Please cite:
Schudoma et al.,
Nucl. Acids Res. 38: 970-980.
DOI 10.1093/nar/gkp1010.
(006)-Segment cluster 271 (cutoff=2.0 Å)
Cluster size 370 structure(s)
Representative structure 1k01:A (&rarr PDB)
Downloads Representative structure (PDB) (MC-Annotate)
Member list
Consensus sequence NNNNNN
Cluster members
AGAACC
1xbp:0, 1602-1609
AGAAGU
2qal:A, 1426-1433, 2qan:A, 1426-1433, 2qou:A, 1426-1433, 2qow:A, 1426-1433
AGCGUU
3bbo:A, 1159-1166
AGGUUU
2b66:A, 2405-2412, 2b9n:A, 2405-2412, 2b9p:A, 2405-2412
AUGGGA
2uxb:A, 1390-1397
CCGAAG
1p9x:0, 836-843
CCGUGA
1n33:A, 1450-1457
CCUAAU
2gya:0, 226-233, 2gyc:0, 226-233
CGAAAC
2v47:A, 681-688, 2v49:A, 681-688
CGAACC
3bbo:A, 653-660
CGAAGU
1voq:A, 1424-1431, 1vos:A, 1424-1431, 1vov:A, 1424-1431, 1vox:A, 1424-1431, 1voz:A, 1424-1431, 2uxd:A, 1386-1393, 3bbn:A, 1374-1381
CGCCGA
1n36:A, 1435-1442
CGGAAC
3bwp:A, 302-309
CGGAGG
1j5a:A, 691-698, 1jzx:A, 691-698, 1jzy:A, 691-698, 1jzz:A, 691-698, 1k01:A, 691-698, 1nkw:0, 686-693, 1nwx:0, 686-693, 1nwy:0, 686-693, 1ond:0, 686-693, 1p9x:0, 663-670, 1y69:0, 686-693, 2aar:0, 686-693, 2d3o:0, 686-693, 2o43:A, 686-693, 2o44:A, 686-693, 2o45:A, 686-693, 2ogm:0, 686-693, 2ogn:0, 686-693, 2ogo:0, 685-692, 2zjp:X, 664-671, 2zjq:X, 664-671, 2zjr:X, 664-671, 3cf5:X, 664-671, 3dll:X, 664-671
CGGCCU
2vhn:B, 1097-1104
CUAAAC
1yl3:A, 256-263
CUGAAU
2awb:B, 274-281, 2i2v:B, 274-281, 2j28:B, 274-281, 2qp1:B, 274-281
CUGUAG
1xbp:0, 819-826, 2v47:A, 865-872, 2v49:A, 865-872
GCAGGG
2hgu:A, 1499-1506
GCCAAG
1gid:A, 112-119, 1gid:B, 112-119, 1hr2:A, 111-118, 1hr2:B, 112-119
GGAAUU
2v46:A, 651-658
GGACAA
2j00:A, 136-143, 2j02:A, 136-143
GGAGCG
1xbp:0, 1139-1146, 2o44:A, 1782-1789
GGCACU
1fjg:A, 1120-1127, 1hnx:A, 1120-1127, 1hr0:A, 1120-1127, 1ibl:A, 1120-1127, 1ibm:A, 1120-1127, 1j5e:A, 1120-1127, 1n32:A, 1120-1127, 1pns:A, 1136-1143, 1pnx:A, 1136-1143, 1s1h:A, 1121-1128, 1xnq:A, 1115-1122, 1yl4:A, 1120-1127, 2b64:A, 1120-1127, 2b9m:A, 1120-1127, 2b9o:A, 1120-1127, 2e5l:A, 1121-1128, 2hgi:A, 1120-1127, 2hgp:A, 1120-1127, 2hgr:A, 1120-1127, 2uu9:A, 1120-1127, 2vqe:A, 1120-1127, 2vqf:A, 1120-1127, 3d5a:A, 1120-1127, 3d5c:A, 1120-1127
GGCGCA
1yl3:A, 2599-2606
GGGAGC
1i97:A, 610-617
GGGGAA
1grz:B, 182-189
GGGUAG
1vs6:B, 856-863, 1vs8:B, 856-863, 2aw4:B, 856-863, 2awb:B, 856-863, 2gya:0, 792-799, 2i2t:B, 856-863, 2i2v:B, 856-863, 2j28:B, 856-863, 2qam:B, 856-863, 2qao:B, 856-863, 2qba:B, 856-863, 2qbc:B, 856-863, 2qbe:B, 856-863, 2qbg:B, 856-863, 2qbi:B, 856-863, 2qbk:B, 856-863, 2qov:B, 856-863, 2qox:B, 856-863, 2qoz:B, 856-863, 2qp1:B, 856-863, 2z4l:B, 856-863, 2z4n:B, 856-863, 3bbx:B, 856-863, 3df2:B, 856-863, 3df4:B, 856-863
GGGUUU
2ogn:0, 2016-2023
GUAAAA
2gcs:B, 79-86, 2gcv:B, 79-86, 2h0s:B, 79-86, 2h0w:B, 79-86, 2h0x:B, 79-86, 2h0z:B, 79-86, 2ho6:B, 79-86, 2ho7:B, 79-86, 2z74:B, 79-86, 2z75:B, 79-86, 3b4a:B, 78-85, 3b4b:B, 79-86, 3b4c:B, 78-85
UAAAUA
1j5a:A, 394-401, 1jzx:A, 394-401, 1jzy:A, 394-401, 1jzz:A, 394-401, 1k01:A, 394-401, 1nwx:0, 389-396, 1nwy:0, 389-396, 1ond:0, 389-396, 1pnu:0, 389-396, 1pny:0, 389-396, 1vs6:B, 426-433, 1vs8:B, 426-433, 2aar:0, 389-396, 2aw4:B, 426-433, 2awb:B, 426-433, 2d3o:0, 389-396, 2i2t:B, 426-433, 2i2v:B, 426-433, 2j28:B, 426-433, 2o43:A, 389-396, 2ogm:0, 389-396, 2ogn:0, 389-396, 2ogo:0, 388-395, 2qam:B, 426-433, 2qao:B, 426-433, 2qba:B, 426-433, 2qbc:B, 426-433, 2qbe:B, 426-433, 2qbg:B, 426-433, 2qbi:B, 426-433, 2qbk:B, 426-433, 2qov:B, 426-433, 2qox:B, 426-433, 2qoz:B, 426-433, 2qp1:B, 426-433, 2z4l:B, 426-433, 2z4n:B, 426-433, 2zjp:X, 367-374, 2zjq:X, 367-374, 2zjr:X, 367-374, 3bbx:B, 426-433, 3cf5:X, 367-374, 3df2:B, 426-433, 3df4:B, 426-433, 3dll:X, 367-374
UAAGUA
1yl3:A, 453-460, 2b66:A, 453-460, 2b9n:A, 453-460, 2b9p:A, 453-460, 2hgq:A, 453-460, 2j01:A, 442-449, 2j03:A, 442-449, 2jl6:A, 442-449, 2jl8:A, 442-449, 2v47:A, 442-449, 2v49:A, 442-449, 3d5b:A, 449-456, 3d5d:A, 449-456
UAGUAA
2aar:0, 8-15, 2o45:A, 8-15
UCAGAC
2ogm:0, 1463-1470
UCGGGA
1njm:0, 1472-1479, 1njn:0, 1472-1479, 1njo:0, 1472-1479, 1njp:0, 1472-1479, 1nkw:0, 1472-1479, 1nwx:0, 1472-1479, 1nwy:0, 1472-1479, 1ond:0, 1472-1479, 1pnu:0, 1488-1495, 1pny:0, 1488-1495, 2gya:0, 1445-1452, 2ogm:0, 1472-1479
UCUCAU
1yhq:0, 272-279, 1yi2:0, 272-279, 1yij:0, 272-279, 1yit:0, 272-279, 1yj9:0, 272-279, 1yjn:0, 272-279, 1yjw:0, 272-279, 3cc2:0, 272-279, 3cc4:0, 272-279, 3cc7:0, 272-279, 3cce:0, 272-279, 3ccj:0, 272-279, 3ccl:0, 272-279, 3ccm:0, 272-279, 3ccq:0, 272-279, 3ccs:0, 272-279, 3ccu:0, 272-279, 3ccv:0, 272-279, 3cd6:0, 272-279, 3cma:0, 272-279, 3cme:0, 272-279
UGAAAC
1vor:B, 665-672, 1vou:B, 665-672, 1vow:B, 665-672, 1voy:B, 665-672, 1vp0:B, 665-672
UGAACC
1hr0:A, 427-434, 1n33:A, 427-434, 2f4v:A, 427-434
UGGAUG
1j5a:A, 24-31, 1jzx:A, 24-31, 1jzy:A, 24-31, 1jzz:A, 24-31, 1k01:A, 24-31, 1njm:0, 24-31, 1njn:0, 24-31, 1njo:0, 24-31, 1njp:0, 24-31, 1nkw:0, 24-31, 1nwx:0, 24-31, 1nwy:0, 24-31, 1ond:0, 24-31, 1pnu:0, 24-31, 1pny:0, 24-31, 1sm1:0, 24-31, 1vs6:B, 24-31, 1vs8:B, 24-31, 1xbp:0, 24-31, 1y69:0, 24-31, 1yl3:A, 24-31, 1z58:2, 24-31, 2aar:0, 24-31, 2aw4:B, 24-31, 2awb:B, 24-31, 2b66:A, 24-31, 2b9n:A, 24-31, 2b9p:A, 24-31, 2d3o:0, 24-31, 2gya:0, 9-16, 2gyc:0, 9-16, 2i2t:B, 24-31, 2i2v:B, 24-31, 2j01:A, 19-26, 2j03:A, 19-26, 2j28:B, 24-31, 2jl6:A, 19-26, 2jl8:A, 19-26, 2o43:A, 24-31, 2o44:A, 24-31, 2o45:A, 24-31, 2ogm:0, 24-31, 2ogn:0, 24-31, 2ogo:0, 23-30, 2qam:B, 24-31, 2qao:B, 24-31, 2qba:B, 24-31, 2qbc:B, 24-31, 2qbe:B, 24-31, 2qbg:B, 24-31, 2qbi:B, 24-31, 2qbk:B, 24-31, 2qov:B, 24-31, 2qox:B, 24-31, 2qoz:B, 24-31, 2qp1:B, 24-31, 2v47:A, 19-26, 2v49:A, 19-26, 2vhm:B, 24-31, 2vhn:B, 24-31, 2z4l:B, 24-31, 2z4n:B, 24-31, 2zjp:X, 24-31, 2zjq:X, 24-31, 2zjr:X, 24-31, 3bbx:B, 24-31, 3cf5:X, 24-31, 3d5b:A, 19-26, 3d5d:A, 19-26, 3df2:B, 24-31, 3df4:B, 24-31, 3dll:X, 24-31
UGGAUU
1ffk:0, 12-19, 1jj2:0, 12-19, 1k73:A, 12-19, 1k8a:A, 12-19, 1k9m:A, 12-19, 1kc8:A, 12-19, 1kd1:A, 12-19, 1kqs:0, 12-19, 1m1k:A, 12-19, 1m90:A, 12-19, 1n8r:A, 12-19, 1nji:A, 12-19, 1q7y:A, 12-19, 1q81:A, 12-19, 1q82:A, 12-19, 1q86:A, 12-19, 1qvf:0, 12-19, 1qvg:0, 12-19, 1s1i:3, 12-19, 1s72:0, 12-19, 1vq4:0, 12-19, 1vq5:0, 12-19, 1vq6:0, 12-19, 1vq7:0, 12-19, 1vq8:0, 12-19, 1vq9:0, 12-19, 1vqk:0, 12-19, 1vql:0, 12-19, 1vqm:0, 12-19, 1vqn:0, 12-19, 1vqo:0, 12-19, 1vqp:0, 12-19, 1w2b:0, 12-19, 1yhq:0, 12-19, 1yi2:0, 12-19, 1yij:0, 12-19, 1yit:0, 12-19, 1yj9:0, 12-19, 1yjn:0, 12-19, 1yjw:0, 12-19, 2otj:0, 12-19, 2otl:0, 12-19, 2qa4:0, 12-19, 2qex:0, 12-19, 3cc2:0, 12-19, 3cc4:0, 12-19, 3cc7:0, 12-19, 3cce:0, 12-19, 3ccj:0, 12-19, 3ccl:0, 12-19, 3ccm:0, 12-19, 3ccq:0, 12-19, 3ccr:0, 12-19, 3ccs:0, 12-19, 3ccu:0, 12-19, 3ccv:0, 12-19, 3cd6:0, 12-19, 3cma:0, 12-19, 3cme:0, 12-19, 3cpw:0, 12-19
UUGAAA
1xbp:0, 664-671