, 2qao:B, 59-68, 2qba:B, 59-68, 2qbc:B, 59-68, 2qbe:B, 59-68, 2qbg:B, 59-68, 2qbi:B, 59-68, 2qbk:B, 59-68, 2qov:B, 59-68, 2qox:B, 59-68, 2qoz:B, 59-68, 2qp1:B, 59-68, 2vhm:B, 59-68, 2vhn:B, 59-68, 2z4l:B, 59-68, 2z4n:B, 59-68, 3bbx:B, 59-68, 3df2:B, 59-68, 3df4:B, 59-68
GGCUACCU
1yl3:A, 58-67, 2hgj:A, 58-67, 2hgq:A, 58-67, 2hgu:A, 58-67, 2j01:A, 53-62, 2j03:A, 53-62, 2jl6:A, 53-62, 2jl8:A, 53-62, 2v47:A, 53-62, 2v49:A, 53-62, 3d5b:A, 53-62, 3d5d:A, 53-62
GGGAAACU
1grz:A, 52-61, 1m5p:B, 72-81, 1m5v:B, 72-81
GGUCGACU
2gya:0, 817-826, 2gyc:0, 817-826
GGUGAAAU
1n36:A, 668-677, 1voq:A, 682-691, 1vos:A, 682-691, 1vov:A, 682-691, 1vox:A, 682-691, 1voz:A, 682-691, 1vs5:A, 685-694, 1vs7:A, 685-694, 2avy:A, 685-694, 2aw7:A, 685-694, 2f4v:A, 668-677, 2gyb:A, 655-664, 2hhh:A, 668-677, 2i2p:A, 685-694, 2i2u:A, 685-694, 2jl5:A, 668-677, 2jl7:A, 668-677, 2ow8:y, 668-677, 2qal:A, 685-694, 2qan:A, 685-694, 2qb9:A, 685-694, 2qbb:A, 685-694, 2qbd:A, 685-694, 2qbf:A, 685-694, 2qbh:A, 685-694, 2qbj:A, 685-694, 2qnh:y, 668-677, 2qou:A, 685-694, 2qow:A, 685-694, 2qoy:A, 685-694, 2qp0:A, 685-694, 2uub:A, 668-677, 2z4k:A, 685-694, 2z4m:A, 685-694, 3d5a:A, 668-677, 3d5c:A, 668-677, 3df1:A, 685-694, 3df3:A, 685-694
GUGAAAGC
1n33:A, 984-993, 2f4v:A, 984-993
GUGACGGC
2gya:0, 2220-2229, 2gyc:0, 2220-2229
GUGUGGAA
1njm:0, 2296-2305, 1njn:0, 2296-2305, 1njo:0, 2296-2305, 1njp:0, 2296-2305, 1nkw:0, 2296-2305, 1nwx:0, 2296-2305, 1nwy:0, 2296-2305, 1ond:0, 2295-2304, 1p9x:0, 2271-2280, 1pnu:0, 2340-2349, 1pny:0, 2340-2349, 1sm1:0, 2296-2305, 1vsa:w, 2394-2403, 1vsp:w, 2394-2403, 1xbp:0, 2296-2305, 1y69:0, 2296-2305, 2aar:0, 2296-2305, 2b66:A, 2322-2331, 2b9n:A, 2322-2331, 2b9p:A, 2322-2331, 2d3o:0, 2317-2326, 2hgj:A, 2394-2403, 2hgq:A, 2394-2403, 2hgu:A, 2394-2403, 2j01:A, 2282-2291, 2j03:A, 2282-2291, 2jl6:A, 2361-2370, 2jl8:A, 2361-2370, 2o44:A, 2296-2305, 2o45:A, 2284-2293, 2ogm:0, 2296-2305, 2ogn:0, 2296-2305, 2ogo:0, 2295-2304, 2v47:A, 2277-2286, 2v49:A, 2277-2286, 2zjp:X, 2207-2216, 2zjq:X, 2207-2216, 2zjr:X, 2204-2213, 3cf5:X, 2207-2216, 3d5b:A, 2389-2398, 3d5d:A, 2389-2398, 3dll:X, 2207-2216
UAGCAAUG
1nkw:0, 2742-2751, 1nwx:0, 2742-2751, 1nwy:0, 2742-2751, 1ond:0, 2741-2750, 2o45:A, 2727-2736, 2ogo:0, 2741-2750
UCGUAAGA
1xbp:0, 131-140, 1z58:2, 131-140
UUAGGUAG
3b31:A, 11-20
UUGCAAAG
2gya:0, 1757-1766, 2gyc:0, 1757-1766